В том же году, несколько позже, название должности Путина было еще раз видоизменено: первый заместитель мэра Санкт-Петербурга - председатель КВС правительства Санкт-Петербурга (первыми заместителями мэра - председателями комитетов правительства стали также В. Яковлев, А. Кудрин и В. Малышев).
Если Санкт-Петербург Собчака сравнивать с Москвой, то должности Путина во второй столице формально соответствовала должность заместителя мэра Москвы Иосифа Орджоникидзе, а функции другого первого вице-мэра Санкт-Петербурга Владимира Яковлева примерно соответствовали должностным обязанностям в Москве Владимира Ресина, с той разницей, что в Москве был (вплоть до августа 2005 г.) еще и вице-мэр Валерий Шанцев, а в Санкт-Петербурге эти функции были поделены между Путиным и Яковлевым. Кроме того, в Москве мэр Юрий Лужков всегда вникал во все вопросы и плотно контролировал всех своих заместителей и помощников. Собчак же почти не вмешивался в повседневную деятельность своих заместителей, а из властных функций интересовался только представительскими. И хотя по мелочам Собчак иногда самодурствовал, он скорее царствовал, чем правил. К тому же иногда месяцами Собчак путешествовал за границей.
Фактически Санкт-Петербургом при Собчаке руководили два первых вице-мэра - Путин и Яковлев. Можно сказать, что они по-братски поделили между собой экономику города: Яковлеву досталось старое советское городское хозяйство, строительство, жилищно-коммунальный комплекс, транспорт, а Путину - новая капиталистическая экономика, приватизация, зарубежные инвестиции, совместные предприятия (СП). При этом Путин не стремился к видимой власти, предпочитая роль серого кардинала. Яковлев же с осторожностью (учитывая ревнивый характер Собчака), методично продвигал в городские народные массы собственный образ - деловитого "хозяйственника", "санкт-петербургского Юрия Лужкова", что и позволило Яковлеву весной 1996 г. неожиданно (для Собчака) выдвинуть свою кандидатуру на пост губернатора и выиграть у Собчака выборы. Третьим фактическим соправителем Санкт-Петербурга (много меньшим по значению) был городской министр финансов Кудрин.
В марте 1994 г. Путин был назначен руководителем Координационной группы по подготовке проекта реконструкции и расширения аэропорта "Пулково". В апреле был включен в наблюдательный совет Санкт-Петербургского банка реконструкции и развития (в наблюдательный совет вошли также Собчак и Яковлев). В марте-апреле Путину было поручено курировать от городской исполнительной власти избирательную кампанию по выборам городского Законодательного собрания (ЗС) и создание дружественного мэрии блока "Весь Петербург" во главе с бывшим руководителем КУГИ Сергеем Беляевым. Особого успеха блок "Весь Петербург" не имел, да и выборы в более чем половине округов весной 1994 г. не состоялись.
Осенью 1994 г. Путин курировал дополнительные выборы в Законодательное собрание, на которых около половины мандатов получили лояльные мэрии бизнесмены и политики центристской и умеренно-демократической ориентации (так называемый "Единый демократический список", в котором объединились кандидаты "Всего Петербурга", "Демократического единства Петербурга" и некоторые независимые). Второе место на выборах заняли "Коммунисты Ленинграда" (4 мандата), третье - "Любимый город" (3 мандата). В числе избранных от независимых оказался ставленник семьи Молчановых Сергей Миронов.
При поддержке группы независимых депутатов в Законодательном собрании города Путин добился в начале 1995 г. снятия фракцией "Любимый город" неприемлемой для мэрии кандидатуры контр-адмирала Вячеслава Щербакова и избрания спикером Собрания нейтрального Юрия Кравцова (от "Любимого города"), а заместителями спикера независимых депутатов Сергея Миронова и Виктора Новоселова.
В конце апреля 1995 г. премьер-министр Виктор Черномырдин поручил Собчаку создание в Санкт-Петербурге регионального отделения Всероссийского общественно-политического движения "Наш дом Россия" (НДР), проправительственной партии, создаваемой по указанию Ельцина. Было очевидно, что политической задачей партии будет поддержание кандидатуры Ельцина на президентских выборах 1996 г.
Сколачивание петербургского НДР Собчак перепоручил Путину, который возглавил организационный комитет. В числе 21 члена оргкомитета были президент совместного предприятия "Ленвест" депутат Владимир Коловай, президент концерна "Ленинец" Анатолий Турчак, президент финансово-строительной компании "Двадцатый трест" депутат Сергей Никешин, генеральный директор петербургского отделения информационного агентства ИТАР-ТАСС Борис Петров, ректор Санкт-Петербургского государственного университета Людмила Вербицкая, президент телекомпании "Русское видео" Дмитрий Рождественский.
В петербургском отделении партии бывшего премьер-министра Егора Гайдара "Демократический выбор России" (ДВР) в это время существовали два крыла - "прагматическое" (в основном бизнесмены) и "правозащитное" (в основном бывшие диссиденты), и Путин привлек "прагматиков" из ДВР к созданию НДР. 5 мая 1995 г. торжественно прошла учредительная конференция Санкт-Петербургского "Наш дом Россия" (НДР). На этой конференции Путин был избран председателем совета регионального отделения.
На учредительном съезде НДР 12 мая 1995 г. в Москве Путин вошел в Политический совет НДР из 126 человек, а руководителем санкт-петербургского НДР оставался до лета 1997 г. 21 июня 1997 3-я конференция Санкт-Петербургского регионального отделения НДР удовлетворила его просьбу об освобождении от должности в связи с переездом в Москву и назначением на пост руководителя Главного контрольного управления (ГКУ) администрации президента. Новым председателем регионального совета НДР стал президент ОАО "Ленинец" Анатолий Турчак; в 1999 г. его сменил президент ЗАО "Петербургская топливная компания" (ПТК) Андрей Степанов. С 2000 г. руководителем санкт-петербургского НДР был ректор Горной академии Владимир Литвиненко. И первый, и второй, и третий были ставленниками Путина. Членом Политсовета НДР Путин формально оставался вплоть до избрания его президентом в 2000 г., хотя не присутствовал на съездах НДР, начиная с VII съезда 1999 г.
Летом- осенью 1995 г. Путин руководил проведением кампании НДР по выборам в Государственную думу второго созыва. Избирательная кампания НДР в 1995 г. была пышной и дорогостоящей. Путину во время этой избирательной кампании удалось привлечь в избирательный фонд НДР 1 млрд 100 млн неденоминированных рублей, предоставленных по большей части санкт-петербургскими банками (тогда как из центрального избирательного штаба НДР было перечислено только 15 млн рублей). Особенно жителям Санкт-Петербурга запомнилась избыточная многочисленность цветных плакатов с изображением Черномырдина на дорогих рекламных стендах -до пяти одинаковых плакатов на одном стенде и по 10-15 плакатов на заборе (впрочем, то же самое было в Москве). Сам Путин объяснял это тем, что рекламная продукция была ему в изобилии предоставлена федеральным руководством НДР, а "кашей масла не испортишь" и "не пропадать же плакатам".
Тем не менее сами выборы были НДР проиграны. "Партия власти" НДР смогла выставить своего кандидата (Алексея Александрова) только в Северо-Западном округе, в одном из 8-ми городских округов, причем выдвиженец Путина проиграл выборы кандидату от "Яблока" Анатолию Голову. По пропорциональной системе список НДР занял в городе третье место (12,78% голосов), после "Яблока", получившего 16,03% и КПРФ, получившей 13,21%; и немного опередив блок "ДВР - Объединенные демократы" (12,37%). По списку же, по его региональной части, НДР получила в Санкт-Петербурге всего два мандата, доставшиеся А. Александрову и супруге мэра Людмиле Нарусовой. Еще один член петербургской НДР - бывший председатель КУГИ Сергей Беляев - стал депутатом по федеральной части списка НДР.