Вечером 23 октября 2002 г. отряд чеченских боевиков (около 50 человек) под руководством Мовсара Бараева, проникнув в Москву, захватил около 800 заложников во время представления мюзикла "Норд-Ост" в Доме культуры на Дубровке, требуя вывода российских войск из Чечни. 25 октября Путин провел в Кремле совещание, по результатам которого директор ФСБ Патрушев заявил, что власти готовы сохранить террористам жизнь в обмен на освобождение всех заложников. Вечером 25 октября террористы пообещали казнить людей, если их требования не будут выполнены. Опасаясь, что в случае штурма боевики взорвут здание, власти в ночь на 26 октября пустили в зрительный зал усыпляющий газ. Вслед за этим в Театральный центр ворвались спецназовцы и перестреляли спящих террористов. Взрыва удалось избежать, но число жертв среди заложников, задохнувшихся в результате действия газа и нерасторопности спасателей, составило 129 человек. Еще около 40 бывших заложников умерли от последствий отравления в течение следующих шести месяцев. Извинившись перед родственниками погибших, Путин, не упоминая о проблеме чеченского сепаратизма, назвал ответственным за случившееся международный терроризм и наградил звездой Героя России первого заместителя директора ФСБ генерала Владимира Проничева, руководившего операцией по уничтожению террористов, а также неназванного химика, пустившего газ в зал "Норд-Оста". Никто из руководителей силовых структур не понес наказания за проникновение террористов в Москву; основные претензии были предъявлены властями телевизионным журналистам за ошибки в ходе освещения событий, которые могли сыграть на руку террористам.
Через несколько месяцев после теракта журналистка "Новой газеты" Анна Политковская разыскала одного из чеченских террористов, являвшегося по совместительству агентом ФСБ и участвовавшего в захвате "Норд-Оста". Ханпаш Теркибаев дал Политковской пространное интервью, распубликованное затем в "Новой газете" и в интернете, после чего уехал в Чечню, где вскоре, 9 декабря 2003 г., подобно Владимиру Романовичу, сотруднику ФСБ, участвовавшему в организации терактов в Москве в сентябре 1999 г., погиб в автомобильной катастрофе. Содержание интервью Х. Теркибаева правоохранительные органы России не заинтересовало.
Вскоре после трагедии на Дубровке 15 декабря 2002 г. Путин подписал распоряжение о новом составе Федеральной антитеррористической комиссии. Председателем комиссии стал сам Путин. Заместителями: министр внутренних дел Грызлов и директор ФСБ Патрушев.
27 декабря террористы-смертники взорвали в Грозном Дом Правительства, погибло 72 человека - в основном технические сотрудники и милиционеры. Более 200 человек было ранено.
14 мая на религиозном празднике в селе Илисхан-Юрт три женщины-смертницы взорвали "пояса шахидов", в результате чего погибли 26 и были ранены 150 человек. 5 июня в Моздоке (Северная Осетия) женщина-смертница взорвала пояс шахида в автобусе, погибли 19 человек, ранены 12. 5 июля в Москве в Тушино подорвались две смертницы, 16 убитых, 40 раненых. 10 июля не удалась попытка взорвать кафе в Москве на Тверской, смертница арестована, при разминировании бомбы погиб сапер ФСБ.
1 августа в Моздоке террорист-смертник взорвал военный госпиталь, по официальным данным погибло 50 человек, 80 ранены (есть основания подозревать, что число пострадавших было занижено).
3 сентября террористы взорвали электричку Минеральные Воды - Кисловодск, пятеро погибших, более 50 раненых.
5 декабря, накануне парламентских выборов в России вновь была взорвана электричка Минеральные Воды - Кисловодск, 44 погибших, десятки раненых.
8 декабря террористка-смертница, направлявшаяся с "поясом шахида" в Государственную думу, взорвалась у гостиницы "Националь" (шестеро погибших и раненые).
В 2004 г. теракты не стихли. В феврале около 40 человек погибли в результате взрыва в московском метрополитене на перегоне между станциями "Павелецкая" и "Автозаводская". Следствие установило, что в одном из вагонов террорист-смертник подорвал себя вместе с пассажирами.
9 мая 2004 г. в Грозном на стадионе "Динамо" взрывом бомбы, вмонтированной в трибуну, были убиты президент Чечни Ахмат Кадыров, председатель Госсовета Чечни Хусейн Исаев и еще пять человек.
В июне чеченские боевики напали на населенные пункты Назрань и Карабулак в Ингушетии. Погибли несколько десятков человек.
В августе произошли взрывы двух самолетов - Ту-154 и Ту-134, вылетевших из московского аэропорта "Домодедово", а также террористический акт возле станции метро "Рижская" в Москве.
Крупнейший террористический акт произошел 1-3 сентября 2004 г. в североосетинском городе Беслан, где в заложники были захвачены более тысячи учеников и учителей средней школы. В ходе незапланированного штурма здания погибли 330 человек, в том числе более ста детей. Вскоре после завершения бесланского кризиса Путина обвинили в безразличном отношении к произошедшему: одним из поводов стала речь, произнесенная президентом 4 сентября, в которой основное внимание было уделено не погибшим детям, а проблемам государственного строительства и внешней угрозы.
После устранения 10 июля 2006 г. главного чеченского боевика Шамиля Басаева, убийств двух президентов непризнанной чеченской республики и создания промосковского марионеточного правительства во главе с президентом Чечни Рамзаном Кадыровым Путину в целом удалось локализовать чеченский конфликт, разобщить чеченцев и свести участие российской армии в военных действиях в Чечне к полицейским и карательным функциям.
Тем не менее чеченский вопрос до сих пор остается для Путина и России самым болезненным. Неоднократно российские власти безуспешно предпринимали попытки добиться экстрадиции из Лондона представителя Чеченского правительства в изгнании Ахмеда Закаева, получившего в Великобритании политическое убежище. 28 октября 2002 г. последовало официальное заявление МИД России о том, что в связи с проведением в Дании Всемирного чеченского конгресса отменяется намеченный на 11-12 ноября визит Путина в эту страну для участия во встрече Россия - ЕС.
11 ноября 2002 г. в Брюсселе произошло очередное "мелкое" происшествие, связанное с высказываниями Путина. Отметим сразу же, что сказанные Путиным слова войдут в анналы истории так же, как знаменитое выступление Никиты Хрущева в Организации Объединенных наций, во время которого Хрущев снял ботинок и стал стучать по трибуне. На вопрос французского журналиста о нарушениях прав человека в Чечне Путин ответил следующим образом: "Если вы хотите совсем уж стать исламским радикалом и готовы пойти даже на то, чтобы сделать себе обрезание, то я вас приглашаю в Москву. У нас многоконфессиональная страна, у нас есть специалисты и по этой проблеме. Я порекомендую сделать операцию таким образом, чтобы у вас уже ничего не выросло". После произнесенного Путиным ответа в зале установилась тишина. Переводчик не понимал, как переводить сказанное. Когда Хрущев снял ботинок и стал стучать по трибуне министр иностранных дел СССР Андрей Громыко тоже снял ботинок и стал стучать по трибуне. Все-таки, мы живет в XXI веке. Президент Путин этого уже не понял. Поймет ли следующий?
В поисках русского Пиночета