В первые годы образования флота священники не особо горели желанием покидать свои приходы и идти служить на суда. По этой причине церковные иерархи начали заполнять должности судовых священников теми, кого, в силу их нравственно-моральных качеств, просто некуда было больше деть. Толку от таких батюшек на кораблях и судах было немного, и вскоре флотские начальники возопили о том, что лучше плавать вообще без представителей церкви, чем с такими. Должные выводы были сделаны. Корабельные священники стали получать повышенные оклады, после нескольких лет плавания на судах им давали в служение хорошие и богатые приходы. Ситуация сразу улучшилась. Помимо этого стала практиковаться посылка на суда монахов, которые, не имя семей на берегу, могли быстрее и лучше адаптироваться к непривычным условиям. Ряд монастырей вообще стал специализироваться на комплектации флота священниками. К примеру, Георгиевский монастырь под Севастополем традиционно комплектовал своими монахами корабли Черноморского флота с момента образования этого флота до самой Крымской войны.
Помимо своих основных обязанностей, корабельные батюшки занимались, говоря современным языком, идеологической обработкой личного состава, целью которой было привлечение к лону церкви всех отлынивающих от богослужений и особенно – инакомыслящих. Вот, к примеру, приказ контр-адмирала Барша по эскадре Балтийского флота от 20 июня 1745 года: «Понеже от кораблей и фрегатов рапортами объявлено, что на оных имеется служителей, не знающих молитв Божиих, компасу и снастям, немалое число, и того ради господам командующим оных незнающих расписать по офицерам и унтер-офицерам и велеть обучать молитвы Божие, яко Отче наш, Богородица дева радуйся и прочие, тоже компасу и снастям и велеть показывать каждому именно что какой веревкой и прочим действие какое происходит…»
Морской устав предписывал судовым священникам вести и серьезную агитационную работу по приобщению некрещеных матросов к православной вере: «Имеющихся на кораблях басурманов, яко татар, мордву, чуваш и черемис, приказать иеромонахам увещевать по правилам и в соединение в православную греческого исповедания веру скланивать всякими удобными мерами, дабы от того басурманства были отлучены и соединены к восточной кафолической церкви».
Из воспоминаний художника-мариниста А. П. Боголюбова: «Как и всегда, на корабль назначались в плавание монахи. Конечно, настоятели посылали на флот народ негожим, пьющим, почти что для наказания. Но дело оказывалось иначе. Флот наш тогда весь бойко пил, а потому ссыльные попадали в некотором роде в вертоград винный и пили горькую в кают-компании не хуже монастырской. Был на «Прохоре» иеромонах из валаамского скита Алексей – человек Божий, мой тезка. Я ему понравился, хотя делал с ним разные гадости, то есть пускал в бороду связанных за ножки ниткой двух больших мух, которых он, желая освободиться, давил на своей власянице. Наливал иногда в клобук воды на донышко, так что, вдруг, набросив себе его на голову, он невольно обольется, а притом другой резвый офицер или гардемарин крикнет: «Батюшка, капитан зовет!», затем раздается общий хохот. Но зато я ему разрисовал псалтырь водяными красками и очень старательно, и мы всегда жили ладно. По воскресеньям адмирал И. Епанчин приглашал к себе второго капитана, доктора и двухтрех офицеров обедать, а попа постоянно, над которым тоже любил трунить и подпаивал его. Как видно, тоже для шутки, был сладким блюдом подан пылающий ромом пудинг с серебряной ложкой. «Батюшке, батюшке первому!» – заорал Епанчин. Батюшке поднесли блюдо. Взялся он за ложку – горяча, другой рукой – тоже не берет, стал дуть сильнее, выдул спиртуозную влагу себе на бороду, она загорелась. Затушив рукой пожар, он благословил блюдо крестным знамением, сказав вполголоса: «А ну тебя… к… матери». Адмирал чуть не умер от смеха и удовольствия и накатал батюшку до положения риз».
Историк флота Д.Н. Федоров-Уайт в своей работе «Русские флотские офицеры начала XIX века»: «С назначением духовных лиц на суда плавающего флота в конце XVIII и начале XIX веков дело обстояло далеко не благополучно. Как пишет Штейнгель: «в это время… на флот посылали духовных… большею частью пьяных и развратных в наказание». В результате этого отбора худших: «к священникам не было никакого уважения, и не редко молодые офицеры и гардемарины строили над ними разные насмешки и пакости». Временами все же попадали на суда духовные лица иного типа, умевшие поддержать достоинство своего сана. Тот же Штейнгель говорит, что на «Изяславе», на котором он тогда плавал, был «иеромонах очень скромный, трезвый и дело свое знающий». Два мичмана, Давыдов и Богданов, позволили себе богохульство в присутствии этого иеромонаха. Тот немедленно же пожаловался на них командиру, который велел прочесть перед виновными «артикул, повелевающий за богохульство прожигать язык каленым железом». В результате виновные «с искренними слезами раскаяния принуждены были просить священника простить их». Завалишин рассказывает, как офицеры фрегата «Крейсер», на котором он совершал кругосветное плавание, не хотели в походе исповедоваться у судового иеромонаха, а говели по прибытии в Ситку, где исповедовались у известного миссионера отца Иоанна Вениаминова, впоследствии митрополита Иннокентия.
Несмотря на все недостатки судового духовенства, религиозное чувство, по-видимому, все же было сильно среди флотских офицеров. Свиньин приводит инструкцию капитан-командора Игнатьева, изданную в походе из Кронштадта в Средиземное море: «На корабле вашем строго наблюдать, чтобы христианский долг свято и ненарушимо был сохраняем, и имел отправление молитв и службы Божьей во все праздничные и воскресные дни. Строжайше запрещается, чтобы во время отправления молитвы никто не дерзал заниматься чем-либо другим и чтобы при соблюдении совершенной тишины и благоговения поступаемо было с должным благочестием». В Бокади-Катаро тот же Игнатьев, «как добрый христианин, отслужил благодарственный молебен Спасителю».
Правда, среди некоторых выдающихся офицеров взгляд на религию, по видимому, был близок к английскому деизму XVIII века. А некоторые шли дальше по тому же пути. Так, о знаменитом Лазареве Завалишин говорит, что, по его понятиям, «религия – была только необходимое политическое орудие для невежественного народа». По словам Завалишина, даже высказывал взгляд, что «кто хочет быть хорошим морским офицером и даже вообще военным человеком, тот не должен быть христианином, и что наоборот, христианин не может быть хорошим офицером».
В разрез с этими мнениями Лазарева идут взгляды большинства морских мемуаристов того времени. Так, Коробка говорит: «По себе судя, не верю, чтобы мореходец… мог быть вольнодумцем. Не верю чтобы… Вольтер, Спиноза и Дидерот, претерпев бурю или кораблекрушение, могли остаться атеистами и посмели острить язык над святою верою. Кто на воде не бывал, тот до сыта Богу не маливался: справедливо гласит наша пословица».
А. П. Беляев говорит, что среди кадетов Морского корпуса, во время его обучения там, было много религиозно настроенных. Эти кадеты вели по временам беседы на религиозные темы и читали книги духовного содержания. В числе этих книг была Библия издания Библейского общества, беседы митрополита Михаила и краткие жития некоторых святых. Беляев пишет: «Нравственное учение вне религии преподаваемое, во имя чего может быть обязательно для внутреннего убеждения?»