Возвратившись в столицу, генерал Жилинский в течение нескольких месяцев находился в распоряжении военного министра, затем около полутора лет командовал 14-й кавалерийской дивизией Варшавского военного округа.
Этот период жизни Я. Г. Жилинского был связан с одной «темной» историей, о которой шепотом говорили офицеры в своем кругу. По распространенной в то время легенде, генерал Жилинский имел любовницу в Варшаве и в один из своих приездов застал ее в передней, целующейся с офицером. В порыве ревности Яков Григорьевич выстрелом из револьвера убил своего соперника. Чтобы скрыть убийство, Жилинский вместе с любовницей вложили в руку офицера револьвер и, позвав швейцара, заявили о его самоубийстве. Проведенное следствие подтвердило версию, выдвинутую генералом и его любовницей. Однако в офицерских кругах говорили о том, что Жилинскому просто удалось откупиться от обвинения, заплатив очень большие деньги.
Казалось бы, такая криминальная история способна была оказать негативное влияние на служебный рост генерала Жилинского. Но этого не произошло. Вскоре Яков Григорьевич был назначен командиром 10 армейского корпуса, а 18 апреля 1910 года ему присваивается очередное воинское звание – генерал от кавалерии.
22 февраля 1911 года Я. Г. Жилинский принял должность начальника Генерального штаба Сухопутных войск Российской империи, сменив на этом посту генерала Ф. Ф. Палицына. Мир уже стоял на пороге Первой мировой войны, и перед Генеральным штабом стояли исключительно сложные и ответственные задачи. Одним из направлений его деятельности стало согласование планов войны России и Франции против Германии и Австро-Венгрии, а также разработка стратегического плана ведения войны самой русской армией.
В августе 1913 году в Красном Селе, что под Петербургом, состоялось девятое с 1892 года совещание начальников Генеральных штабов союзных государств Франции и России. Третий раз в его работе участвовали генерал Ж. Жоффр от Франции и генерал Я. Г. Жилинский от России. На этом совещании вопрос о взаимодействии союзников был центральным. Было подтверждено мнение глав союзных штабов, что Германия первоначально направит большую часть сил против Франции, оставив лишь незначительную часть против России. Генерал Жоффр заявил, что Франция введет в сражение на своей границе почти все свои силы, общее число которых составит полтора миллиона человек, что будет на 200 тысяч человек больше, чем предусматривалось текстом конвенции 1912 года. Сосредоточение на границе планировалось закончить на десятый день, наступательные действия начать утром одиннадцатого дня. Генерал Жилинский со своей стороны отметил, что Россия введет в действие против Германии группировку численностью до 800 тысяч человек. Сосредоточение действующих войск предполагалось закончить по просьбе союзников на пятнадцатый день мобилизации несмотря на то, что, по расчетам военных специалистов России, это можно было сделать не ранее чем на восемнадцатый день.
Во время этой же встречи было принято соглашение о наиболее выгодном направлении удара русских войск против Германии. Наступление представлялось начать в полосе от Нарева на Алленштейн (в случае сосредоточения немцев в Восточной Пруссии) или прямо на Берлин (если бы немецкое командование сосредоточило свои главные силы в районе Торн, Познань).
Отечественные военные специалисты считали, что принятие такого обязательства стесняло стратегическую свободу российского высшего военного командования в распределении своих сил. Некоторые государственные деятели, в частности начальник Главного штаба и председатель Военно-учебного комитета генерал от инфантерии Н. Н. Обручев, увидев эту ошибку при подписании конвенции в 1892 году, обращаясь к военному министру и императору, писал: «Мы должны сохранить за собою свободу распределять так свои войска, чтобы нанести решительный удар армиям Тройственного союза. Может быть для достижения сей цели нам прежде всего придется направить главные силы против Германии, как опаснейшего и сильнейшего противника, но может быть представится еще более выгодным сокрушить как можно скорее Австрию, чтобы затем легче справиться с изолированной Германией. Нам надо сохранить за собой безусловную свободу действий и потому в вопросе о совместных с Францией операциях, кажется, наилучшим будет ограничиться лишь общим обязательством в случае нападения одной из держав Тройственного союза на Францию, тотчас же мобилизовать свою армию и начать военные действия против ближайших нам держав сего союза – Германии и Австрии, требуя с французской стороны соответственного обязательства» [6] . Но эта точка зрения, известная Якову Григорьевичу и представляющаяся ему целесообразной, под воздействием генерала Жоффра была отвергнута.
На встрече последовало изложение общих основ сосредоточения и группировки французских и русских армий против Германии. Представители держав согласились относительно необходимости направить удар в сердце неприятельской страны. Было признано разумным сосредоточить силы таким образом, чтобы быть в состоянии действовать либо против сил противника в Восточной Пруссии, либо идти на Берлин по операционной линии к югу от этой провинции. Не отрицая необходимости для России держать многочисленные силы против Австро-Венгрии и Швеции, генерал Жоффр считал, что поражение Германии значительно облегчит операции русских армий против других держав Тройственного союза. Он полагал необходимым добиться уничтожения с самого начала вооруженных сил Германии. С этой целью возникла задача ускорить мобилизацию и сосредоточение союзных армий.
На русском фронте успешное решение этой проблемы было связано с наличием железных дорог, которых в приграничных районах была недостаточно. Но Жилинский заверил присутствующих, что многое уже сделано. Некоторые из работ, намеченных на совещании начальников штабов в прошедшем году, уже были выполнены. В четыре раза была увеличена пропускная способность на участке Жабинка – Брест, в два раза на участках Брянск – Гомель, Лунинец – Жабинка и Орел – Варшава. Предполагается постройка новой двухколейной линии Рязань – Тула – Варшава. На совещании было намечено проведение второй колеи на участках Батрики – Пенза – Смоленск, Ровно – Барановичи и Лозовая – Полтава – Киев – Сарны. Также было признано целесообразным перейти на европейскую колею железных дорог на левом берегу Вислы и увеличить количество мостов через эту реку в Варшавском районе.
На совещании обсуждался вопрос о ведении военных действий. Было признано совершенно необходимым для союзных армий добиться как можно скорее решительного успеха. Не без оснований считалось, что неудача французских армий в начале войны позволит Германии перенести на свою восточную границу часть сил, которые продолжали бы сражаться против Франции. Если же французские армии одержат верх над силами, выставленными против нее Германией, то этот успех облегчит операции русских армий, так как Германия не будет в состоянии перенести свои войска с Западного фронта на Восточный. Для того чтобы создать угрозу наступления на территорию Германии с района Варшавы, Жилинский предложил развернуть в Польше дополнительно еще один армейский корпус.
В конце совещания было определено, что связь между штабами будет осуществляться по уже отлаженному каналу через Англию, с которой имеется соглашение по данному вопросу.