На новой должности Иванов оказался на виду у высших военных чинов столицы. Он был произведен в генерал-майоры, в сравнительно короткое время награжден тремя орденами: российским орденом Св. Станислава 1-й степени, французским офицерским крестом Почетного легиона и румынским большим крестом ордена Короны. Затем он был приглашен состоять генералом для поручений при генерал-фельдцехмейстере – главном начальнике артиллерии русской армии великом князе Михаиле Николаевиче. Эта перспективная должность не прельстила, однако, деятельного генерала.
В 1900 году резко обострилась обстановка в Маньчжурии, где незначительные формирования русских войск, охранявших Восточно-Китайскую железную дорогу, постоянно подвергались нападениям восставших китайских крестьян. Для наведения порядка в этом районе русское правительство решило выделить специальный экспедиционный корпус. Узнав об этом, Иванов подал рапорт о направлении его на службу в корпус. Вскоре он выехал во Владивосток, заняв должность начальника артиллерии корпуса.
Так для Николая Иудовича началась вторая в его жизни война. Он всячески стремился отличиться на поле боя. Однако ввиду того, что боевые действия носили преимущественно характер карательных экспедиций, а не крупных полевых сражений, возглавляемая Ивановым артиллерия применялась весьма ограниченно. По итогам войны в Китае он был награжден орденом Св. Анны 1-й степени и чином генерал-лейтенанта, после чего вновь вернулся к исполнению обязанностей генерала для поручений при великом князе Михаиле Николаевиче.
С началом Русско-японской войны Иванов подает рапорт с просьбой направить его в действующую армию. Летом 1904 года она была удовлетворена. Он направляется в распоряжение командующего Маньчжурской армией в Ляоян. Выполняя частные служебные поручения, Николай Иудович за отличие в августовских боях, происходивших у стен этого города, был награжден орденом Св. Георгия 4-й степени, а за осенние бои – Золотым георгиевским оружием с надписью: «За храбрость». В июне 1905 года генерал-лейтенант Иванов был назначен командиром Восточного отряда Маньчжурской армии, который вскоре был переформирован в 3-й Сибирский армейский корпус. Он вошел в состав 1-й Маньчжурской армии, возглавлявшейся генералом от инфантерии Н. П. Линевичем. Во главе этого корпуса, а затем 1-го армейского корпуса Николай Иудович провел немало боев, участвуя в Шахейском и Мукденском сражениях. За боевые заслуги генерал Иванов был повторно награжден Золотым георгиевским оружием с надписью: «За храбрость», но на этот раз украшенным бриллиантами.
О личностных качествах Иванова в этот период написано немного. Безусловно, он был храбрым генералом и достаточно грамотным командиром, умел ладить с начальниками и подчиненными. Граф А. А. Игнатьев, встречавшийся с ним на полях Маньчжурии, позже писал:
«Хитрый был мужик Николай Иудович: он в конце войны не раз заходил в нашу столовку в Херсу потолковать с молодежью, подышать штабным воздухом, и нелегко было разгадать, что таится за ласковым взором и еще более сладкими речами этого простака с величественной и уже слегка седеющей бородой».
Новый 1906 год Иванов встретил в Петербурге, куда прибыл со своим 1-м армейским корпусом, дислоцировавшимся в столице и ее окрестностях. На этом посту его и застало восстание матросов Кронштадтской крепости, начавшееся вечером 19 июля этого года. В его подавлении части корпуса генерала Иванова сыграли главную роль. По его указанию уже к утру 20 июля были арестованы свыше 3 тысяч восставших. По приговорам военно-полевых судов 36 человек были расстреляны, 130 сосланы на каторжные работы, 1251 – осуждены на различные сроки тюремного заключения.
Жандармские заслуги Николая Иудовича были высоко отмечены правительством. Он награждается орденом Св. Владимира 2-й степени и свитским званием генерал-адъютанта. Кроме того, в памяти царя «внезапно всплыли» подробности героических действий генерала при обороне Гаутулинского перевала в феврале 1905 года. Иванов задним числом награждается орденом Св. Георгия 3-й степени, на белой эмали которого явно была видна кровь расстрелянных матросов. В довершение ко всему Иванов назначается генерал-губернатором, главным начальником Кронштадта, членом Совета Государственной обороны.
События, столь способствовавшие служебному росту генерала, негативно отразились на его личной жизни. Женщина, любви которой он добивался долгие годы, узнав о причастности Иванова к кронштадтским событиям, наотрез и окончательно отказалась стать его женой. Все попытки изменить ее решение оказались тщетными. До конца своей жизни Николай Иудович остался холостым.
В 1908 году Иванову был пожалован чин генерала от артиллерии. Встал вопрос о назначении его командующим войсками Киевского военного округа. Но для этого требовалось предварительно сдать экзамен командования на больших маневрах, проводившихся ежегодно в Красном Селе. В распоряжение Николая Иудовича были выделены две гвардейские дивизии и одна стрелковая бригада. По количеству сил и средств это объединение ненамного отличалось от корпуса, которым командовал Иванов в Русско-японскую войну. Но то, что на этот раз приходилось действовать на глазах императора и военного министра, приводило генерала в смятение. Он никак не мог принять решение в довольно-таки простой тактической обстановке. А. А. Игнатьев, работавший в то время в штабе Иванова, вспоминал, что на предложение одной дивизией наступать с фронта, а остальными силами совершить глубокий обход противника с фланга, Николай Иудович не согласился.
– Опасно, а вдруг противник обрушится превосходящими силами с фронта. Что мы тогда будем делать? Ведь посредники сразу же начнут подсчитывать батальоны. Но главное, государь император уж непременно будет наблюдать за боем не со стороны обходной колонны, а с фронта. Получится конфуз. Поэтому в обход пошлем одну дивизию, а стрелковую бригаду я на всякий случай оставлю при себе, – решил он.
Спорили в тот раз долго. Пили чай, писали приказ, который много раз затем переписывался. По всему было видно, что страх перед начальством туманил голову опытного старика больше, чем страх перед принятием неверного решения. С годами эта черта в характере Иванова стала доминирующей.
Красносельские маневры завершились благополучно. В декабре 1908 года Н. И. Иванов был назначен командующим войсками Киевского военного округа, сменив на этом посту генерала В. А. Сухомлинова, вступившего в должность начальника Генерального штаба. В структуре Вооруженных сил России этот округ считался одним из основных. Боевая подготовка его войск, в основе которой лежали методы генерала М. И. Драгомирова, продолжительное время командовавшего округом, высоко оценивалась не только отечественными, но и зарубежными военными специалистами. Однако новый командующий сразу же заметил, что в последние годы она осуществлялась без учета опыта Русско-японской войны, требовавшего внесения серьезных поправок в тактику всех родов войск. Он потребовал учить войска быстрому маневру на поле боя, переходу от наступления к обороне и наоборот, совершению длительных маршей, ведению боевых действий не только днем, но и ночью. В основу одиночной подготовки бойца была положена тактика рассыпного строя в условиях применения противником огня пулеметов и скорострельной артиллерии. Кавалерия обучалась действовать как в конном строю, так и в пешем порядке, причем последнему отдавалось предпочтение.