Алибек-хаджи с остатками своих сторонников ушел в верховья реки Ярык-су и закрепился в ауле Самсыр, считавшимся неприступным. Вскоре туда начали со всех сторон стекаться горцы, желавшие испытать военное счастье на службе Аллаху. Вскоре под командой имама собралось около двух тысяч человек.
Для разгрома самсырской группировки из Хасавюрта был направлен отряд под командой флигель-адъютанта полковника Батьянова. 15 мая он вошел в оставленный жителями аул Юрт-Аух, где расположился на ночь. Но едва сгустились сумерки, как аул одновременно с нескольких сторон был атакован противником. Бой длился всю ночь. Русские удержали занимаемые позиции, но с наступлением следующего дня, установив значительное численное превосходство противника, были вынуждены оставить аул и вернуться в Хасавюрт.
В двадцатых числах мая против мятежников была снаряжена экспедиция, состоявшая из двух отрядов. Одним из них командовал полковник Батьянов, второй возглавил генерал Свистунов. Согласованными действиями обоих отрядов Самсыр был взят, но, как и следовало ожидать, главные силы повстанцев во главе и их вожаками успели уйти в горы. По приказу Свистунова непокорный аул был стерт с лица земли. Такая же участь постигла аулы Алман и Бурунтай, жители которых были переселены на равнину.
В начале июня Алибек-хаджи со значительной вооруженной силой вновь появился в окрестностях аула Самсыр. Готовя новую экспедицию, генерал Свистунов решил для борьбы с мятежниками использовать их соплеменников. По его приказу из жителей грозненского, хасавюртского, Веденского, салатавского и других округов местными властями были сформированы отряды численностью от 50 до 200 человек каждый. Они вошли в состав экспедиционного соединения полковника Батьянова, численность которого таким образом была доведена до двух тысяч человек, усиленного несколькими батареями конной артиллерии.
Операция началась в конце июня. Противник был блокирован в самсырских лесах, после чего началось их поэтапное прочесывание. Мятежники были вынуждены отходить к высотам Кожельгендука, где попытались закрепиться. Но и эта их попытка оказалась неудачной. 24 июня высоты были взяты штурмом. Правда, и на этот раз имаму и большинству его сторонников удалось избежать гибели и плена. Генерал Свистунов, излагая свое видение причин неуловимости и боевой живучести Алибека-хаджи, докладывал наместнику:
«Надо признать за положительный факт, что все без исключения чеченское население, если не прямо сочувствует и желает успеха Алибеку, то, по крайней мере, видит в нем несчастного, которому приходится страдать за предпринятое им святое дело религии и которому поэтому, хоть тайно, помогать обязан каждый правоверный».
В конце лета русское командование провело против мятежников ряд экспедиций, в результате которых непокорные аулы сжигались, а окружавшие их поля хлебов и кукурузы уничтожались. Последнее, наносившее материальный ущерб чеченцам, охладило многие горячие головы. Очаги восстания, постоянно сужаясь, неудержимо откатывались в горы.
В начале сентября имам с 400 сторонниками укрылся в горном ауле Ярык-су. Русские долго не решались на его штурм. Но в начале октября в русском лагере появился богатый чеченец Бий-Султан, который предложил показать обходные пути в аул. В ночь на 6 октября аул был взят внезапным штурмом. Чеченцы защищались отчаянно, но почти все полегли в бою. Сам имам всего с пятью мюридами скрылся в горах Дагестана.
В Дагестане чеченскому вожаку удалось собрать довольно крупный отряд соплеменников и привлечь на свою сторону множество местных воинов. Пламя восстания охватило несколько горных районов края с центрами в населенных пунктах Согреталь, Телитль, Гергебиль и Цудахар. Однако зажиточная часть населения приморских и северных районов Дагестана не желала поддерживать восставших. Тем не менее нашлось немало людей готовых с оружием в руках выступить против законной власти.
Из Чечни волнения горцев быстро распостранились на территорию Дагестана. Вначале они были отмечены среди согратлинцев, затем — среди аварцев и казикумыков. Руководители повстанцев, главным образом представители духовенства, с целью всколыхнуть горцев и вовлечь их массы в антироссийскую борьбу, провели кампанию по выборам имама Дагестана и Чечни. Им стал Кази-Мухаммад — второй сын Шамиля, турецкий подданный. С началом русско-турецкой войны он создал на территории Турции Лезгинский отряд, во главе которого затем сражался против русских войск в районе Карса. Летом 1877 года по настоянию турецкого командования Кази-Мухаммад с большой группой сторонников тайно проник на территорию Дагестана, где был тепло встречен мусульманами.
С июля духовные вожди восстания начали активно распространять среди горцев воззвания нового имама. Под их воздействием некоторые наибы отказались выполнять указания российских властей, тайно, а то и открыто поддерживая мятежников. В августе отряды чеченцев и дагестанцев внезапно напали на крепость Кумух, взяли ее штурмом и уничтожили практически весь небольшой гарнизон. Начальник крепости капитан Шафи-Гаджи и начальник Казикумыхского округа полковник В. Чембер были убиты, а головы их выставлены на шестах над воротами крепости.
Восставшие кумухцы провозгласили ханом Джафара — потомка давнего казикумыхского ханского дома. Новый хан попытался организовать экспедицию с целью нанесения удара по тылам войск Кавказской армии и воссоединения с отрядами мятежников, действовавшими в Чечне. Однако он не смог поднять требуемого количества войск или, что более вероятно, не решился покинуть город. 22 октября Кумух был взят штурмом российскими войсками. Джафар-хан с небольшой группой сторонников скрылся в горах. Жители, покинутые вождями, сражались яростно, но безграмотно и в большинстве полегли под штыками солдат и шашками казаков.
Русское командование для завершения подавления восстания направило в Дагестан войска из Чечни, которые усилили имевшиеся там формирования. Им удалось выбить восставших из Телитля, а затем взять Цудахар. В последнем в результате боя было захвачено 116 пленных и большое количество оружия.
В начале ноября под ударами русских войск Согретель — последний оплот повстанцев в Дагестане. Почти все главари мятежников и их воины либо пали в бою, либо оказались в плену. Алибек-хаджи бежал в Ведено, где вскоре добровольно сдался русским властям.
В течение ноября российские войсковые отряды полностью разгромили мятежников на территории Дагестана. Все очаги сопротивления были подавлены. Под страхом расстрела населенных пунктов артиллерией их жители либо сами изгоняли повстанцев, либо выдавали их российской администрации. Разгром дагестанского восстания был достаточно жестоким. В боях погибло несколько тысяч горцев, многие были изувечены. Из плененных 300 человек были казнены, а 4875 высланы в Сибирь. Потери русских войск в боевых действиях в Чечне и Дагестане составили 251 человек убитыми и 848 ранеными.
Русско-турецкая война 1877–1878 годов в очередной раз высветила крайне сложную роль Кавказа в формировании международной политики империи с ее южными соседями. Его территория по-прежнему рассматривалась многими азиатскими и европейскими правительствами, как разменная карта в большой политической игре по разделу мира. Поражение Турции в этой войне и ее территориальные потери лишь усилили антироссийские настроения в мусульманском мире, жаждавшем реванша.