Был разработан смелый план защиты Екатеринодара, рассчитанный главным образом на революционные настроения казаков. И.Л. Сорокин лично выступает на митингах в казачьих частях, обещая всяческие льготы этому сословию. Под видом борьбы с «врагами революции» вся зажиточная часть города была подвергнута разграблению. Были вскрыты винные склады и многочисленные винные магазины. Пьяные толпы вооруженных сорокинцев громили богатые дома, убивали их хозяев, насиловали женщин, уносили все ценное имущество. Об организации обороны Екатеринодара никто не помышлял.
Сам Иван Лукич разместил свой штаб в лучшем здании города, окружив его преданными ему отрядами казаков. Он каждый день выезжал на улицы Екатеринодара на прекрасном белом коне в окружении многочисленной свиты, в сопровождении большого конвоя. Народ видел перед собой не красного главнокомандующего, а наместника Кавказа, которым Сорокин пытался себя представить. Он вникал в вопросы не только военные, но и гражданской администрации города и, не имея опыта и возможностей для их решения, тут же находил виновных среди местных чиновников, которых ждали быстрый суд и публичная расправа. Благодаря этим мерам личный авторитет Сорокина среди части местного населения постоянно рос. Складывался миф «народного героя», в котором Иван Лукич играл ведущую роль.
Но противник оказывается достаточно сильным. Его войска продолжают наступление, и 17 августа передовые части Добровольческой армии вступают в Екатеринодар, оборона которого практически не велась.
Таким образом, для удержания столицы Кубани должных усилий Сорокиным приложено не было несмотря на то, что советские войска превосходили по численности войска противника. Оказалось, что часть войск отказалась выполнять приказы Сорокина, вышла из его подчинения и стихийно начала отступать.
В конце августа Сорокин из района Армавира с самолетом направил в Астрахань для доклада Военному совету Северо-Кавказского военного округа в Царицыне донесение с оценкой положения Красной Армии Северного Кавказа. 3 сентября это донесение было представлено И В. Сталину и К.Е. Ворошилову. В донесении Сорокин слезно просил пополнения запасов боеприпасов, но Сталин решил направить их не на Северный Кавказ, а под Царицын. При этом Сталин 26 июля посылает телеграмму в Москву, в которой пишет: «Положение всей кубанской армии отчаянно неприглядно, армия осталась без необходимых предметов вооружения, она отрезана и гонят ее к морю».
В конце августа белые начали наступление на Армавир. Часть советских войск под командованием Д.П. Жлобы, оборонявшие этот участок, пользуясь отсутствием командира, вышла из повиновения и начала творить бесчинства. Они потребовали крупных денежных средств, угрожая расправой комиссарам. Получив отказ, приняли решение оставить позиции.
Узнав об этих бесчинствах, И.Л. Сорокин приказал арестовать и расстрелять главного зачинщика. Но командиры этой группировки под предлогом недоверия главнокомандующему, приняли решение оставить Северный Кавказ и увести войска в Царицын, где с 10 июля находился и сам Жлоба. Воспользовавшись этим, белые перешли в наступление и заняли Армавир.
В конце августа в Невинномысск, где находился штаб И.Л. Сорокина, прибыл из Царицына Жлоба с приказом немедленно двигаться к Царицыну. Из этого приказа не были ясны причины отхода Красной Армии Северного Кавказа к Царицыну, о них ничего не знали ни Чрезвычайный комиссар Юга России Г.К. Орджоникидзе, ни в Москве. Это создавало очень сложное положение для войск Красной Армии Северного Кавказа.
Началась неразбериха. Главнокомандующий пытался наладить управление войсками, но у него ничего не получалось. Д.П. Жлоба отказался выполнять его приказы и, погрузив войска в эшелоны, и 10 сентября направился в Царицын. Сорокин разослал телеграммы о задержании и разоружении войск Жлобы, но его распоряжения остались только на бумаге, так как не было сил для их выполнения.
Командование Южного фронта тут же направило в штаб Сорокина ряд директив относительно планов дальнейших действий, начало требовать постоянных донесений по многим вопросам. При этом одни приказы зачастую перечили другим. Так, если приказ от 22 августа требовал отвода войск к Царицыну, то приказ от 24 сентября предписывал любой ценой удерживать Северный Кавказ.
Красная Армия Северного Кавказа отступала, не имея определенного плана ведения боевых действий. С боями она отошла на восток, и в сентябре соединились с войсками Таманской армии, которая незадолго до этого в августе — сентябре 1918 года совершила героический переход из побережья Черного моря в район Армавира, описанный в романе А.С. Серафимовича «Железный поток». Ее войска, насчитывавшие около 100 тысяч человек при 185 орудиях, заняли рубеж по рекам Лаба, Кубань, Невинномыск, ведя бои с войсками Добровольческой армии и тем самым оказывая помощь красным войскам, оборонявшим Царицын.
В начале октября приказом командующего Южным фронтом все подчиненные ему войска были сведены в пять армий. Командующими армиями назначаются К.Е. Ворошилов, Сорокин и Автономов. Председателем Реввоенсовета фронта назначается Сталин, а Ворошилов занимает сразу две ответственные должности: кроме командующего армией он занимает должность помощника командующего и члена Реввоенсовета фронта.
События под Царицыном развиваются в пользу советского командования. Мятежная дивизия Жлобы нанесла удар с тылу по белым войскам и вынудила их отойти от Царицына. По настоянию Сталина Жлоба получил от Реввоенсовета республики именной портсигар.
И.Л. Сорокин лишился высокого титула главнокомандующего Красной Армией Северного Кавказа и был назначен командующим 11-й армии, действующей на Кубани. Ивану Лукичу это очень не понравилось. К тому времени он привык считать себя единовластным хозяином всего Северного Кавказа, и не желал подчиняться приказам командующего фронтом П.П. Сытина и членов его Реввоенсовета. Он продолжал рассылать директивы ранее подчинявшимся ему командующим и требовал выполнения их вопреки директивам командования Южного фронта. Это приводили к конфликтам, при разрешении которых Иван Лукич действовал крайне жестко.
Так, в начале октября 1918 года с небольшой группой сторонников он прибыл в Ставрополь, где в то время размещался штаб Таманской армии и потребовал от ее командования беспрекословного выполнения его приказов. Командующий Таманской армией И.И. Матвеев ответил, что выполняет директивы командования Южного фронта. Сорокин был взбешен таким ответом, обвинил Матвеева в измене и добился от Реввоенсовета приказа о его расстреле. После этого, переформировав войска армии, Сорокин начал штурм Ставрополя. 27 октября город был взят красными. Иван Лукич в этот город въехал со своим штабом, как триумфатор. Начались обычные для того времени аресты и расстрелы, конфискация имущества, грабежи, насилия, пьянки.
В октябре обострились разногласия между И.Л. Сорокиным и его штабом с одной стороны и Реввоенсоветом 11-й армии и ЦИК Северо-Кавказской Республики с другой. Противники командующего докладывали, что Иван Лукич и его штаб настолько разложены, что не занимаются планированием и управлением боевых действий. В ответ на это на совещании командного состава, происходившем в Пятигорске 15 октября, Сорокин прямо заявил, что ЦИК и Реввоенсовет ему мешают выполнять обязанности командующего. На этом же совещании возмущенный секретарь крайкома партии М.И. Крайний (Шнейдерман) написал записку председателю Северо-Кавказской ЧК М.П. Власову, которая заканчивалась словами: «…на днях должен решиться вопрос, или эта сволочь, или мы». Но эта записка, небрежно брошенная Власову, попала в руки Сорокину.