Освободившись от части груза, пираты снова пошли на север, чтобы поискать еще пресной воды на других островах, однако попали в такое сильное течение, что не смогли даже вернуться на остров Сан-Сальвадор (Джеймс), чтобы пополнить убывающие запасы. Пришлось взять курс на северо-северо-восток, который и привел их в конце концов к берегам Новой Испании.
В последующие месяцы 1684–1685 гг. «Услада холостяка» вместе с другими пиратами, вошедшими в Тихий океан, грабила испанские корабли у северо-западных берегов Южной Америки. Вице-король Перу проведал о том, что английские пираты хранят на Галапагосах провизию и держат там коз, и послал отряд с заданием уничтожить провиант и отвезти на берег собак, чтобы те расправились с козами. В 1685 г. «Услада холостяка», вернувшись на заколдованные острова, смогла забрать всего лишь 500 тюков муки, да и те были отчасти попорчены птицами. На сей раз пиратам больше повезло с водой благодаря необычно сильным ливням, и они приметили участки хорошей почвы.
В последующие годы острова Галапагос служили важной базой пиратов, совершавших набеги на побережье Южной Америки. Этот район был достаточно удален от главных трасс испанского судоходства, пиратам не надо было опасаться внезапной атаки, и они спокойно укрывались здесь между битвами и походами. На острова привозили домашних животных; дичая, они служили дополнением к провианту в виде черепах, игуан, птицы и рыбы. Постепенно пираты разведали все немногочисленные непересыхающие источники пресной воды.
По следам британских пиратов в 1700 г. на Галапагосы прибыла французская экспедиция в составе двух кораблей во главе с Бошаном-Гуэном. Французы занимались торговыми операциями, идя вдоль южноамериканского побережья до Кальяо, причем пережили немало неприятностей, потому что их постоянно принимали за недавно бесчинствовавших здесь буканьеров. В конце концов французы ушли от побережья, чтобы исследовать Галапагосы, известные некоторым членам команды, которые и впрямь прежде были пиратами. Экспедиция провела на архипелаге месяц, посетив четыре острова, однако с дровами было плохо, с водой еще хуже, и, покидая архипелаг, французы назвали его «самым отвратительным местом в мире» (рукописный журнал Бошана, хранящийся в Военно-морском музее).
В 1709 г. острова Галапагос дважды посетили снаряженные бристольскими купцами для каперства «Дюк» и «Дюшес». Командир отряда капитан Вудс Роджерс, как и Бошан, отозвался о Галапагосах куда менее восторженно, чем пираты, которые двадцатью годами раньше расхваливали этот архипелаг.
После англичан и французов снова наступила очередь испанцев. Карл III снарядил экспедиции для исследования тихоокеанских вод у берегов Америки, и в 1789 г. на Галапагосы прибыл Алонсо де Торрес. Он переименовал острова и составил новую карту — похуже той, которую на 100 лет раньше начертил Каули.
Насколько можно судить по источникам, заход Торреса на «Заколдованные острова» был первым важным по своим последствиям посещением архипелага испанцами после его открытия Берлангой в 1535 г. — факт, достаточно существенный для нашего истолкования обнаруженной на островах керамики, которое последует дальше.
Годом позже, в 1790 г., Галапагосы посетила первая совсем непродолжительная научная экспедиция на кораблях «Дескубиерта» и «Атревида» под командованием Алессандро Маласпины. К сожалению, вернувшись на родину, Маласпина попал в тюрьму за политическую деятельность, а потому его рукописи не были опубликованы.
В 1793 г. прибыла на архипелаг еще одна экспедиция, открывшая важную страницу в его истории. Английский капитан Джеймс Колнетт был направлен в Тихий океан на корабле «Рэттлер», чтобы исследовать районы китобойного промысла и разведать острова и порты, куда китобойцы могли бы заходить для ремонта и пополнения припасов. Колнетт посчитал расположение Галапагосов удобным для китобоев; здесь можно было вытаскивать суда на берег и в обилии запасаться свежим провиантом, включая вкусное и очень легко добываемое мясо черепах. Он составил первую отвечающую современным требованиям карту архипелага и дал наименования островам, которые не смог опознать по старым картам. Источник на острове Сан-Сальвадор (Джеймс), снабжавший водой пиратов, высох, но капитан предположил, что в глубине острова можно найти другие. Кругом валялись брошенные пиратами испанские кувшины, в том числе совершенно целые. Здесь же были найдены и другие следы пребывания буканьеров — старые кинжалы, гвозди и прочие предметы.
С публикацией в 1798 г. пространного отчета Колнетта о его миссии началась китобойная эра в жизни островов Галапагос. Пиратская эра кончилась давно. Лишь в 1816 г. архипелагу снова нанесли короткий визит авантюристы этого склада: корсары Бушар и Браун пришли сюда, чтобы разделить добычу. Если буканьеры в прошлом отдавали предпочтение бухте Джеймс на острове Сан-Сальвадор (Джеймс), то китобои пользовались удобной якорной стоянкой в заливе на западном берегу Исабелы (Албемарл); с той же поры Почтовая бухта на Санта-Марии (Чарльз) стала регулярным портом захода: идущие на промысел суда оставляли здесь в бочке почту, которую забирали другие суда, возвращавшиеся домой.
В 1812 г. на Галапагосы пришла война: американский капитан Дэвид Портер, получивший задание очистить Тихий океан от английских китобойцев, явился сюда на фрегате «Эссекс». Американский китобоец, занимавшийся промыслом у берегов Южной Америки, привел его в Почтовую бухту с ее знаменитой бочкой. Капитан Портер нашел в письмах важные сведения и смог перехватить немало вражеских судов.
К тому же времени на архипелаге появился первый в исторические времена поселенец. Ирландский моряк Патрик Уоткинс не поладил со своим капитаном и по собственной просьбе был высажен на берег Санта-Марии (Чарльз) поблизости от Почтовой бухты. Километрах в полутора от берега он нашел подходящий, достаточно влажный клочок земли, построил себе хижину и на одном гектаре выращивал картофель и тыквы, сбывая урожай регулярно навещавшим остров китобоям. Капитан Портер в своем журнале, опубликованном в Лондоне в 1823 г., ярко описывает этого отшельника, который пристрастился к рому, а затем хитростью и силой задержал четверых других моряков с разных кораблей и обрек их на роль своих невольников. Повествуя о том, как Патрик и его странная компания в конце концов покинули остров на украденном суденышке, капитан Портер предсказывал, что Галапагосы еще на много десятилетий останутся необитаемыми. Прошло немногим больше десяти лет, и Хосе Вильямил предпринял первую организованную попытку колонизовать архипелаг.
До тех пор ни одно государство не предъявляло своих прав на Галапагосы, но генерал Вильямил из только что обретшего независимость Эквадора задумал организовать компанию по освоению архипелага и в 1832 г. официально вступил во владение им от имени эквадорского правительства. Он переименовал Галапагосы в архипелаг Колона. Добившись помилования 80 солдат, приговоренных за бунт к смертной казни, он отправил их с женами на Санта-Марию (Чарльз), чтобы впервые в исторические времена заложить на архипелаге поселение в глубине острова, в нескольких километрах от Черного берега. Здесь, на высоте 300 м над уровнем моря, из скал бьет небольшой родник с превосходной водой и есть достаточно почвы, чтобы вести скромное хозяйство и держать небольшое количество домашних животных. Однако для поселенцев начались неприятности, когда правительство решило разместить на острове штрафную колонию и пополнило население двумя сотнями ссыльных. Спустя несколько лет Вильямил, разочаровавшись, отказался от губернаторства; последовали мятежи и стычки, большинство ссыльных бежало. В 1845 г. сильно уменьшившееся поселение было перенесено в бухту Врэк на острове Сан-Кристобаль (Чатем), в горах которого обнаружились источники пресной воды. На Санта-Марии (Чарльз) осталось совсем немного жителей из числа ссыльных.