После этой катастрофы Судан полностью перешел во власть Мухаммеда Ахмада. Все, что напоминало иноземное владычество, уничтожалось. Правительственные приказы и распоряжения, списки должников египетских торговых фирм, кабальные контракты попросту сжигались.
Все законы, изданные в прошлом иностранными властями, отменялись. Были опубликованы приказы и постановления махди, послужившие основой для нового законодательства. Махди провозгласил, что отныне богатый и бедный, слуга и хозяин, араб и нубиец равны между собой. Всех объединяет общая вера и общие цели в священной войне. Он ограничил размер выкупа за невесту, что отвечало интересам беднейшей части населения. Оклады государственным чиновникам были снижены. Махди установил строгие наказания грабителям, казнокрадам, фальшивомонетчикам и другим преступникам.
К территориям, находившимся под контролем махдистов, прибавились районы Красноморского побережья, Дарфур. Восстало население Южного Судана. Против правительственных войск выступили племена нилотов: динка, шиллук, нуэр. На второй год восстания, в середине 1882 г., нилоты и небольшие отряды махдистов вплотную подошли к Дейм-Солиману, главному административному центру провинции Бахр-эль-Газаль. Махди поручил одному из своих эмиров управление провинцией, почти полностью очищенной нилотайи от египетских войск. В апреле 1884 г. губернатор провинции Лептон капитулировал.
Восстание перекинулось и в восточные районы, в провинцию Экваториальную. В конце 1885 г. племена динка и бари господствовали в северных ее районах. Эмин-паша был вынужден бежать с остатками войск сначала в Дуффиле, затем в Уаделай и, наконец, в 1888 г. очутился в Тунгуре на озере Альберт. Племена нилотов вернули себе независимость. Махдистские войска закрепили успехи, достигнутые местным населением.
Оборону Хартума в это время возглавил вновь назначенный на пост генерал-губернатора Судана Гордон. В Хартум он прибыл 18 февраля 1884 г.
В Лондоне Гордон получил инструкции, целью которых было отторжение Судана от Египта. Подавив восстание, Гордон рассчитывал создать в Судане формально самостоятельное государство, которое фактически будет находиться под властью Англии. Стремясь завоевать расположение населения, Гордон пытался договориться с махди и некоторыми из его соратников, предлагая им стать во главе «независимого» султаната в Северном Судане. Южный Судан — провинции Бахр-эль-Газаль и Экваториальная — должны были отойти к английским восточноафриканским владениям. Однако махди отверг предложения Гордона и начал наступление на Хартум.
8 августа 1884 г. 40-тысячная армия двинулась к столице Судана. 23 октября передовые части махдистов подошли к стенам Омдурмана. 5 января 1884 г., после двух месяцев осады, его гарнизон сдался.
С падением Омдурмана Хартум оказался в безвыходном положении. Начался голод. Участились случаи дезертирства. Мирное население охотно переходило на сторону повстанцев. 23 января 1885 г. Хартум был взять войсками махди, а Гордон, руководивший обороной города, убит.
В июне 1885 г. Мухаммед Ахмед умер. Его сменил ближайший ученик махди, халиф Абдаллах. При нем народы Судана продолжали упорную борьбу за независимость.
Независимое суданское государство имело феодально-теократический характер. Во главе его стоял махди — религиозный глава, говоривший и действовавший как бы от имени самого Аллаха. Старая родовая организация Судана, подорванная развитием классовых отношений, на значительной части территории страны оказалась существенно ослабленной. Процесс становления независимого государства был связан с перемещением племен, возникновением новых городов, с постоянным передвижением больших войсковых групп.
В новом государстве административное деление было проведено по территориальному признаку. Ближайшим помощникам и советникам АСщаллаха, четырем халифам, подчинялись главные эмиры — правители отдельных провинций, которых насчитывалось до 20. Главному эмиру подчинялись эмиры отдельных частей провинций. Эмир в своей провинции пользовался неограниченной властью, будучи главой военной и гражданской администрации. По всей стране действовало единое законодательство, основанное на шариате и дополняемое постановлениями махди и халифа. Всей хозяйственно-экономической жизнью страны руководило казначейство бейт аль-маль. В его ведении находились финансы, промышленность, сельское хозяйство, внутренняя и внешняя торговля.
Основными источниками государственных доходов служили многочисленные налоги с населения, военная добыча, конфискованное имущество осужденных, прибыль от государственных монополий (продажа рабов, экспорт слоновой кости и др.). Бейт аль-маль ведал и монетным двором. Для удовлетворения потребностей развивавшейся торговля Абдаллах приступил к чеканке собственных металлических денег.
Производственные силы в независимом суданском государстве достигли более высокого уровня, чем в Сеннарском и Дарфурском султанатах. Крестьяне стали выращивать технические культуры: хлопок, кунжут, сахарный тростник. Дальнейшее развитие получила специализация ремесел. Ремесленники центральных городов занимались изготовлением лишь определенного вида изделий: оружия, сельскохозяйственных орудий, обуви, седел, тканей и т.д. Зародилось мануфактурное производство. В Омдурмане были организованы мастерские, где изготовлялись обувь и одежда для армии, речные суда и др. С помощью египетских инструкторов суданцы организовали мастерские по ремонту ружей всех систем и наладили производство пороха.
В начале 1895 г. в английском парламенте дебатировался вопрос о возобновлении «активной» политики в Судане, но дело ограничилось одними разговорами, пока в Лондон не пришло сенсационное известие о разгроме негусом Эфиопии Менеликом итальянской армии в марте 1896 г. при городе Адуа. Английское правительство опасалось укрепления централизованного эфиопского государства и усиления влияния Франции в Северо-Восточной Африке. Аппетиты Франции распространялись на верхнее течение Нила и южные области Судана. Активность Франции в Северо-Восточной Африке, в частности концессия на строительство железной дороги в Эфиопии, послужила прикрытием английской агрессии.
12 марта 1896 г. парламент принял решение оккупировать северную часть Судана—Донголу. Военные операции проводились силами египетской армии и на египетские средства. Руководил военными действиями сердар (главнокомандующий египетской армии в Судане) — англичанин Герберт Китченер.
12 марта 1898 г. английские экспедиционные силы начали поход. Они были вооружены новейшим оружием, у солдат были новые винтовки Ли-Метфорд со скорострельностью около 8—10 выстр./мин. Имелись в армии Китченера и многочисленные пулеметы новейшей модели — «Максим». Поначалу под командованием Китченера насчитывалось только 11 тыс. солдат.
К началу наступления под началом Китченера находилось чуть более 10 тыс. человек. Но в результате длительной блокады Судана войска халифа испытывали нехватку огнестрельного оружия и боеприпасов. Так, армия халифа в 1896 г. насчитывала 50 тыс. человек, но только 34 тысячи имели винтовки. Артиллерия состояла из 75 старых пушек.
Основой стратегии Китченера стало постепенное продвижение вверх по Нилу с одновременной прокладкой железнодорожной линии. Китченер также требовал, чтобы вверх по Нилу направили флотилию канонерских лодок, которые должны были обеспечить артиллерийскую поддержку флангам наступающей армии. Навигация на Ниле была весьма непростым делом. Многое зависело от уровня воды, который подвергался значительным сезонным перепадам. В среднем течении Нила между Вади-Хальфой и Хартумом фарватер реки в нескольких местах пересекался опасными порогами и перекатами, которые при низкой воде становились практически непреодолимыми для судов.