2 сентября 1898 г. корпус Китчинера разбил арабов в сражении при Омдурмане на западном берегу Нила, напротив столицы Судана Хартума, и занял город. Глава суданского государства дервишей халиф Абдаллах бежал, а войска его рассеяны. Победители же учинили в Хартуме жестокую расправу над его жителями.
А через 4 дня после этого сражения Китченер узнал о том, что французский отряд находится в Фашоде.
10 сентября 1898 г. Китченер во главе горных стрелков, двух батальонов союзных суданцев и батареи горных пушек погрузился на суда своей речной флотилии и отправился в новый поход. Заднеколесные канонерские лодки «Султан», «Фатех», «Назир», «Абу Клеа» и пароход «Дал», с несколькими баржами на буксирах, двинулись вверх по Нилу.
19 сентября с борта канонерок увидели крепость Фашода, над которой развевался огромный французский флаг. В тот же день Маршан явился к Китченеру на его канонерку, а тот ответил визитом на берегу. Капитан заявил английскому командующему, что его правительство поручило ему занять область Бахр-эль-Газаль и страну шелуков на левом берегу Белого Нила до Фашоды. Но Китченер заявил, что не может признать французской оккупации какого-либо района долины Нила и вручил Маршану письменный протест против пребывания французских войск, которое якобы нарушало права египетского и английского правительств. Китченер уведомлял французского капитана, что с его прибытием власть в Фашоде перешла к правительству Египта, и назвал фамилию назначенного им коменданта. Таким образом, англичанин дал понять, что французам пора убираться.
В ответ Маршан заявил, что не покинет Фашоду без приказа своего правительства, что, объявив об установлении в Фашоде власти хедива, Китченер коснулся вопроса, который можно решить только посредством дипломатических переговоров между правительствами или на международной конференции.
Поскольку эфиопские войска ушли, шансы французов разбить англо-египетские силы в Судане были равны нулю.
Однако исход Фашодского инцидента решался не на берегах Белого Нила, а в министерских кабинетах Лондона и Парижа. Британским дипломатам удалось добиться благожелательного нейтралитета Берлина. Сейчас, задним числом, можно только удивляться политической близорукости кайзера и его министров, упустивших великолепный шанс наступить на хвост британскому льву.
Зато Россия была готова решительно поддержать Францию в ее противостоянии с «владычицей морей». Как раз из-за нестабильности в Турции, в том числе из-за восстаний армян и т.д., Петербург планировал провести захват Босфора, и англо-французская война тут была бы очень кстати.
Военно-морские специалисты считали старые «утюги-броненосцы» и важно объявляли, что британский флот сильнее французского и русского флотов, вместе взятых. Но замечу, что Париж и Петербург уже 40 лет готовились к крейсерской войне на британских коммуникациях и легко могли парализовать морскую торговлю «владычицы морей».
Однако французское правительство предпочло капитулировать перед англичанами и уступить им весь бассейн Белого Нила. Ну а Маршан, произведенный к тому времени в майоры, получил приказ увести свой отряд через Эфиопию. В декабре 1898 г. французы покинули Фашоду. Две пушки и стрелковое вооружение Маршан подарил эфиопскому императору.
Причину упорства англичан в Фашодском кризисе зарубежные и отечественные историки видят исключительно в важности для Британской империи бассейна Белого Нила, британских планов постройки трансафриканской железной дороги от Египта до Южной Африки и т.д.
Между тем Лондон, унижая Францию, преследовал и другую цель — «опустив» страну-соперницу, сделать позже ее послушной союзницей. Несколькими годами позже англичане сделают то же с Россией. Они в 1902 г. вступят в военный союз с Японией, будут помогать ей оружием и дипломатическими средствами в ходе войны с Россией в 1904—1905 гг. Ну а потом, в 1907 г., Лондон пойдет на небольшие уступки униженной России и сделает ее послушной союзницей.
Так было и в 1899 г. Добившись своего, британское правительство решило угостить пряничком своего поверженного врага. В феврале 1899 г. оно начало с Францией те самые переговоры, в которых отказывало ей до капитуляции. И уже 21 марта между Англией и Францией было достигнуто соглашение. Их африканские владения были разграничены. Франция окончательно ушла из бассейна Нила, но получила взамен небольшие компенсации, в которых до капитуляции в борьбе за Нил Англия ей отказывала. Граница между французскими и английскими владениями в Африке проходила в основном по водоразделу между бассейнами озера Чад и реки Конго, с одной стороны, и бассейном Нила — с другой. За отказ от Нила Франция получала большие территории в Судане к западу от Дарфура. Захват этой территории позволил ей соединить свои владения в Северной и Западной Африке с центральноафриканскими колониями.
18 января 1899 г. генеральный консул Британии и премьер-министр королевского правительства Египта подписали «Соглашение о совместном управлении Суданом». Согласно ему высшая военная и гражданская власть в Судане должна была принадлежать генерал-губернатору, назначенному декретом хедива по рекомендации британского правительства, то есть англичанину.
Генерал-губернатор мог издавать в Судане любые законы и административные распоряжения, отменять или заменять их. Египетские законы не имели силы в Судане без согласия генерал-губернатора.
Генерал-губернатор не мог быть смещен без согласия британского правительства.
Соглашение сохраняло в Судане военное положение, отменяло режим капитуляций, то есть договоров хедива с европейскими странами, стеснительный для английских колониальных властей, и предусматривало, что консульские представители других держав не могут быть приняты в Судане без разрешения Англии. Таким образом, «Соглашение о совместном управлении» на деле превращало Судан в английскую колонию, лишенную каких бы то ни было прав. Египту в управлении страной отводилась второстепенная роль.
В 1903 г. британские войска проникли в южные районы Судана — Бахр-эль-Газаль и Экваториальную провинцию, на что нилоты ответили серией восстаний. С 1904 по 1908 год упорную борьбу продолжали кардофанские нуба. В 1908 г. в провинции Голубой Нил против колонизаторов с оружием в руках выступило арабское племя халавин. В 1914 г. в районе Гедарефа восстали хаденда.
Итак, уже после победы Китченера суданский народ еще длительной время продолжал неравную борьбу за свободу, а колониальные власти были заняты «умиротворением» страны.
До 1900 г. власть в Англо-Египетском Судане принадлежала военным. В дальнейшем было организовано «правительство Англо-Египетского Судана», состоявшее из ответственных английских чиновников. В 1910 г. при генерал-губернаторе был создан совет из губернаторов провинций и ответственных чиновников. Губернаторами провинций (мудирами), как правило, назначались англичане, а начальниками районов (мамурами) — египтяне.
Англичане в Судане взяли четкий курс на тесное сотрудничество с феодалами и вождями племен. Колониальные власти не вмешивались в их дела и позволяли по-прежнему эксплуатировать подвластное им население. Одновременно с налаживанием связей с местными правителями англичане постепенно вводили новое законодательство. В мае 1899 г. были опубликованы законы о налогах на землю, скот, финиковые пальмы, недвижимое имущество. В том же году были введены в действие своды законов гражданского и уголовного права. В 1902 г. принимается закон об организации мусульманских судов. В 1905 г. — закон о землеустройстве, по которому лучшие земли переходили в собственность «правительства».