Открыв огонь по городу и не получив ответа, бронепароходы зашли в затон и высадили десант из команд. Город оказался оставленным бандой Струка, и корабли флотилии благополучно вывели семь пароходов, некоторые из которых были без паров и с разобранными машинами. 3 мая все боевые суда вернулись в Киев. В районе Чернобыля для содействия сухопутным частям остался только «Самуил».
После упорных боев банда Струка была рассеяна, и Чернобыль окончательно перешел в руки большевиков. Сам же Струк, переодевшись, скрылся из города уже после занятия его красными частями.
3 мая по приказу Совнаркома Украины Днепровская флотилия начала операцию по уничтожению банды Зеленого в районе Три-полья. Наступление на Триполье велось по трем направлениям: отряд Толоконникова наступал с севера по берегу Днепра под прикрытием флотилии; отряд Киселя — с запада от Василькова; бригада Богунского — с юга от Ржищева. Из боевых судов был послан только «Адмирал» для связи и поддержки Толоконникова.
4 мая судам «Арнольд» и «Верный» было дано задание прорваться мимо Триполья, чтобы содействовать бригаде Богунского и не дать бандитам переправиться на левый берег Днепра. Суда с боем и без потерь выполнили задание и к 17 часам того же дня прибыли в Ржишев, где остались на ночь.
5 мая «Арнольд» получил приказание идти к Витачевскому мосту для уничтожения средств переправы банды Зеленого и для воспрепятствования переправы банды с правого берега. «Арнольд» пополнил запасы дров с «Верного», который затем пошел за дровами в Секирно. Однако из-за штормовой погоды поход «Арнольда» пришлось отменить. «Верный» же, пополнив запас дров, дошел до Черкасс, откуда доложил по телеграфу в штаб флотилии о положении дел.
7 мая «Верный» вышел в Триполье. По дороге он должен был взять десант в Ржищеве из бригады Богунского, но по прибытии узнал, что бригада ушла на Кагарлык и заняла его. «Верный» отправился в Триполье, только что занятое после непродолжительного артогня десантным отрядом моряков, высаженным с судов «Адмирал» и «Курьер» под личным руководством командующего флотилией. 8 мая в Триполье вступил 6-й полк 1-й Украинской армии. От перебежчика стало известно, что 5 мая, когда «Арнольд» не мог выйти к Витачевскому мосту, банда Зеленого и действовавшая совместно с ним банда Ангела переправились на левый берег Днепра и расположились на участке Койлов — Жеребятин.
Остатки банды Зеленого на правом берегу Днепра были ликвидированы, а перешедшие на левый берег присоединились к бандам Григорьева, в это время поднявшего восстание против советской власти и овладевшего Золотоношей. Против банды Григорьева были брошены бригада Богунского и отряд Толоконникова. Против банд в Жеребятине был оставлен небольшой отряд с бронепароходом «Адмирал». На правом берегу Днепра против банды Григорьева действовала группа Шафранского.
11 мая отряд Толоконникова был переброшен в Канев. 13 мая у Канева находились суда «Адмирал», «Верный» и «Аполлон», которые должны были воспрепятствовать бандам Григорьева переправиться на правый берег. Банда Григорьева была хорошо организована, снабжена и имела артиллерию и бронепоезда.
В тот же день, 11 мая, в Прохоровку был высажен 1-й Золотоношский полк, переброшенный из Триполья, 2-й полк с кавалерией переправился через мост у Канева и присоединился к 1-му. К месту действий из Канева был направлен «Арнольд».
14 мая бригада Богунского выбила Григорьева из Золотоноши, банда его под давлением наступавших красных частей стала отступать на Черкассы. По приказанию командующего флотилией суда «Верный», «Адмирал» и «Арнольд» отправились к Черкассам для поддержки красных частей и воспрепятствования переправе банды Григорьева через мост.
16 мая днем суда флотилии, подойдя к Черкассам, обстреляли бронепоезда, оказавшиеся красными, но шли они без условленного белого флага. К вечеру Черкассы были заняты бандой Григорьева. 17 мая суда бомбардировали Черкассы, после чего «Адмирал» и «Верный» были отозваны в Киев. К 19 мая Григорьев, оставив у Черкасс сильный заслон с артиллерией, с главными силами отступил на Дубовку — Чигирин.
21 мая при поддержке судов флотилии бригада Богунского заняла Черкассы. Часть судов была оставлена на Южном Днепре для охраны и поддержания связи между армейскими частями и ликвидации мелких банд, а «Самуил» с бронекатером № 5 были отправлены на Припять, куда уже ранее ушел «Адмирал» и где поляки вместе с белогвардейскими отрядами без объявления войны повели наступление до линии Лунинец — Сарны. Советских войск на этом участке было мало. Местность, пересеченная болотами и рекой, требовала там присутствия судов красной флотилии. Поляки и белые вели себя сравнительно пассивно и стремились, пользуясь «мелкими речными силами (шесть вооруженных катеров и понтонов), занять рубежи для обеспечения развертывания своих сил при дальнейшем наступлении.
В середине июня 1919 г. началось наступление Добровольческой армии. 29 июня добровольцы взяли Екатеринослав. С юго-запада на Центральную Украину наступали остатки войск Петлюры. По всей Украине вновь стали плодиться большие и малые бандформирования. Вновь начались захваты пароходов на Днепре. Так, 29 июня банды анархистов захватили пароход Днепровской флотилии «Шарлотта».
Как говорится в «Боевых действиях…»,
«26 июня банда Зеленого, разбитая и разбежавшаяся в мае месяце, снова организуется, достигая примерно тех же размеров, пользуясь своим старым вооружением, спрятанным у крестьян. Банда имеет опять до 30–40 пулеметов и 2 орудия 76-мм калибра. К этому времени флотилия из подчинения 1-й армии и непосредственно Украинскому командованию переходит в подчинение командующему 12-й армией, причем на флотилию устанавливается, к сожалению часто встречаемый, упрошенный взгляд, как на пассивное оружие, как на плавучую батарею, которой указывается куда встать, как и куда стрелять. Этот губительный взгляд, вдохновителем которого являлся начштаба 12-й армии генштаба Гутырев, сводил флотилию на нет и лишал смысла ее существование, что вскоре и сказалось на боевых действиях.
В связи с реорганизацией армии Украины на новых началах (12-я армия только что была образована), было предположено увеличить и состав флотилии до 11 судов, вооружив часть из 42– и 48-линейными орудиями. Вооружение производилось по-прежнему образцу и тем же органом, не подчиненным командованию флотилии; реорганизация последней намечалась также, и в центре был поднят вопрос о передаче флотилии в Морской комиссариат…
Вооружение судов шло довольно быстро, причем главные работы производились Варшавской верфью в Киеве. Политическая работа велась слабо. Процент коммунистов был незначителен. Флотилия жила махновскими идеями, и было много таких, которые, побывав у Махно и попав во флотилию, не прочь были попасть к нему снова.
Снабжение продолжало ползти по всем швам. Бесформенность организации и отсутствие знаний и политической линии у руководителей флотилии способствовали укреплению партизанщины». {172}
26 июня из Киева на борьбу с атаманом Зеленым отправился отряд судов Днепровской флотилии в составе бронекатера № 3 и парохода «Владимир Крахт». В районе деревни Халепье огнем 37-мм пушки и пулемета бронекатера удалось рассеять около 600 бандитов, отбить ранее захваченные пароходы «Днепровец» и «Санитарный». Моряки потеряли убитыми троих и ранеными двоих. 28 июня против Зеленого уже действовал пароход «Доротея», только что вооруженный на 1-й Киевской советской верфи.