К началу октября состав советских войск изменился мало. Ишуньские позиции обороняла оперативная группа генерала Батова: справа 106-я и 271-я дивизии; в центре 156-я дивизия генерала П.В. Черняева, усиленная одним батальоном капитана С.Т. Руденко из 172-й дивизии и одним полком 321-й дивизии; на левом фланге — 172-я стрелковая дивизия.
3 октября маршал Б.М. Шапошников от имени наркома обороны приказал ускорить оборудование второго рубежа обороны по линии Новый Букеж — Томашевка — Воинка и далее по реке Чатырлык. Туда же, в район Воинки, была направлена первая прибывшая из Одессы 157-я стрелковая дивизия полковника Д.И. Томилова.
Начальник Генштаба предлагал приступить к строительству третьего тылового оборонительного рубежа по линии совхоз Тузлы-Шейх-Али — высота 27,7 — Менгермен — Саргил — Тайган — Ени-Крымчак — Андреевна — Камбары — Ашога-Джамин — Саки. По мнению многих инженеров-фортификаторов, предложенный рубеж через степную часть всего Крыма был очень невыгодным для обороны, Особенно против превосходящих наши войска по маневренности германских частей.
9 октября последовало указание об ускорении строительства укреплений и в горных проходах: Старый Крым, Карасубазар, Шумхай, Бахчисарай, Симферополь, Ак-Манай.
Северо-восточную часть Крыма Ф.И, Кузнецов хотел оборонять войсками 9-го стрелкового корпуса (в составе 156-й, 271-й, 106-й, 277-й, 157-й стрелковых дивизий, 48-й кавалерийской дивизии и отдельного дивизиона гвардейских минометов капитана Небоженко) под командованием генерал-майора И.Ф. Дашичева.
Северо-западную часть Крыма должна была оборонять Приморская армия генерала И.Е. Петрова, в которую были включены 172-я, 25-я, 95-я стрелковые дивизии, 2-я, 40-я, 42-я кавалерийские дивизии, 51-й и 265-й артиллерийские полки и отдельный дивизион гвардейских минометов под командованием капитана Черняка.
В непосредственном подчинении командующего войсками Крыма оставались 320-я, 184-я и 421-я (бывшая Одесская) стрелковые дивизии, 15-я бригада ПВО, 136-й запасный полк, 52-й гаубичный артиллерийский полк и другие мелкие части. ВВС армии состояли из шести полков — 182-й, 247-й, 253-й истребительные, 21-й, 507-й бомбардировочные и 103-й штурмовой. Командовал ВВС армии генерал-майор Е.М. Белецкий.
18 октября в пять часов утра германская артиллерия начала артиллерийскую подготовку на Перекопском перешейке. В дело были введены 21-см мортиры образца 18… 15-см тяжелые гаубицы и реактивные 15-см минометы Nb.W.41. Через полчаса в наступление пошла германская пехота. Ширина перешейка позволяла ввести в бой только три дивизии 54-го корпуса — 73-ю, 46-ю и 22-ю, а 30-й корпус ждал, пока в ходе наступления будет занято достаточное пространство.
На вспомогательном чонгарском направлении удар с целью сковывания советских войск наносил румынский горнострелковый корпус (1-я горнострелковая и 8-я кавалерийская бригады).
Первый удар немцы нанесли по 106-й стрелковой дивизии, но она отбила все атаки. Затем последовал удар вдоль Каркинитского залива, где оборону держал 361-й пехотный полк 156-й дивизии. За ним на второй позиции по реке Чатырлык занимала оборону на широком 20-километровом фронте 172-я дивизия полковника Ласкина численностью семь тысяч человек. Все три стрелковые полка 172-й дивизии были вытянуты в одну линию.
Группировка из пяти дивизий (106-я, 271-я, 157-я стрелковые, 48-я и 42-я кавалерийские), расположенная между Ишунем и Чонгаром, могла угрожать прорвавшемуся противнику на любом из двух направлений. В оперативной сводке за первый день боя Военный Совет 51-й армии доносил, что враг вклинился в передний край обороны, понес большие потери.
К исходу 18 октября немцы заняли бромовый завод, деревню Асс и село «Участок № 8».
Флотская авиация делала все, что могла. В ночь на 18 октября 43 гидросамолета МБР-2 бомбили войска противника на Перекопском перешейке, шесть МБР-2 — аэродромы противника в селах Ново-Павловка, Чаплинка и Преображенка и три ГСТ — аэродром в селе Кульбакино, где предположительно был взорван минный склад и возникло восемь пожаров.
В первой половине дня 23 самолета Пе-2 в сопровождении десяти МиГ-3 снова бомбили немецкие войска на Перекопском перешейке. По советским данным, уничтожено 10 танков, до пяти взводов пехоты и одна автомашина. Германским истребителем был подбит флотский бомбардировщик Пе-2, который сел горящим в расположение своих войск. Экипаж машины остался невредим.
В тот же день, 18 октября, в районе Балаклавы истребитель МиГ-3 таранил До-215; видимо, разведчик. Оба самолета рухнули в море, но наш летчик успел выброситься с парашютом и был спасен.
Во второй половине дня шесть ДБ-3 и двенадцать Пе-2 в сопровождении пятнадцати МиГ-3, четырех ЛаГГ-З и девяти Як-1 опять бомбили войска противника на Перекопском перешейке. По советским данным, в районе села Кара-Казак № 3 было «уничтожено предположительного двадцати танков и 30–40 автомашин. Наши истребители прикрытия в воздушном бою сбили два Me-109. Прямыми попаданиями бомб уничтожены две батареи, 35-тонныи танк [72] , два миномета и до трех взводов пехоты противника» [73] .
Фрайдорфская группа истребительной авиации сделала 124 самолето-вылета по войскам противника на перекопском направлении и по аэродрому села Чаплинка. В воздушном бою было сбито шесть немецких самолетов, из них три Me-109. Наши потери — три ЛаГГ-З.
С 10 ч 55 мин до 12 ч 10 мин авиация противника совершила интенсивный налет на район села Ишунь и группами от 2 до 15 самолетов бомбила станцию Джанкой. Пятнадцать Хе-111 бомбили район села Джаба.
Утром 19 октября на всем фронте Ишуньских позиций завязались ожесточенные встречные бои. Советские 157-я и 156-я стрелковые дивизии перешли в наступление с целью восстановить утраченные позиции, а немцы пытались развивать успех, достигнутый ими 18 октября. К исходу дня немцы ввели в бой 46-ю пехотную дивизию, а со стороны нашей 51-й армии была введена 48-я кавалерийская дивизия.
В результате боев 19 октября войска 51-й армии загашали положение:
106-я стрелковая дивизия закрепилась на рубеже северо-западной и западной части мыса с населенным пунктом Уржин Северный.
271-я стрелковая дивизия — на перешейке между заливом Сиваш и озерами Киятское, Круглое и Красное и выдвинула один батальон к селу «Участок № 9»
для обеспечения правого фланга 157-й стрелковой дивизии.
157-я стрелковая дивизия к исходу дня удержалась на рубеже южное побережье озера Красное — южная окраина села «Участок № 9» — северная окраина села Ишунь.
48-я кавалерийская дивизия заняла рубеж, проходивший от северной окраины села Ишунь, по южной окраине села «Участок № 8» до Каркинитского залива.