В Москве Гонсевский продолжал «закручивать гайки». У всех ворот стояла польская стража, уличные решетки были сломаны, русским запрещалось ходить с саблями, у купцов отбирались топоры, которыми они торговали, топоры также отбирались и у плотников, шедших с ними на работу. Запрещено было носить ножи. Поляки боялись, что за неимением оружия народ может вооружиться кольями, и запретили крестьянам возить мелкие дрова на продажу. При гетмане Жолкевском поляки в Москве соблюдали хоть какую-то дисциплину, при Гонсевском же они совсем распоясались. Жены и дочери москвичей средь бела дня подвергались насилию. По ночам поляки нападали на прохожих, грабили и избивали их. К заутрене не пускали не только мирян, но и священников.
Михаил Салтыков и несколько бояр вновь пришли к патриарху и заявили: «Ты писал, чтобы ратные люди шли к Москве; теперь напиши им, чтобы возвратились назад». «Напишу, — отвечал Гермоген, — если ты, изменник, вместе с литовскими людьми, выйдешь вон из Москвы. Если же вы останетесь, то всех благословляю помереть за православную веру, вижу ей поругание, вижу разорение святых церквей, слышу в Кремле пение латинское и не могу терпеть». Тогда патриарха взяли под стражу, запретив ему общаться с кем бы то ни было.
Тем временем ополчение Ляпунова медленно двигалось к Москве. 17 марта 1611 г. в Вербное воскресенье Гермогена на время освободили из-под стражи для торжественного шествия на осле. Но народ не пошел за вербой, так как по Москве распространился слух, что Салтыков с поляками хотят напасть на патриарха и безоружных москвичей. По всем улицам и площадям стояли польские конные и пешие роты. Поляки-очевидцы вспоминали, что Салтыков говорил им: «Нынче был случай, и вы Москву не били, ну так они вас во вторник будут бить, и я этого ждать не буду, возьму жену и поеду к королю».
Салтыков ожидал подхода ополчения Ляпунова ко вторнику и поэтому хотел превентивно расправиться с москвичами. Поляки стали готовиться к обороне — втаскивать пушки на башни в Кремле и Китай-городе, а тем временем в московские слободы тайно проникали ратники из ляпуновского ополчения, чтобы поддержать горожан в случае нападения поляков. Пробрались и воеводы: князь Дмитрий Пожарский, Иван Бутурлин и Иван Колтовской. Но утро вторника началось как обычно — в городе было тихо, купцы отперли лавки в Китай-городе и начали торговлю. В это время на рынке пан Николай Козаковский велел извозчикам идти помогать втаскивать пушки на башни. Извозчики отказались, поднялся шум, раздались крики. В Кремле находилось несколько сот немецких наемников, перешедших к полякам при Клушине. Услышав шум, они решили, что началось восстание, выскочили на площадь и стали избивать москвичей. Их примеру последовали поляки, и началась резня безоружных людей. В тот день в Китай-городе было убито около семи тысяч человек. Князя Андрея Васильевича Голицына, сидевшего «под домашним арестом», убили охранявшие его поляки.
В это время в Белом городе русские ударили в набат, забаррикадировали улицы всем, что попадало под руку — столами, скамьями, бревнами — и, укрывшись, стали стрелять в немцев и поляков. Из окон домов также стреляли, бросали камни и бревна.
Ратники из ополчения Ляпунова, проникшие в Москву, оказали существенную помощь горожанам. На Сретенке большой отряд москвичей собрал князь Д. М. Пожарский. К нему присоединились пушкари из находившегося рядом Пушечного двора. Говорят, что пушки со двора доставил сам Андрей Чохов — знаменитый пушечных дел мастер. Пожарскому удалось загнать поляков в Китай-город и выстроить острожек (укрепление) у церкви Введения на Лубянке, который закрывал ляхам выход из ворот Китай-города. Отряд Ивана Бутурлина дрался у Яузских ворот, а Иван Колтовской занял Замоскворечье.
Поляки были загнаны в Кремль и Китай-город. Вокруг их каменных стен тесно стояли деревянные дома Белого и Земляного городов. Идея поджечь Москву, видимо, пришла в голову многим полякам, независимо друг от друга. Как позже писал участник боя польский поручик Маскевич: «По тесноте улиц мы разделились на четыре или шесть отрядов; каждому из нас было жарко; мы не могли и не умели придумать, чем пособить себе в такой беде, как вдруг кто-то закричал: «Огня! Огня! Жги домы!» Наши подожгли один дом — он не загорелся; подожгли в другой раз — нет успеха, в третий раз, в четвертый, в десятый — все тщетно: сгорает только то, чем поджигали, а дом цел. Я уверен, что огонь был заколдован. Достали смолы, прядева, смоленой лучины — и сумели запалить дом, так же поступили и с другими, где кто мог. Наконец занялся пожар: ветер, дуя с нашей стороны, погнал пламя на русских и принудил их бежать из засад, а мы следовали за разливающимся пламенем, пока ночь не развела нас с неприятелем. Все наши отступили к Кремлю и Китай-городу». От себя добавим, что Михаил Салтыков по собственной инициативе зажег свой дом в Белом городе. За изменника-отца ответил его сын Иван, сидевший в тюрьме в Новгороде. Его допросили с пристрастием, а затем посадили на кол. Далее Маскевич писал: «В сей день кроме битвы за деревянною стеною, не удалось никому из нас подраться с неприятелем: пламя охватило домы и, раздуваемое жестоким ветром, гнало русских, а мы потихоньку подвигались за ними, беспрестанно усиливая огонь, и только вечером возвратились в крепость [Кремль]. Уже вся столица пылала; пожар был так лют, что ночью в Кремле было светло, как в самый ясный день, а горевшие домы имели такой страшный вид и такое испускали зловоние, что Москву можно было уподобить только аду, как его описывают. Мы были тогда в безопасности — нас охранял огонь. В четверток мы снова принялись жечь город, которого третья часть осталась еще неприкосновенною — огонь не успел так скоро всего истребить. Мы действовали в сем случае по совету доброжелательных нам бояр, которые признавали необходимым сжечь Москву до основания, чтобы отнять у неприятеля все средства укрепиться…»
В середине дня 20 марта в Москве бои шли только на Сретенке. Там до вечера дрался князь Пожарский. Вечером он был тяжело ранен в голову и вынесен ратниками из боя. Его удалось увезти в Троицкий монастырь. Последнее сопротивление прекратилось. На улицах лежало около семи тысяч трупов.
Большинство москвичей, несмотря на мороз, бежали из столицы. Лишь некоторые 21 марта пришли к Гонсевскому просить о помиловании. Тот велел им снова присягнуть Владиславу и отдал приказ полякам прекратить убийства, а покорившимся москвичам иметь особый знак — подпоясываться полотенцем.
Немецкий наемник Конрад Буссов писал, что в течение нескольких дней «не видно было, чтобы московиты возвращались, воинские люди только и делали, что искали добычу. Одежду, полотно, олово, латунь, медь, утварь, которые были выкопаны из погребов и ям и могли быть проданы за большие деньги, они ни во что не ставили. Это они оставляли, а брали только бархат, шелк, парчу, золото, серебро, драгоценные каменья и жемчуг. В церквах они снимали со святых позолоченные серебряные ризы, ожерелья и вороты, пышно украшенные драгоценными каменьями и жемчугом. Многим польским солдатам досталось по 10, 15, 25 фунтов серебра, содранного с идолов, и тот, кто ушел в окровавленном, грязном платье, возвращался в Кремль в дорогих одеждах…»
В пятницу, 22 марта, разведка донесла полякам, что к Москве приближается десятитысячный отряд ополчения под командованием стольника Андрея Просовецкого. Гонсевский выслал против него конницу Зборовского и Струся. Просовецкий, потеряв в бою около двухсот казаков, отступил и засел в гуляй-городах, на которые поляки не посмели напасть и отошли в Москву.