Наступление абхазской стороны в Очамчирском районе встретило активное противодействие грузинских войск. 21 сентября грузинские корабли подвезли в Очамчирский район оружие, включая тяжелую технику, и боеприпасы. В осажденном с суши селе Новые Киндги грузинские отряды получили по морю подкрепление, и в Очамчирском районе снова превосходили силами ткварчельцев. Войска Шеварднадзе заставили абхазов отступить из Тамыша, к вечеру 22 сентября захватили Ануарху, пресекли попытку абхазского флота подойти к Скурче. 22 сентября поздно вечером в море появились 9 абхазских военных кораблей, приближавшихся к берегу в районе села Скурча. Эти корабли явно планировали помешать дальнейшему продвижению грузинских войск к реке Кодори. Однако после обстрела противником эти корабли были вынуждены уйти в гудаутском направлении.
Наступление абхазов застало российские власти врасплох. Тем не менее, уже 23 сентября корабли Черноморского флота были у берегов Абхазии. Российские военные, видя, что Шеварднадзе не сможет удержать город, предложили вывезти всех желающих по морю в Поти, Сочи и Гудауту. Но эвакуация началась не сразу, абхазы потребовали разрешить им досмотр российских кораблей, поскольку опасались, что русские могут помочь оружием грузинам.
В это время уже распространились слухи о появлении у абхазского побережья украинских кораблей, а президент Леонид Кравчук официально критиковал Абхазию в связи с гибелью в битве за Сухуми большого количества украинцев.
Эвакуация началась лишь на следующий день. Но в связи с тем, что абхазские власти все еще не дали гарантий безопасного прохода кораблей, 23 сентября черноморцы вышли за пределы территориальных вод. И только 24 сентября отряд на малом ходу взял курс на Сухуми, куда пришли 25 сентября в 2 часа ночи.
В Сухуми под командованием контр-адмирала Николая Михальченко пришли большой десантный корабль «Константин Ольшанский», «БДК-69», морской тральщик «Снайпер» и спасательное судно «Эпрон».
Беженцы из горящего города шли непрерывным потоком, они карабкались по трапам, прыгали на аппарели кораблей, заполняли кубрики, коридоры, каюты, твиндек, верхнюю палубу. Морякам приходилось на руках вносить на корабли старух, детей и раненых. Когда у одной женщины в сутолоке упал в воду четырехмесячный сын, за ним сразу бросились несколько моряков и спасли малыша.
На корабли бежали и грузинские солдаты. Перед тем как разместить на судне, у них отбирали оружие и складывали в мешках в арсенал, только на «Ольшанском» набралось семь мешков. Это оружие и боеприпасы по договоренности с представителями Грузии попросту выкинули за борт.
Старший эвакуационных сил контр-адмирал Михальченко, осуществляя общее руководство эвакуацией, согласовывал вопросы взаимодействия с группой российских войск в Закавказье, в том числе с авиацией, прикрывающей корабли и место погрузки.
В 19 часов 25 сентября оба БПК, «Снайпер» и «Эпрон» вышли из Сухуми, загруженные «под завязку». «Эпрон» направился в Сочи, а остальные – в Поти. Прикрытие десантных кораблей осуществлял тральщик. Отряд шел в строю клином, внутри которого находились катера ВМС Грузии. Контр-адмирал Михальченко решил не двигаться вдоль побережья, а выйти из тервод кратчайшим путем, что и сделали, ведя переговоры с экипажами абхазских катеров. В нейтральных водах, когда абхазские катера остались позади, взяли курс на Поти, куда прибыли ночью.
В первом рейсе в Поти и Сочи было эвакуировано 3373 человека. В этот же день было заключено соглашение о второй и третьей операциях по вывозу беженцев (их осталось около 6 тыс. человек). При этом ни одна из воюющих сторон не собиралась возмещать черноморцам затраты по операции, а они были немалыми. Только стоимость топлива, израсходованного в первой операции, обошлась флоту в 500 миллионов карбованцев.
Вторая операция началась 27 сентября и совпала с самыми ожесточенными боями в городе. Чтобы уменьшить риск, обезопасить корабли и людей, решили произвести приемку беженцев в разных местах, тем более что к отправке готовились и многочисленные портовые плавсредства. По распоряжению командующего флотом адмирала Э. Балтина погрузка людей на корабли осуществлялась по нормам военного времени – из расчета 1 человек на 1 квадратный метр.
Огромное количество беженцев принудило командование Черноморского флота дать согласие на погрузку людей и на тральщик «Снайпер». Погрузку и прием беженцев на «Снайпер» осуществляли с борта БДК «Ольшанский» в районе причала пансионата «Литературной газеты». Время на эвакуацию было ограничено. Исходя из этого, было принято решение использовать пассажирские катера Грузии. С этой целью к кормовой аппарели БДК «Константин Ольшанский» был ошвартован катер «Капитан Пагулия», который использовался как плавпричал для ошвартовки катеров «Псоу» и «Амтхел». Помимо этого, прием людей велся барказами и другими разнообразными плавсредствами. Так, когда «Константин Ольшанский» уже готовился сняться с якоря, к нему подошел двухместный водный велосипед, на котором находились 8 человек.
Риск для моряков был велик. Так, два абхазских вертолета НУРСами обстреляли направляющийся к берегу барказ с БДК «Константин Ольшанский». К счастью, снаряды прошли мимо.
В 16 часов 27 сентября корабли вышли из порта, а с ними вместе портовый буксир, танкер «Вектор», судно-толкатель, судно «Радуга» и катера «Амтхел», «Псоу», «Капитан Почулия». Так как на них тоже находились беженцы, контр-адмирал Михальченко решил взять их под свою защиту, что вызвало недовольство абхазской стороны, которая выразила протест по поводу ухода принадлежавших ей судов. Командование отряда на этот раз изменило маршрут, пойдя вдоль берега, чем поначалу сбило с толку абхазских моряков, пытавшихся перехватить отряд в открытом море, памятуя о маневре отряда в прошлый раз. Опомнившись, катера бросились нагонять отряд, но, когда они приблизились, отряд повернул вправо, имитируя выход из тервод, и опять сбил их с толку.
Высадку было решено произвести в два этапа, чтобы избежать столпотворения в Поти. Когда до Поти было уже недалеко и абхазские катера стали отставать, в порт, увеличив скорость, направился «БДК-69». Но едва десантный корабль стал удаляться от отряда, его стали нагонять катера абхазов, и ничего не оставалось, как вернуть «БДК-69» в состав отряда, тем более, что по корме у замыкавшего строй и обеспечивавшего прикрытие каравана МТЩ «Снайпер» на дистанции 4–5 кабельтовых упали несколько снарядов. В ответ на это флагман дал на «Снайпер» команду – открыть предупредительный огонь. На катера передали, что они взяты на сопровождение радиолокационными станциями и если они не прекратят стрельбу будет открыт огонь на поражение. После этого катера ушли. Было вывезено 7597 человек (по другим данным 7507 человек), из них на БДК «Константин Ольшанский» – 2523 человека, включая 1200 женщин.
Разгрузившись в Поти, корабли отправились в третий рейс. Панорама Сухуми представляла собой страшное зрелище: над развалинами стелился дым от пожаров, гремели выстрелы и взрывы. Стоянка у пирсов и берега стала еще опасней, поэтому беженцев решили принимать только на плаву. Это затянуло посадку, и лишь в 22 часа корабли начали движение и без дальнейших задержек доставили беженцев в Потийский порт. Утром 29 сентября русские моряки завершили третью операцию по вывозу беженцев, в ней среди прочих были задействованы большие десантные корабли «Константин Ольшанский» и «БДК-69», а также сторожевой корабль «Ладный» проекта 1135. Они эвакуировали 2818 человек (по другим данным – 2901 человек), 162 из которых были ранены.