Украинские власти выступили против втягивания ее граждан в конфликт в Грузии и потребовали вернуть всех военнослужащих, принявших украинскую присягу, из состава отряда кораблей, действовавших там. 16 ноября в Севастополь из района Поти прибыл 41 военнослужащий срочной службы, принявший украинскую присягу. Таким образом, как подчеркнули в пресс-центре Черноморского флота, в Поти не осталось ни одного военнослужащего, принявшего украинскую присягу.
16 ноября начался вывод оперативной группировки сил Черноморского флота из Поти. Часть кораблей в этот же день покинула порт, а другая часть вышла 17 ноября. 19 ноября основные силы оперативно-тактической группировки Черноморского флота под флагом командующего Черноморского флота вернулись в Севастополь (морская пехота, подразделения береговых войск, три десантных корабля — «Цезарь Куников», «Константин Ольшанский», «СДК-82», два СКР — «Сдержанный», «Пытливый», МТЩ «Зенитчик», спасательный буксир «СБ-524» проекта 714). По сообщению пресс-центра Черноморского флота, в результате операций, проведенных в восточном районе Черного моря, ранено двое морских пехотинцев, один офицер погиб.
Несмотря на уход основной группы кораблей, в соответствии с договоренностью, силы Черноморского флота сохранили свое присутствие в Поти. Там осталась комендатура, один десантный корабль («БДК-54» проекта 775) с усиленной ротой морской пехоты — 102 человека для поддержания порядка и контроля над ситуацией. Для усиления оставшихся 21 ноября на рейд Поти пришли большой десантный корабль «Красный Кавказ» и тральщик «Снайпер». Их деятельность обеспечивал средний морской танкер «Иман», который находился там с ноября 1993 г. по январь 1994 г
К концу ноября, полностью стабилизировав ситуацию в регионе, черноморцы окончательно завершили свою миссию. 30 ноября был закончен вывод сил Черноморского флота из Поти, боевая техника была погружена на «БДК-54» (он же принял военную комендатуру, роту охраны и вспомогательные подразделения) и в сопровождении БПК «Красный Кавказ» и МТЩ «Снайпер» вышел из порта. В Севастополь они вернулись 2 декабря.
Всего в 1992–1994 гг. кораблями и судами флота в ходе эвакуации из Поти, Батуми из района абхазо-грузинского конфликта вывезены 66 995 человек, 5384 т боеприпасов, 668 т инженерного боезапаса, 802 единицы техники. Для обеспечения жизнедеятельности группы российских войск в Закавказье перевезено 1685 т продовольствия, 9436 т топлива. В том числе с апреля 1992 г. по ноябрь 1993 г. десантные корабли 197-й бригады десантных судов эвакуировали с побережья Грузии 22 750 человек, 336 единиц техники, перевезли 2265 человек личного состава и 7000 т боезапаса.
Шеварднадзе и не думал мириться с Гамсахурдиа и не желал свободных выборов в Грузии. Его отрядам при поддержке российских войск удалось полностью разгромить звиадистов. 31 декабря 1993 г. (по другим сведениям, 5-января 1994 г.) Звиад Гамсахурдиа с несколькими сторонниками был окружен войсками Шеварднадзе в горном селении Хибула в Мингрелии. Первый президент независимой Грузии погиб при невыясненных обстоятельствах. По одной версии, он покончил с собой, а по другой — был убит.
В январе 1994 г. Звиада Гамсахурдиа похоронили в селе Джихаскари недалеко от села Хибула. Сторонники Шеварднадзе пытались осквернить могилу, поэтому родственники Гамсахурдиа потребовали перезахоронения тела на территории Чечни. 17 февраля гроб с телом Звиада Гамсахурдиа был доставлен в Чечню. 24 февраля 1994 г. останки были с большими почестями захоронены в Грозном. В результате военных действий могила была сильно повреждена. Во время кампании 1999 г. захоронению угрожало полное разорение, и прах Звиада Гамсахурдиа был перезахоронен во второй раз.
Местонахождение третьей могилы держалось в секрете, и многие были убеждены в том, что останки Звиада Гамсахурдиа утеряны навсегда 3 марта 2007 г. останки все же были найдены на территории Парка культуры и отдыха имени Кирова в Грозном и спустя два дня отправлены на экспертизу в Ростов-на-Дону. Уже на следующий день после находки начались переговоры между Грузией и Россией о перезахоронении тела на грузинской земле.
27 марта были опубликованы результаты экспертизы, из которых явствовало, что найденное тело действительно принадлежит Звиаду Гамсахурдиа. На следующий день его останки были доставлены в Тбилиси, в дом его семьи (так называемая Колхская башня). 31 марта гроб с останками Звиада Гамсахурдиа доставили из его дома в Патриарший собор Светицховели в Мцхете, чтобы желающие смогли попрощаться с ним. Заупокойную службу отслужил Католикос-Патриарх Грузинский Илия II.
1 апреля 2007 г. прах первого президента Грузии был с военными и государственными почестями погребен в пантеоне государственных и общественных деятелей Грузии на горе Мтацмивда. На церемонии присутствовало все высшее руководство страны, включая президента Михаила Саакашвили.
Ряд журналистов назвали историю перезахоронений Гамсахурдиа, да и все события 1993 г., второй серией художественного фильма «Покаяние». Там идею гробокопательства и надругательства над прахом усопшего пропагандировал либеральный кинорежиссер Абуладзе.
С октября 1993 г. в Грузии начались массовые кадровые перестановки. Сразу после заявления Шеварднадзе о вступлении Грузии в СНГ в отставку подали вице-премьер Ирина Саришвили, глава Таможенного комитета Ираклий Кадакишвили и начальник Информационно-разведывательной службы Ираклий Батиашвили.
После ухода в отставку Ираклия Батиашвили указом главы Грузинского государства начальником Информационно-разведывательной службы Республики Грузия назначен Игорь Гиоргадзе. По представлению Шеварднадзе, который «проследил его участие в целом ряде сложных операций, наблюдал, как он работал на практике… Гиоргадзе — довольно известный специалист, профессионал в данной отрасли».
Министром внутренних дел стал генерал-лейтенант Шота Квирая, занимавший прежде пост первого заместителя председателя Информационно-разведывательной службы.
В октябре 1993 г. наконец завершился скандал вокруг президента Национального банка Демура Двалишвили, который сам подал в отставку, якобы понимая, что «на фоне либерально-кредитной политики в этой системе совершено столько недопустимого…» (Э. Шеварднадзе). Новым президентом Национального банка стал хорошо известный в Грузии банковский функционер Нодар Джавахишвили.
Тамаз Надареишвили, находившийся несколько месяцев не у дел после отставки с поста председателя Совета министров Абхазской Автономной Республики (его сменил Ж. Шартава), назначен вице-премьером и чрезвычайным представителем главы государства по особым вопросам
После отставки И. Саришвили новым вице-премьером стал Ираклий Менагаришвили, бывший министром здравоохранения еще при Патиашвили, смещенный с этого поста 3. Гамсахурдиа и вновь назначенный после его свержения.
Гиви Ломинадзе назначен государственным министром, председателем Временного зоны чрезвычайных ситуаций Западной Грузии.
С целью организации общего управления вооруженными силами Грузии Генеральный штаб Министерства обороны Республики Грузия преобразован в Главный штаб, начальником которого назначен Гурам Николеишвили. Кроме того, министр обороны Г Каркарашвили взял на себя общее руководство частями Министерства обороны, корпусом спасателей («Мхедриони»), внутренними войсками и другими формированиями.