Утром командование и оперативная группа штаба Дунайской флотилии перешли с берега на монитор «Ударный».
При активном содействии мониторов и бронекатеров флотилии к вечеру 13 августа основная масса частей 9-й армии была переплавлена на правый берег. Переправа происходила под сильным воздействием противника, который с утра 13 августа возобновил наступление и уже к вечеру занял селение Корениха на правом берегу реки напротив Николаева и открыл по заводу им. Марти (№ 198) артиллерийский, минометный и пулеметный огонь.
13 августа в 14 часов в порту Николаев в бронекатер № 103 попал германский снаряд. Катер затонул, вся команда погибла. Это по данным «Хроники…». Но тут явная опечатка: не № 103, а № 133. Согласно же «Справочнику потерь…» бронекатер № 404 (это новое название бронекатера № 133) был потоплен в 14 часов 12 августа, а не 13-го, причем в него попал не один 6-дюймовый снаряд, а шесть снарядов.
В 1 час ночи 14 августа замнаркома ВМФ вице-адмирал Левченко приказал Дунайской флотилии отходить из Николаева в Днепро-Бугский лиман. Уже в 2 часа ночи корабли начали движение. Головным шел монитор «Ударный» под флагом командующего Дунайской флотилией, за ним — мониторы «Железняков» и «Мартынов», следом — два отряда бронекатеров. При проходе селения Корениха корабли попали под интенсивный огонь противника с берега. «Железняков» и «Мартынов» получили ряд попаданий, на них было убито и ранено 28 человек. Ответным огнем мониторов и бронекатеров батарея противника была уничтожена.
С рассветом флотилия стала на якорь в Днепро-Бугском лимане, вблизи селения Рыбальче, где получила приказ Военного совета Черноморского флота следовать в Херсон для дальнейших действий в Днепро-Бугском лимане и на Днепре.
В 12 ч. 20 мин. мониторы «Ударный», «Железняков» и «Мартынов» и шестнадцать бронекатеров стали на якорь в протоке Конка в 3 км от Херсона.
К исходу дня все сухопутные подразделения флотилии, отбив попытки немцев воспрепятствовать их продвижению, в полном составе прибыли в Херсон.
В ночь на 15 августа советские части оставили Николаев и отступили к Херсону. Согласно сводке Совинформбюро, 12 августа 1941 г. все судостроительные заводы Николаева были взорваны. Но, увы, это была дезинформация, причем не для немцев, а для собственного населения и «британского союзника».
В итоге Херсон защищали только береговые подразделения Дунайской флотилии, всего 620 человек при 22 пулеметах. Для оказания артиллерийской поддержки сухопутным частям флотилии при обороне Херсона корабли были расставлены на огневые позиции: монитор «Ударный» — в протоке Конка; три бронекатера прикрывали переправу у Антоновки; три бронекатера — в районе Касперовки; четыре бронекатера с монитором «Ударный» — в протоке Конка.
16 и 17 августа моряки флотилии сдерживали немцев на подступах к Херсону, а рано утром 18 августа германские войска перешли в решительное наступление при поддержке танков.
С 7 часов 18 августа остававшиеся у Херсона корабли Дунайской флотилии (монитор «Ударный» и десять бронекатеров) вели огонь по наступавшим германским войскам. Только «Ударный» с 7 часов утра до 18 час. 40 мин. сделал 260 выстрелов. Когда одно орудие вышло из строя, монитор продолжал вести огонь из оставшегося орудия.
С 10 часов немцы начали обстреливать город и порт Херсон из тяжелых орудий. К 19 часам немецкие танки прорвались к берегу в район элеватора, а к 20 часам — в район порта и пристани.
Далее началось отступление, точнее — бегство на левый берег Днепра. Прикрывали посадку и переправу сухопутных частей пять бронекатеров Дунайской флотилии, которые также находились под обстрелом противника. От попадания крупнокалиберного снаряда бронекатер № 201 взорвался, почти вся команда погибла. От нескольких прямых попаданий снарядов загорелся штабной корабль «Буг», он лишился хода, был выброшен на берег, где и сгорел.
К 21 часу 19 августа последнее сопротивление советских войск в Херсоне прекратилось, и весь город перешел под контроль эсэсовцев из дивизии «Лейбштандарт Адольф Гитлер».
После падения Херсона части Южного фронта, переправившись через Днепр, заняли оборону на его восточном берегу. 9-я армия заняла оборону по Днепру на участке: Горностаевка — Каховка — Алешки — Старая Зурьевка и далее на запад, до Еголыцкого залива. Штаб армии находился в селе Колончак.
Части 9-й армии располагались в обороне следующим образом: 150-я стрелковая дивизия на участке Казачьи Лагери — Цюрупинск; 15-я стрелковая дивизия — Цюрупинск — Бузовой; штаб 51-й стрелковой дивизии — в селе Костогрызово. 263-й полк 51-й стрелковой дивизии с приданными ему двумя дивизионами 218-го стрелкового полка (с неполным составом материальной части) был расположен на участке Старая Збруевка — Голая Пристань.
Дунайская флотилия получила от командования Южного фронта задачу прочно оборонять участок фронта Цюрупинск (включительно) — Новая Збурьевка (исключительно) протяженностью 30 км и кораблями прикрывать участок Новая Збурьевка — Прогнои — остров Первомайский.
13 августа начались бои за Очаков, когда части 50-й пехотной дивизии, захватив Аннекрок, пытались с ходу взять город, но были отбиты советскими войсками. В течение последующих четырех суток на подступах к Очакову шли ожесточенные бои. Наши войска поддерживали огнем канонерская лодка «Красная Армения» и мониторы «Ударный» и «Железняков».
Тем не менее 21 августа немецкие войска овладели Очаковом. Остатки очаковского гарнизона переправились на острова Первомайский и Березань, а также на Кинбурнскую косу, в Прогнои и Покровский.
19 августа командование Черноморского флота по согласованию с командованием Южного фронта «для централизации обороны участка от побережья между Днепровско-Бугским лиманом и Каркинитским заливом создало Тендровский боевой участок в границах: на севере — Кинбурнская коса, южный берег Днепровского лимана; на востоке — Алешки [17] , Б. Копани, Каланчак и Хорлы; на юге — Джарылгачская коса и Тендровская коса. В состав Тендровского боевого участка были включены два стрелковых батальона, 108-й подвижный артиллерийский дивизион, Тендровская маневренная база, учебное судно «Комендор» {32}.
Вход в Днепро-Бугский лиман прикрывали две мощные 203/50-мм четырехорудийые батареи. Батарея № 15 находилась на правом берегу лимана у Очакова. Она участвовала в обороне города, но действовала крайне безграмотно. Вот, к примеру, донесение от 14 августа: «…батарея обстреляла 6 танков противника в районе села Новоселки». Как уже говорилось, стрельба из тяжелых орудий по танкам на дальность свыше 2 км была крайне неэффективной. Вместо этого можно было разместить замаскированных корректировщиков, которые обеспечивали бы стрельбу по ближним тылам противника на дальности до 20 км фугасными снарядами и до 18 км шрапнелью. Естественно, стрельба должна была вестись по площадным целям — скоплениям живой силы и техники, штабам, обозам, полевым госпиталям, а не по отдельным танкам.