Монитор «Ударный», 2-й, 3-й и 4-й отряды бронекатеров в районе Херсон — Антоновка 2 сентября воспрепятствовали переправе противника. Канонерки «Буг» и «Днестр» действовали в районе города Станислав. Наша артиллерия обстреливала скопления противника в районах села Аджиаска, города Станислав, а также огневые точки на Очаковском мысе.
3 сентября флотилия, получив приказание от командующего 9-й армией воспрепятствовать переправам противника в районе Каховки, выделила для этой цели бронекатера № 301, 304, 401 и 402. Прорыв от устья Днепра к Каховке проходил на открытом участке под интенсивным огнем противника. При этом погибли два бронекатера — № 301 и № 304. Пропали без вести 10 человек, и 8 человек получили ранения. Бронекатера № 401 и № 402 прорвались и остались в районе Британы для нарушения переправы противника. Остальные катера и катера-тральщики действовали в районе Голая Пристань.
5 сентября монитор «Мартынов» и 1-й отряд бронекатеров поддерживали действия частей 18-й армии в районе Никополя. Бронекатера № 401 и 402 в ночь на 5 сентября действовали по немецким переправам у Каховки. В результате боевых столкновений были попадания в катера из крупнокалиберных пулеметов, 8 человек команды были ранены.
В 6 ч. 35 мин. 5 сентября звено истребителей 96-й авиаэскадрильи в воздушном бою с шестью германскими Ме-109 потеряло один самолет И-16.
На рассвете 6 сентября 96-я авиаэскадрилья успешно бомбила позиции противника в районе 12 км западнее Херсона. В 12 часов эта же эскадрилья бомбила переправочные средства в районе Тягинка. Монитор «Мартынов» и 1-й отряд бронекатеров оказывали огневое содействие частям 18-й армии в районе Никополя. Бронекатера высадили десантную группу и содействовали частям Красной армии в районе Тарасовка. Канонерки «Буг» и «Днестр», стоявшие в Днепро-Бугском лимане, выпустили 35 снарядов по городу Станиславу.
На рассвете 7 сентября 96-я авиаэскадрилья бомбила баржи и плавсредства противника в районе Новая Тягинка. Прибывший по распоряжению Военного совета Черноморского флота 2-й батальон 534-го стрелкового полка занял рубеж обороны Старая Збурьевка — Казачьи Лагери.
В этот день по приказу командующего 9-й армией 37-й понтонный батальон уничтожил 120 судов Наркомречфлота в протоках Днепра в районе города Цюрупинск.
8 сентября корабли флотилии действовали на позициях: монитор «Мартынов» и 1-й отряд бронекатеров— в районе Каховки по переправам противника; монитор «Ударный», два бронекатера и катер-тральщик патрулировали в устье Днепра; бронекатера N° 302 и 303 — в районе Кузьминка; бронекатер № 201 — в районе Голая Пристань; бронекатер № 202 — на Старом Днепре в районе Херсона; минный заградитель «Колхозник» — на озере Вчерашнем; бронекатер №105 — в Цюрупинской протоке.
Приказом командующего Южным фронтом от 9 сентября Дунайская флотилия была передана в оперативное подчинение 9-й армии. В тот же день командующий 9-й армией возложил на флотилию полную ответственность за оборону участка Кринки — Днепро-Бугский лиман, придав ей в оперативное подчинение, кроме имевшихся сухопутных частей, еще 8-й инженерный батальон. В районе Кринки на правом фланге флотилии должна была действовать 74-я стрелковая дивизия.
К вечеру 10 сентября немцы, наступавшие из района Каховки, заняли поселки Большая Маячка и Большие Копани и продолжали развивать наступление в направлении поселок Малые Копани — город Скадовск. Части 9-й армии под давлением превосходящих сил противника отошли на восток. Создалась возможность обхода правого фланга Дунайской флотилии и угроза базе флотилии и Тендровскому боевому участку.
Монитор «Мартынов» и 1-й отряд бронекатеров 10 сентября высадили разведгруппу 30-й кавалерийской дивизии и поддерживали ее огнем.
11 сентября немцы продолжали наступление в направлении Чалбасы — Скадовск — Брилевка. К 15 часам части Красной армии отошли от Скадовска. Поэтому 70-й зенитный артиллерийский дивизион был переведен из Скадовска в Железный порт.
В этот день монитор «Железняков» вышел к Тендровской косе. Части Тендровского боевого участка заняли рубеж обороны: Кинбурнская коса — Голая Пристань (исключительно), Новая Збурьевка — Чулаковка — Бехтеры — Железный порт. Связи со штабом 9-й армии ни у флотилии, ни у Тендровского боевого участка не было.
Своим приказом командующий Дунайской флотилией организовал сводный полк численностью 1700 штыков. Кроме того, в состав сводного полка входили 46-й отдельный зенитный артиллерийский дивизион и одна батарея 122-мм гаубиц.
Отряду кораблей в составе мониторов, бронекатеров и тральщиков была поставлена задача по особому сигналу командующего Дунайской флотилией стянуть корабли в район островов Круглый, Соколиный — нижнее устье протоки Конка. При этом бронекатера и тральщики должны были снять личный состав постов СНИС и морской пехоты, находившийся в обороне в районе Херсона и хутора Пятихатка.
Начальнику тыла флотилии было приказано подготовить все баржи и буксиры и выходить по сигналу с расчетом прибыть в Тендровский залив к исходу ночи 13 сентября. Все тыловые учреждения переводились по направлению Новая Збурьевка — Чулаковка — Циммервальд. Штаб флотилии, участок СНИС и 17-я пулеметная рота должны были отходить по сигналу командующего флотилией в том же направлении.
Несмотря на упорное сопротивление сухопутных частей обороны Дунайской флотилии при поддержке бронекатеров, к рассвету 12 сентября немцам удалось форсировать Днепр в районе Херсона и высадиться на остров. В течение суток части Тендровского боевого участка вели тяжелые оборонительные бои с превосходящими механизированными силами противника и к 16 часам вынуждены были отойти на новый рубеж обороны: Большая Кардашинка — Келегейские хутора.
Корабли флотилии сосредоточились в районе острова Соколиный. Бронекатера и тральщики сняли личный состав постов СНИС и 7-ю роту морской пехоты. В Цюрупинске и Голой Пристани при отходе наших частей были уничтожены все ценные в военном отношении объекты.
Приказом Военного совета Черноморского флота все сухопутные части Дунайской флотилии были переданы в оперативное подчинение Тендровскому боевому участку. Флотилии же была поставлена задача поддержать левый фланг этого участка со стороны Днепро-Бугского лимана.
Тендровский боевой участок с приданными ему частями Дунайской флотилии к 6 часам утра 13 сентября занимал рубеж обороны Старая Збурьевка — Железный порт. Одновременно готовились к обороне рубежи: Красная Знаменка, Ивановка, Шабы и район от села Прогнои на юг. Штаб Дунайской флотилии находился в селе Ивановка.
Немцы вели яростные атаки на участке Новая Збурьевка — Чулаковка, пытаясь прорвать наш фронт моторизованными частями, но успеха не добились. Лишь на нашем левом фланге противнику удалось нанести большие потери батальону 534-го стрелкового полка и отбросить его от Новой Збурьевки. Затем немцы развили наступление дальше вдоль берега Днепро-Бугского лимана на село Рыбальче — село Шабы — село Прогнои.
После переброски на этот участок 17-й пулеметной роты и поддержки, оказанной нашим частями огнем монитора «Ударный» и бронекатеров, дальнейшее продвижение противника было приостановлено. Учитывая создавшуюся обстановку и соотношение сил, командующий Черноморским флотом принял решение об эвакуации Тендровского боевого участка. С 12 часов 9 сентября начались подготовительные работы. В селе Покровка строились причалы для катеров.