Далее Маскевич писал: «В сей день кроме битвы за деревянною стеною, не удалось никому из нас подраться с неприятелем: пламя охватило домы и, раздуваемое жестоким ветром, гнало русских, а мы потихоньку подвигались за ними, беспрестанно усиливая огонь, и только вечером возвратились в крепость [Кремль]. Уже вся столица пылала; пожар был так лют, что ночью в Кремле было светло, как в самый ясный день, а горевшие домы имели такой страшный вид и такое испускали зловоние, что Москву можно было уподобить только аду, как его описывают. Мы были тогда в безопасности — нас охранял огонь. В четвёрток мы снова принялись жечь город, которого третья часть осталась ещё неприкосновенною — огонь не успел так скоро всего истребить. Мы действовали в сём случае по совету доброжелательных нам бояр, которые признавали необходимым сжечь Москву до основания, чтобы отнять у неприятеля все средства укрепиться…»
В середине дня 20 марта в Москве бои шли только на Сретенке. Там до вечера дрался князь Пожарский. Вечером он был тяжело ранен в голову и вынесен ратниками из боя. Его удалось увезти в Троицкий монастырь. Последнее сопротивление прекратилось. На улицах лежало около семи тысяч трупов.
Большинство москвичей, несмотря на мороз, бежали из столицы. Лишь некоторые 21 марта пришли к Гонсевскому просить о помиловании. Тот велел им снова присягнуть Владиславу и отдал приказ полякам прекратить убийства, а покорившимся москвичам иметь особый знак — подпоясываться полотенцем.
Конрад Буссов писал, что в течение нескольких дней «не видно было, чтобы московиты возвращались, воинские люди только и делали, что искали добычу. Одежду, полотно, олово, латунь, медь, утварь, которые были выкопаны из погребов и ям и могли быть проданы за большие деньги, они ни во что не ставили. Это они оставляли, а брали только бархат, шёлк, парчу, золото, серебро, драгоценные каменья и жемчуг. В церквах они снимали со святых позолоченные серебряные ризы, ожерелья и вороты, пышно украшенные драгоценными каменьями и жемчугом. Многим польским солдатам досталось по 10, 15, 25 фунтов серебра, содранного с идолов, и тот, кто ушёл в окровавленном, грязном платье, возвращался в Кремль в дорогих одеждах…»
Тяжело раненный Дмитрий Пожарский несколько недель отлёживался у монахов в Троице-Сергиевом монастыре, а затем отправился долечиваться в свою вотчину Мугреево.
Ополчение Ляпунова не имело сил для штурма Китай-города и Кремля, имевших мощные каменные укрепления. У ополчения не было достаточного числа осадных орудий, способных разрушить стены. Да и моральный дух войска был слишком низок, чтобы идти на штурм и нести большие потери. Поэтому русские ополченцы решили взять поляков измором.
Воевода Ляпунов попытался хоть кое-как укрепить дисциплину в войске, но 22 июня 1611 г. был убит казаками. Во главе ополчения остались тушинский боярин Дмитрий Трубецкой и казацкий атаман Иван Мартынович Заруцкий. Авторитетом оба они не пользовались. Пока первое ополчение находилось под Москвой, Заруцкий содержал Марину Мнишек с сыном неподалёку, в Коломне, под защитой верных ему казаков. Надо ли говорить, что атаман периодически наведывался в Коломну, до которой было всего день-два пути. Свою же законную супругу Заруцкий предусмотрительно заставил постричься в монахини. Марина после беглого монаха и шкловского еврея за неимением лучшего легла в постель с казаком Заруцким.
Сложилась патовая ситуация: первое ополчение ничего не могло сделать с польским гарнизоном в Москве, а поляки — с ополчением. Между тем в Смоленске началась цинга. Из 80 тысяч жителей, которые оказались в осаде, осталось около 8 тысяч. Но тем не менее смоляне не помышляли о сдаче. Город удалось взять лишь изменой. Боярский сын Андрей Дедешин, перебежавший к полякам, указал королю на непрочную часть стены. Король велел построить там несколько осадных батарей. После нескольких дней бомбардировки стены рухнули. Ночью 3 июня 1611 г. поляки полезли в пролом. Начался бой на городских улицах. Смоленск горел. Несколько сотен горожан заперлись в соборной церкви Богородицы вместе с архиепископом Сергием. В собор ворвались поляки, архиепископ в полном облачении с крестом в руках пошёл им навстречу. Какой-то пан ударил Сергия саблей по голове. Поляки начали в соборе рубить мужчин и хватать женщин. Тогда посадский человек Андрей Беляницын взял свечу и полез в подвал собора, где хранилось 150 пудов пороха. Как писал современник: «И был взрыв сильный, и множество людей, русских и поляков, в городе побило. И ту большую церковь, вверх и стены её, разнесло от сильного взрыва. Король же польский ужаснулся и в страхе долгое время в город не входил».
Воевода Шеин был взят в плен, где подвергся жестоким пыткам. После допроса его отправили в Литву, где держали в оковах «в тесном заточении».
Взятие Смоленска вскружило голову королю. Вместо похода на Москву он немедленно распускает свою армию и едет в Варшаву. Видимо, на это решение повлияло и безденежье короля — наёмникам нечем было платить. Но главным фактором всё же была эйфория!
29 октября 1611 г. король устроил себе в Варшаве триумф по образцу римских императоров. Через весь город в королевский замок проследовала пышная процессия, во главе которой ехал гетман Жолкевский. За ним следовал рыцарство. В открытой карете, запряжённой шестёркой лошадей, сидел бывший московский царь Василий Шуйский, одетый в белую парчовую ферязь и меховую шапку. Этот седой старик смотрел сурово исподлобья. Напротив Василия сидели два его брата, а посередине — пристав. Братьев Шуйских вывели из кареты и подвели к королю. Они низко поклонились, держа шапки в руках. Жолкевский произнёс длинную речь об изменчивости счастья, о мужестве короля, восхвалял его подвиги — взятие Смоленска и Москвы, поговорил о могуществе московских царей, последний из которых теперь стоял перед королём и бил челом. Тут Василий Шуйский, низко склонив голову, дотронулся правой рукой до земли и потом поцеловал эту руку, Дмитрий Шуйский поклонился до самой земли, а младший брат Иван трижды поклонился и заплакал.
Взятие Смоленска и триумф короля в Варшаве убедили подавляющее большинство панства, что Москва окончательно покорена. Коронный вице-канцлер Феликс Крыский заявил в Варшаве: «Глава государства и всё государство, государь и его столица, армия и её начальники — все в руках короля».
В Мугрееве князь Пожарский узнал об осаде Москвы первым ополчением, о кознях казаков против Ляпунова и о его гибели, о массовом уходе дворян и служилых из ополчения.
Наступил самый критический момент Смутного времени. Первое ополчение разлагалось. Чтобы спасти Россию, нужна была новая сила и новый вождь.
Летом 1611 г., когда Ляпунов был ещё жив, архимандрит Троицкого монастыря Дионисий разослал грамоты в Казань и другие низовые города, в Новгород Великий, на Поморье, в Вологду и Пермь, где говорилось: «Православные христиане, вспомните истинную православную христианскую веру… покажите подвиг свой, молите служилых людей, чтоб быть всем православным христианам в соединении и стать сообща против предателей христианских… Пусть служилые люди без всякого мешканья спешат к Москве, в сход к боярам, воеводам и ко всем православным христианам».