Сразу же после изгнания поляков начались очистка и восстановление Кремля и всей столицы. Трубецкой поселился в Кремле во дворце Годунова, а Пожарский — на Арбате в Воздвиженском монастыре. Кремлёвские сидельцы бояре разъехались по своим вотчинам. Михаил Романов с матерью уехали в свою вотчину — село Домнино Костромского уезда.
Король Сигизмунд в Вязьме узнал о капитуляции польских войск в Москве. Там королевские войска соединились с отрядами гетмана Хоткевича и вместе двинулись осаждать укреплённый городок Погорелое Городище. Местный воевода князь Юрий Шаховский на требование сдачи ответил королю: «Ступай к Москве. Будет Москва за тобою, и мы твои». Король послушался и пошёл дальше.
Основные силы поляков осадили Волоколамск, а конный отряд пана Адама Жолкевского двинулся к Москве. Жолкевский дошёл до села Ваганьково, где был атакован русскими. Поляки были разбиты и бежали. В бою поляки захватили смоленского дворянина Ивана Философова. Жолкевский велел допросить его и узнать, хотят ли по-прежнему москвичи королевича Владислава на царство, полнолюдна ли Москва и много ли там припасов? Философов ответил, что Москва «людна и хлебна», и все готовы помереть за православную веру, а королевича на царство брать не будут. То же самое дворянин сказал и самому Сигизмунду.
Потеряв надежду овладеть Москвой, король решил по крайней мере взять Волоколамск, который обороняли воеводы Иван Карамышев и Чемесов. Поляки трижды штурмовали город, но были отбиты. Третий штурм кончился вылазкой казаков под началом атаманов Нелюба Маркова и Ивана Епанчина. Казакам удалось отогнать ляхов и уволочь у них несколько пушек.
27 октября Сигизмунд приказал войску уходить в Польшу. По дороге от холода и голода поляки потеряли несколько сотен человек.
После поражения войск Ходкевича под Москвой и воцарения Михаила Романова военные действия в России вела исключительно бандитствующая шляхта. Особенно отличился Александр Лисовский. Банды поляков грабили деревни, выжигали городские посады. За ними с переменным успехом гонялись царские воеводы.
Рейды Лисовского стали поводом для царского окружения, чтобы удалить Дмитрия Пожарского из Москвы. Как уже говорилось, Александр Лисовский был отпетым бандитом, приговорённым к смертной казни ещё за разбои в Польше в 1608 г. Его отряд буквально исколесил всю европейскую часть России. Лисовский был смел и хитёр. Его отряд состоял из отборных кавалеристов, которые сами себя именовали «лисовчиками». Лисовский действовал по типовому принципу всех грабителей, хорошо озвученному Шамилем Басаевым: «Набег — отход, набег — отход».
С Лисовским русским, безусловно, надо было кончать, но был ли смысл давать такое поручение Пожарскому? Князь был многократно ранен, что не давало ему возможности, подобно Лисовскому, сутки и более непрерывно скакать, меняя лошадей. А как без этого словить «лисовчиков»? Тут нужен был не стратег, а лихой гусар типа Дениса Давыдова.
Царь Михаил и его окружение были заинтересованы в том, чтобы воевода осрамился и не поймал Лисовского, а в случае удачи тоже невелика заслуга — поймать грабителя.
29 июня 1615 г. Пожарский с отрядом дворян, стрельцов и несколькими иностранными наёмниками, всего не более тысячи человек, двинулись из Москвы на ловлю «лисовчиков». Среди наёмников был и известный нам шотландский капитан Яков Шав, которого Пожарский отказался принять на службу в 1612 г. Однако теперь Шав служил примерно, чем завоевал доверие воеводы.
Царь Михаил дал наказ (инструкцию) Пожарскому о методах борьбы с «лисовчиками»: «Расспрося про дорогу накрепко, послать наперёд себя дворян, велеть им на станах, где им ставиться, места разъездить и рассмотреть, чтоб были крепки, да поставить надолбы; а как надолбы около станов поставят и укрепят совсем накрепко, то воеводам идти на стан с великим береженьем, посылать подъезды и проведывать про литовских людей, что они безвестно не пришли и дурна какова не учинили».
Лисовский на какое-то время засел в городе Карачеве. Узнав о быстром продвижении отряда Пожарского через Белёв и Болхов, Лисовский испугался, сжёг Карачев и отправился «верхней дорогой» к Орлу. Разведчики донесли об этом воеводе, и тот двинулся наперерез Лисовскому. По пути к Пожарскому присоединился отряд казаков, а в Болхове — две тысячи конных татар.
Рано утром на Орловской дороге «лисовчики» внезапно встретились с головным отрядом Пожарского, которым командовал Иван Пушкин. Отряд Пушкина не выдержал скоротечного встречного боя и отступил. Отошёл и другой русский отряд под началом воеводы Степана Исленьева. На поле битвы остался лишь сам Пожарский с шестьюстами ратниками. Пожарский долго отбивал атаки более чем трёх тысяч поляков, а потом приказал установить укрепление из сцепленных обозных телег и засел там.
Лисовский не мог и предположить, что у Пожарского так мало людей, поэтому не посмел атаковать его, а раскинул стан неподалёку — в двух верстах. Пожарский не хотел отступать и говорил своим ратникам, уговаривавшим его отойти к Болхову: «Всем нам помереть на этом месте».
К вечеру вернулся воевода Исленьев, а ночью подошли и остальные беглецы. Утром Пожарский, видя вокруг себя большую рать, начал преследование Лисовского. Тот быстро снялся с места и стал под Кромами, но, видя, что погоня не прекращается, он за сутки проделал 150 вёрст и подошёл к Волхову, где был отбит воеводой Фёдором Волынским. Затем Лисовский подошёл к Белёву, сжёг его и направился было к Лихвину, но потерпел здесь неудачу и занял Перемышль, воевода которого оставил город без боя и бежал со своими ратниками на Калугу.
Пожарский остановился в Лихвине. Здесь к нему подошло несколько сотен ратников из Казани. После непродолжительного отдыха князь возобновил преследование Лисовского. Тот по-прежнему отступал. Поляки сожгли Перемышль и прошли на север между Вязьмой и Можайском.
Пожарский после нескольких дней невероятно быстрой (для русского войска того времени) погони тяжело заболел. Он передал командование вторым воеводам, а сам на телеге был отвезён в Калугу.
Без Пожарского войско потеряло боеспособность. Отряд казанцев самовольно ушёл в Казань, а воеводы с оставшимися ратниками побоялись продолжать преследование «лисовчиков». И Лисовский свободно прошёл под Ржев Володимиров, который с трудом удержал воевода боярин Фёдор Иванович Шереметев, шедший на помощь Пскову. Отступив от Ржева, Лисовский пытался занять Кашин и Углич, но и там воеводам удалось удержать свои города. После этого Лисовский не нападал уже на города, а пробирался между ними, опустошая всё на своём пути: прошёл между Ярославлем и Костромой к Суздальскому уезду, потом между Владимиром и Муромом, между Коломной и Переяславлем-Рязанским, между Тулой и Серпуховом до Алексина. Несколько воевод отправились в погоню за Лисовским, но они лишь бесплодно кружили между городами, не находя «лисовчиков». Только в Алексинском уезде князь Куракин один раз сошёлся с Лисовским, но тот без существенных потерь ушёл. Так Лисовскому удалось уйти в Литву после своего поразительного в военной истории и надолго запомнившего в Московском государстве круга.