В октябре 1990 г. МПК-118 «Комсомолец Молдавии» пр. 1124М подавил артиллерийским огнем две обстрелявшие его с берега батареи эритрейцев, а также уничтожил склад боеприпасов.
10 декабря 1990 г. эритрейские сепаратисты обстреляли танкер «Шексна». Сопровождавший его тральщик «Параван» прикрыл танкер и дал отпор нападавшим.
В декабре 1990 г. тральщик «Дизелист» потопил два из шести атаковавших его эритрейских катеров.
В феврале 1990 г. эретрейские сепаратисты захватили главную базу эфиопского флота — порт Массауа. Была захвачена и матчасть бригады береговой артиллерии, в том числе и 130-мм орудия СМ-4—1 с дальностью стрельбы 28 км, что позволяло сепаратистам беспрепятственно обстреливать острова архипелага. Поначалу они вели огонь бесприцельно, но постепенно огонь стал корректироваться разведывательно-диверсионными группами, высаженными на необитаемые острова и местной агентурой. Снаряды все чаще стали попадать в район ПМТО, а также на огневые позиции и места дислокации эфиопских частей.
Корабли ВМС Эфиопии и остатки разбитых воинских частей были перебазированы в порт Асэб и (с согласия советского правительства) на остров Нокра. В результате боевые действия перенеслись на архипелаг Дахлак. Туда же срочно эвакуировались и летчики советской авиагруппы из Асмеры, оставив технику, имущество и запасы.
С 12 февраля остров Нокра и архипелаг Дахлак стали систематически обстреливаться дальнобойной артиллерией с полуострова Бури. К тому времени на ПМТО находились тральщик, десантный корабль Тихоокеанского флота и ряд судов обеспечения.
Возникла угроза высадки десанта эритрейцев на архипелаг, к чему остров не был готов, поскольку никаких серьезных фортификационных сооружений и запасов боеприпасов, кроме штатного боекомплекта, там не было. Для усиления наземной обороны с БДК была высажена десантно-штурмовая рота морской пехоты капитана.
Эфиопская авиация несколько раз бомбардировала позиции береговой артиллерии, нанося удары крылатыми ракетами П-15 с ракетных катеров. Сторожевые корабли и патрульные катера постоянно вступали в перестрелку с эритрейским катерами.
В боевых действиях стали принимать участие и местные жители, доведенные до отчаяния постоянными обстрелами. Однажды ночью афары на своих лодках подошли к береговой батарее эритрейцев и, сняв часовых, вырезали всех, взорвав орудия. Но все эти меры уже не могли повлиять на ситуацию.
19 октября 1990 г. конвой из двух БДК, МТЩ «Параван», МПК-118 и танкера «Шексна» был обстрелян береговыми батареями с острова Асаркасеверная и мыса Кароли. В ответ 76-мм артиллерия «Комсомольца Молдавии» прямыми попаданиями уничтожила батареи. На их месте поднялся столб огня от взрыва склада боеприпасов. Командир корабля капитан 3-го ранга СВ. Старый был награжден орденом Боевого Красного Знамени. И в последующем комендоры МПК отличались точными попаданиями, за что корабль прозвали «злым молдаваном».
Пришедший на замену МПК-118 в декабре 1990 г. МТЩ «Дизелист» (ЧФ) уже 19 декабря при конвоировании танкера «Шексна» (единственного источника воды и топлива для базы) уничтожил 2 из 6 атаковавших конвой катеров.
Командование базы приняло срочные меры по строительству дополнительных бомбоубежищ, запасного командного пункта и системы огневых позиций для круговой обороны, дополнив ранее имевшиеся.
Опорный пункт был оборудован дополнительными траншеями, блиндажами и железобетонными огневыми точками, бомбоубежищами. Командный пункт базы был перенесен в подземелье. Использовали для полевых укреплений даже подручные материалы — металлические бочки, залитые бетоном. Известняк, из которого состоял остров, был очень твердым материалом, и копать его было очень трудно. Даже снаряды делали в нем только небольшие углубления. Капониры для боевой техники (танков и БМП) и пулеметные гнезда были обложены мешками с песком и камнями. Из личного состава базы были созданы нештатные подразделения для наземной и воздушной обороны — пулеметный и стрелковые взводы, по боевой тревоге занимавшие окопы и дзоты и зенитчики с ПЗРК «Стрела-2» и «Шилками».
Были определены сектора ведения огня, проведена пристрелка личного оружия, огневые точки укомплектованы боезапасом. Были спланированы различные варианты отражения десанта, проведены учения с личным составом базы, отработано взаимодействие с эфиопскими союзниками. Каждый матрос, мичман и офицер базы знал свое место по боевой тревоге, в «оружейках» стояли заряженные автоматы и пулеметы, подсумки с запасными магазинами, гранатометы. Офицеры хранили оружие дома.
К ведению огня по суше были готовы и немногочисленные боевые корабли, включенные в систему обороны базы.
Положение в январе еще более ухудшилось, к артиллерийским обстрелам добавились штурмовые и бомбовые авиаудары с самолетов МиГ-23, появившихся у сепаратистов, и ночные ракетные и пулеметные обстрелы с катеров. Участились демонстративные попытки высадок десантных групп под прикрытием ночных обстрелов.
С ними боролись экипажи врытого в землю танкового взвода ПТ-76, БТР, танки Т-55, открывая заградительный огонь по данным радиометристов с БДК, которые обнаруживали катера противника еще далеко в море. Все нападения успешно отбивались. Но от снарядов береговых батарей спасения не было — они разбивали склады и жилые помещения, падали по всей территории базы и на соседние острова. Эритрейцы старались сохранить для себя основные сооружения базы, поэтому основной огонь велся по позициям эфиопских войск и пирсам с эфиопскими катерами.
В феврале 1991 г. эфиопские войска в Эритрее были полностью разгромлены. На очереди были остатки эфиопских армейских частей и флота, закрепившиеся на островах архипелага Дахлак. Разведка докладывала о скоплении эритрейских войск и десантных судов в порту Массауа и ближайших островах. Обстановка накалялась с каждым днем.
В Москве, осознав ситуацию, срочно приняли решение о передаче Эфиопии по остаточной стоимости сооружений базы и части имущества, которое уже невозможно было вывезти, и наконец-то решили эвакуировать ПМТО, существование которого уже не имело никакого военного значения. Для оформления договора в Аддис-Абебу прибыла группа офицеров во главе с первым заместителем Главкома ВМФ адмиралом флота И.М. Капитанцем. После подписания договора была наконец разрешена и эвакуация ПМТО.
В 7 часов утра 4 февраля 1991 г. началась (под видом очередной тренировки) экстренная погрузка личного состава и имущества на плавмастерские ПМ-129, ПМ-156, БДК-101, другие корабли, вспомогательные суда и баржи. Паники не было, все проходило организованно, несмотря на близкие разрывы снарядов. Сказывались выучка личного состава и частые тренировки. Был спущен с мачты государственный флаг СССР.
Эвакуация проходила под постоянной угрозой обстрела с моря и берега и возможностью перекрытия входа в бухту. Стоило эритрейцам затопить на входе в бухту какую-либо баржу и поставить пару пушек — и флот был бы заперт и уничтожен. Многое из складского имущества и запасов базы пришлось просто оставить эфиопам. Но штатное имущество было на корабли погружено полностью. Последними опустевшую базу покинули бойцы Черноморского отряда ПДСС — 6 человек во главе с командиром, капитаном 2-го ранга Л. Губко.