Митрополит Иона, бывший соратник Шемяки, а теперь верой и правдой служивший Василию, запретил поминать отравленного князя. В ответ игумен Боровского монастыря Пафнутий самого Иону не велел именовать митрополитом.
Тогда Иона послал в Боровский монастырь митрополита и бояр с дружинниками, которые доставили Пафнутия в Москву. Там митрополит на игумена «страшную брань положил». Пафнутий же продолжал стоять на своем и очутился в железах в монастырской тюрьме. Однако эта расправа вызвала возмущение большой части духовенства. И, как сказано в летописи, «...митрополит смирился и сам пред Пафнотием повинился и мир дав ему и дарова его и отпусти его с миром о Христе Исусе. И Пафнотей до конца поминовал князя Дмитрея».
Известен и еще один случай неподчинения церковных иерархов Василию II. Так, узнав об отравлении Шемяки, троицкий игумен Мартиниан публично наложил на Василия строгую епитимью (церковное наказание). Неизвестно, стал ли Темный выполнять епитимью, но с 3 июля 1453 г. великий князь перестал называть в своих грамотах троицкого игумена по имени. А летом 1454 г. Мартиниана заставили покинуть Троицу и уйти в Ферапонтов монастырь на Белое озеро. На его место был назначен троицкий старец Вассиан Рыло. Позже Мартиниан Белозерский был причислен к лику святых так же, как и Пафнутий Боровский.
Через несколько месяцев после смерти Дмитрия Шемяки в Боровский монастырь явился его убийца (бывший повар Поганка), постригшийся в монахи. Пафнутий, узнав об этом, изобличил его перед всей братией и отказался принять в своей обители.
Приключения храброго князя Дмитрия Юрьевича не кончились его смертью. Перенесемся в 1614 г. в Новгород. На Руси заканчивалось Смутное время. Поляки были выбиты из Москвы, но в Новгороде еще хозяйничали шведы. Шведские солдаты грабили Юрьев монастырь в 20 верстах от Новгорода. Кому-то пришла мысль вскрыть гробницы в древнем Георгиевском соборе. В большинстве могил лежали лишь рассыпавшиеся кости, но, подняв очередную надгробную плиту, шведы остолбенели — там лежал... живой человек. Через несколько секунд испуг солдат прошел — это был мертвец. Он был одет в роскошные княжеские одежды, которые здорово истлели от времени, но сам труп не подвергся тлению. Шведы забрали все драгоценности, а тело поставили у церковной стены «яко живо». Шведский командир расценил это как курьез и звал сослуживцев в церковь, как в кунсткамеру.
Слух об этом дошел до новгородского митрополита Исидора, и тот обратился к шведскому главнокомандующему Якобу Дела-гарди с просьбой отдать нетленное тело. Дела к тому времени у шведов пошли неважно, и ссориться из-за пустяков с митрополитом Делагарди не захотел. Тело перенесли в Софийский собор в Новгородском кремле. Не мудрствуя лукаво, Исидор признал тело за нетленные мощи князя Федора Ярославича, который княжил в Новгороде с 1228 по 1233 г. Мощи были торжественно захоронены в Софийском соборе.
Канонизация всех русских правителей от князей Бориса и Глеба до императора Николая II имела политическую подоплеку. Само собой, не обошлось без политики и на сей раз. Исидор устроил антишведскую демонстрацию. Ведь князь Федор был старшим братом князя Александра Ярославича Невского.
На веруюших должно было произвести впечатление хорошее состояние трупа: в начале XVII века Федор выглядел как живой. Ведь православная церковь всегда видела в нетлении святых «особый дар Божий и видимое свидетельство их славы». Со временем князь Федор Ярославич из местного святого превратился в общерусского. Ежегодно 5 июня (18 июня по новому стилю) православная церковь отмечала день благоверного князя Федора Ярославича. В начале XIX века на деньги Д.С. Яковлевой (урожденной княжны Баратаевой) была сделана серебряная рака, в которую положили тело святого Федора.
Материалисты-большевики в борьбе с православной церковью решили показать населению, что на самом деле представляют собой «нетленные мощи». В 1919 г. была вскрыта рака святого князя Федора Ярославича. Там большевики обнаружили не «живого человека», а мумию. Тело сильно пострадало в 1614 г., когда оно слишком долго находилось на открытом воздухе. Тем не менее и мумия очень озадачила «активистов-безбожников» — ведь в остальных могилах лежали только истлевшие кости. Было решено тщательно исследовать останки князя Федора и дать научное объяснение этому феномену.
Исследование мумии было закончено лишь в 1930-х годах известным антропологом В.В. Гинзбургом. Исследование дало сенсационные результаты. Тело принадлежало мужчине в возрасте около 40 лет. Гинзбург, в отличие от митрополита Исидора, знал, что князь Федор умер в возрасте 14—15 лет. Читатель спросит, как мог княжить в Новгороде подросток? Дело в том, что новгородцы сами просили великого князя Ярослава Всеволодовича дать им в князья старшего сына. Приезд Федора означал, что теперь Великий Новгород находится под зашитой Ярослава. Князь Федор приехал не один, а с дружиной «кованой рати».
Изучение летописей дало сенсационный результат — неизвестные останки могли принадлежать только великому князю Дмитрию Юрьевичу Шемяке, скончавшемуся в лето 6961-е, то есть в
1453 г. Дело в том, что Шемяка в 1446 г. был собором русской церкви предан анафеме. Собор отлучил его «от Бога, от церкви Бо-жией» и предал проклятию.
Так почему же тело, князя, преданного анафеме, стало нетленным, и как он оказался «святым Федором»?
Шведы в 1614 г. сняли и перепутали все надгробные плиты, а митрополита Исидора устраивали лишь мощи князя Федора Ярославича. Всего в Георгиевском соборе были захоронены четыре князя: Шемяка, Федор и двое малолетних детей — Изяслав и Ростислав, родившиеся в 1190 и 1193 гг. и умершие в возрасте 8 и 5 лет соответственно. По логике Исидора святым мог оказаться лишь князь Федор Ярославович.
Но почему же останки трех князей, трех монахов и княгини Феодосии, захороненных в соборе, истлели, а труп Шемяки в 1614 г. выглядел как живой? С 1 по 28 октября 1987 г. химическое отделение Бюро судебно-медицинской экспертизы ГУЗМ Министерства здравоохранения РСФСР провело исследование останков Шемяки по поводу обнаружения мышьяка, ртути, сурьмы и свинца, а также установления возможности наступления смерти в результате отравления. «При исследовании печени, почки, мышцы груди, содержимого брюшной полости (пыли) и кости обнаружены следы мышьяка».
Количество соединений мышьяка в почке составило значительную цифру — 0,21 мг (естественный фон по мышьяку в человеческом организме составляет лишь сотые миллиграмма — от 0,01 до 0,08).
Данные исследования предполагают возможность наступления смерти в результате развития желудочно-кишечной формы отравления соединениями мышьяка. «Для данной формы отравления характерно резкое обезвоживание организма, обусловленной обильной потерей воды и как следствие — выведение большей части яда. Резкое обезвоживание организма в период, предшествующий смерти, значительно способствует мумификации трупа. Смерть при желудочно-кишечной форме отравления наступает в срок до двух недель».
Прошу прощения у читателя за цитирование скучного акта экспертизы. Но тем не менее данные экспертизы сошлись с данными новгородской летописи. Итак, виновность Василия II и его бояр в совершении преступления официально доказана. Заодно же выяснено происхождение мощей «князя Федора».