Финская озерная флотилия имела в своем составе четыре канонерские лодки (общее вооружение – три 102-мм и пять 76-мм пушек), три бронекатера (три 76-мм или 45-мм пушки), три быстроходные баржи и несколько катеров, две смешанные эскадрильи (Ju-88, He-111, Ме-109, «Кэртис»), базировавшиеся на аэродромы и площадки в районе Петрозаводска.
Приказом Наркома ВМФ от 31 декабря 1942 года Онежский отряд кораблей был переименован в Онежскую в военную флотилию. Корабли и суда флотилии тремя эшелонами с 14 мая по 14 июня прибыли в Вытегру. К началу кампании 1943 года из Волжской флотилии была возвращена канонерская лодка КЛ-13, а штабной корабль «Московский комсомолец» отремонтирован, перевооружен и переклассифицирован в канонерскую лодку. Кроме того, в состав флотилии были введены 8 сторожевых катеров (№ 3, 4, 5 , 6, 47, 49, 104, 111), 7 торпедных катеров типа Г-5 (№ 81, 82, 83, 84, 91, 92, 93), 3 катера-тральщика (РТЩ-130, 131 и 132),2 сторожевых корабля (СКР-14 и 5).
С 16 мая корабли флотилии начали конвоирование транспортов и буксиров с баржами, доставлявших грузы частям Красной Армии. Основными маршрутами были озерная коммуникация (Вытегра – река Андома – губа Шала) и коммуникация по Онежскому обводному каналу (Вытегра – поселок Кедра).
В ночь на 31 мая канонерские лодки КЛ-11 и КЛ-41, бронекатера № 12, 22, 41 и 42 [173] обстреляли поселки Подщелье и Ропручей. В результате обстрела установить расположение неприятельских огневых точек не удалось, так как противник ответного огня не открывал. 1 июня канонерские лодки КЛ-11, КЛ-12 и КЛ-41 произвели поиск на коммуникациях финнов в Петрозаводском заливе, но были обнаружены финскими самолетами. В результате суда противника укрылись в бухте, и поиск не дал результатов. В 13.45 у острова Василисин канлодки внезапно атаковали зашедшие со стороны солнца три финских самолета. КЛ-12 получила попадание двух 100-кг бомб в корму и затонула. Канлодки КЛ-11 и КЛ-41 повреждений не получили.
Далее без комментариев цитирую архивный документ: «После гибели КЛ-12 командир дивизиона капитан 2 ранга Г.И. Гинзбург, опасаясь повторной атаки, решил корабли рассредоточить. Он приказал командиру КЛ-41 спасать личный состав погибшей КЛ-12, а сам вместе с капитаном 2 ранга Г.С. Гапковским на КЛ-11 пошел в базу. КЛ-41 направилась к месту гибели КЛ-12 для спасения личного состава, но вражеский самолет вторично атаковал канлодку. Корабль начал маневрировать и отстреливаться. Отогнанный артиллерийским огнем от канлодки, неприятельский самолет с бреющего полета обстрелял из пулемета плавающий личный состав КЛ-12. Было убито 8 человек. Только в 14 ч 36 мин КЛ-41 подошла к месту гибели КЛ-12 и спасла 22 человека (погибло 27 человек), в том числе и командир корабля».
В тот же день в районе устья Вытегры три финских самолета повредили катер-тральщик РТЩ-130. А в ночь на 9 июня у мыса Муромский был атакован конвой, шедший из Озерного устья в Шалу. Повреждена баржа с мукой. Несколько налетов финской авиации на советские суда произошли и в последующие дни. Всего в июне 1943 года финские самолеты 30 раз атаковали советские суда.
В ночь на 3 июля канлодка КЛ-40, бронекатера № 22 и № 41 обстреливали поселок Ропручей. «Противник ответного огня не открывал, поэтому выяснить расположение его огневых точек и системы береговой обороны не удалось».
Вполне вероятно, что кроме местных жителей больше там никого не было.
8 июля для поиска судов противника в район бухты Гиморецкая направились бронекатера № 12 и № 21. Для их поддержки в Онежском устье находились КЛ-40 и три торпедных катера. В 16.20 бронекатера обнаружили буксир с баржой и мотобот противника, шедшие от мыса Чей-Наволок в Гиморецкую бухту. Сблизившись с судами, в 16.45 бронекатера открыли огонь из двух 76-мм пушек. Финские суда, увеличив ход, повернули к берегу под прикрытие своих береговых батарей. В 16.15 с мыса Чей-Наволок и из района села Каскиручей был открыт огонь по кораблям из 100-мм орудий. Финны не имели эффективных приборов управления стрельбой даже на балтийских 305-мм и 254-мм береговых батареях, а в Карелии и подавно, поэтому вероятность попадания в маленький катер являлась ничтожно малой. А от осколков и шрапнели катера защищала броня. Но командиры катеров попросту струсили и легли на обратный курс. Так позорно закончилось первое соприкосновение с финскими судами на Онежском озере.
23 июля в состав Онежской флотилии вошел принятый от промышленности большой охотник проекта 122 «Марсовой».
19-22 августа отряд кораблей Онежской флотилии совместно с 1228-м стрелковым полком 368-й стрелковой дивизии 7-й армии провел операцию по уничтожению опорного пункта противника, прилегающего к фронту в устье реки Ошта. В этом районе противник имел трехорудий-ную 120-мм батарею (мыс Куликов), 10 батарей орудий калибра 76-152 мм, батарею ПВО на мысе Коровенец, и минометно-пулеметные точки. На флотилию возлагалась задача артиллерийской поддержки наступления 368-й стрелковой дивизии в районе Вожероксы.
Корабли были сведены в две группы. Первая группа включала канлодки КЛ-11 и КЛ-41, бронекатера № 21 и № 42, сторожевые катера № 41 и № 42 с реактивными установками М-13-М (16 – 132-мм снарядов) и должна была действовать с закрытых позиций в Онежском обводном канале. Вторая группа кораблей в составе торпедных катеров №№ 81, 82, 83, 91, 92 и 93 с реактивными установками М-8-М (24 – 82-мм снарядами) должна была стрелять с озера.
В 4.01 торпедные катера, находясь в движении, дали залп. Задача была успешно выполнена. Одновременно был дан залп «PC» по опорному пункту противника с двух сторожевых катеров, стоявших в канале. Затем последовал второй залп. После этого неприятельский огонь значительно ослаб. После окончания артподготовки части 368-й стрелковой дивизии перешли в наступление. Поддерживая наступающую пехоту, бронекатера № 21 и № 42 прямой наводкой подавляли огневые точки и уничтожали живую силу противника. Канонерские лодки вели огонь с закрытых позиций. От огня противника три бронекатера получили значительные повреждения. Погибли командир бронекатера № 21 лейтенант И.И. Чеботарев и старшина-комендор, были ранены два матроса.
В результате совместных действий противник был выбит с занимаемых позиций, части 7-й отдельной армии продвинулись вперед и захватили участок южного побережья Онежского озера.
13 сентября в 1.05 ночи бронекатера № 21 и № 42 под командованием командира дивизиона канлодок капитана 3 ранга И.П. Никулина высадили группу разведчиков на мыс Чей-Наволок. На обратном пути в 3.05 с головного катера заметили силуэты трех кораблей. Не ответив на опознавательный сигнал бронекатеров, эти корабли открыли артиллерийский огонь. И опять командиры бронекатеров не пожелали вступить в бой. Поставив дымовую завесу, они повернули назад.
В 7 часов утра 14 сентября отряд в составе бронекатера № 12, торпедных катеров № 83 и № 93 у острова Лесной обнаружили стоявший у берега финский буксирный пароход. В 7.26 с расстояния 4,4 км катера обстреляли буксир из реактивных установок. Снаряды легли в расположении цели. В то же время финская береговая батарея открыла огонь по катерам с мыса Рид-Наволок. За ней открыла огонь вторая батарея противника. Перезарядив установки, катера в 8.08 дали второй залп – по батареям противника. Согласно донесению командира отряда, из шести стрелявших орудий пять были выведены из строя, а на пароходе возник пожар. Однако попадание реактивными снарядами в пароход на такой дистанции маловероятно, а о том, как командир мог узнать, что именно пять орудий выведены из строя, остается только гадать. А вот почему бронекатер № 12 не стрелял из своих двух 76-мм пушек – не ясно. Он в самом деле мог потопить пароход.