В ночь на 24 сентября бронекатера №№ 21, 22 и 41, а также катер-тральщик РТЩ-31 высадили десант разведчиков в составе 50 человек на остров Иванцов. При высадке на остров, из-за неумелого обращения с фугасами на одной из шлюпок произошел взрыв. При этом погибли 7 человек. Разведчики были обнаружены противником, который открыл огонь. Десант пришлось снова брать на борт. Бронекатера выпустили по финнам 26 снарядов и пошли обратно.
В ночь на 27 сентября сторожевые катера №№ 41, 42, 43 и 44 выпустили (в два залпа) 128 реактивных 132-мм снарядов М-13 по четырехорудийной 122-мм батарее у поселка Жабинец. В ночь на 5 октября те же катера по той же батарее выпустили 176 снарядов, но в батарею так и не попали.
10 октября торпедные катера №№ 81, 83 и 93 дали два залпа 82-мм снарядами М-8 по пристани у села Щелейки, а большой охотник «Марсовой» вел огонь из 76-мм орудия с предельной дистанции. Батареи финнов с мысов Самбо, Часовня и из селений Подщелье и Щелейки открыли ответный огонь. Снаряды ложились вблизи катеров. Катер № 83 получил повреждения, но остался на плаву.
В ночь на 26 октября «Марсовой» и КЛ-41 высадили группу разведчиков на мыс Брусничный. На этом боевые операции Онежской военной флотилии в 1943 году закончились. Следует отметить, что, несмотря на большое превосходство в силах, командование Онежской флотилии держалось пассивно. За всю кампанию корабли флотилии не потопили ни одного финского судна. Непонятно, почему флотилия не ставили мины на коммуникациях противника, в частности, в районе Петрозаводска? В последних числах октября 1943 года корабли флотилии ушли на зимовку в Череповец и Рыбинск.
Первый эшелон флотилии вернулся в Вытегру 8 мая 1944 года. С 23 июня 1944 года корабли флотилии поддерживали артиллерийским огнем наступление 368-й стрелковой дивизии в районе поселка Вознесенье. В ходе наступления войск 7-й армии корабли Онежской флотилии осуществили успешную высадку тактических десантов: 23 июня – на остров Большой Климецкий, 26 июня – у Шелтозера.
Утром 28 июня корабли флотилии вошли в Уйскую губу в 20 км юго-восточнее Петрозаводска. "Около 7 часов утра наша авиация отбомбила и обстреляла прибрежную полосу губы Уйской, а канонерские лодки, минные катера и бронекатера открыли по берегу шквальный огонь, подавляя противодесантную оборону врага. Вслед за этим началась высадка десанта морской пехоты, сначала со .... сторожевых и бронекатеров, а затем с остальных кораблей. Канонерская лодка «Московский комсомолец», которой осадка не позволяла подойти вплотную к берегу, перегружала десант на катера. К 8 часам 40 минутам высадка десанта была в основном закончена.
Преодолевая сопротивление противника, советские десантники освободили село Деревянное и железнодорожную станцию; затем часть их направилась по дороге к Петрозаводску" [174] .
Все бы хорошо, вот только ни на побережье Уйской губы, ни в селе Деревянном, ни в самом Петрозаводске противника уже не было [175] . Во избежание ненужных потерь финское командование заблаговременно отвело свои войска. Узнав об этом, командующей Онежской флотилией капитан 1 ранга Антонов приказал высадить десант в петрозаводском порту. 28 июня во второй половине дня корабли флотилии вошли в Петрозаводск и высадили там подразделения 368-й стрелковой дивизии. На этом боевые действия на Онежском озере окончательно завершились.
Для проведения Выборгской операции Военный совет Ленинградского фронта выделил две армии: 21-ю (командующий – генерал-лейтенанта Д.Н. Гусев) и 23-ю (командующий – генерал-лейтенант А.И. Черепанов).
В состав 21-й армии входили 30-й гвардейский, 97-й и 109-й стрелковые корпуса, а также 22-й укрепрайон. В составе 23-й армии были 98-й и 115-й стрелковые корпуса и 17-й укрепрайон. С воздуха наступление войск должна была прикрывать 13-я воздушная армия. Всего в этих трех армиях насчитывалось около 260 тысяч человек, 5,5 тысяч орудий и минометов, 881 пусковая реактивная установки, 628 танков и САУ, свыше 700 самолетов. Приморские фланги обеспечивали: со стороны Финского залива – Балтийский флот, со стороны Ладожского озера – Ладожская военная флотилия.
Советским войскам на Карельском перешейке противостояли 3-й и 4-й финские армейские корпуса, объединенные 15 июня 1944 года в оперативную группу «Карельский перешеек». В группу входили 2-я, 3-я, 10-я, 15-я и 18-я пехотные дивизии, единственная финская бронетанковая дивизия, одна пехотная и одна кавалерийская бригады, а также много отдельных частей. Всего у финнов было 100 тысяч человек, 960 орудий и минометов, 110 танков и свыше 200 самолетов.
Так как труднопроходимая лесисто-болотистая местность на Карельском перешейке затрудняла широкое применение тяжелой боевой техники, командующий фронтом генерал армии Л.А. Говоров решил нанести главный удар силами 21-й армии на приморском направлении – вдоль северо-восточного побережья Финского залива. Это позволяло широко использовать морскую артиллерию для прорыва обороны противника и высаживать десанты с моря в помощь войскам, наступавшим на Выборг. 23-я армия в первые дни наступления должна была оборонять занимаемый рубеж от Ладожского озера до Охты, а с выходом соединений 21-й армии к реке Сестре перейти в наступление.
Три армии Ленинградского фронта, сосредоточенные на Нарвском участке фронта, получили приказ активизировать свои действия и не допустить переброски немецко-фашистских войск из Прибалтики на Карельский перешеек. За несколько дней до наступления советское командование распространило дезинформацию о крупном наступлении в районе Нарвы. Были созданы ложные радиосети и проведен ряд иных мероприятий.
9 июня 1944 года в 8.30 утра артиллерия Ленинградского фронта совместно с береговой и корабельной артиллерией приступила к разрушению оборонительных сооружений противника на Карельском перешейке. На 20-километровом участке фронта перед позициями 21-й армии плотность огня сухопутной артиллерии достигала 200-220 орудий и минометов (в среднем 120 орудий без противотанковых пушек). От артиллерии флота огонь вели шесть батарей Кронштадта, шесть батарей железнодорожной артиллерии, два орудия (406-мм и 356-мм) НИМАПа, орудия линейного корабля и двух крейсеров. Огонь на разрушение длился 12 часов 55 минут (до 21 часа). При этом артиллерия флота израсходовала 2176 снарядов.
В первый день операции разрушались долговременные оборонительные сооружения финнов на всю глубину их первой полосы обороны. Одновременно со стрельбой на разрушение береговая артиллерия (6 стационарных батарей Кронштадта и 13 батарей железнодорожной артиллерии) вела огонь на подавление активно действующих неприятельских батарей. Позже Маннергейм написал в своих мемуарах, что гром советских тяжелых орудий был слышен в Хельсинки на расстоянии 220-270 км.
С начала операции в ней участвовали 158 истребителей, 298 штурмовиков, 265 бомбардировщиков и 20 разведчиков 13-й воздушной армии и авиации Балтийского флота. 9 июня было произведено свыше 1100 самолетовылетов.