Русские же воеводы продолжали военные действия в Эстляндии. Они взяли Нейгоф и Каркус. Но в чистом поле русские войска не могли противостоять хорошо обученной и соблюдавшей «европейский» строй шведской пехоте. У местечка Лоде русские войска потерпели поражение от шведского генерала Клауса Акесона Тотта.
13 июля 1575 года на реке Сестре возле Систербека встретились русские и шведские послы и подписали странное перемирие. Оно касалось лишь русско-шведской границы на Карельском перешейке и в Карелии. Спор же об Эстляндии должен был решиться оружием.
В начале 1576 года шеститысячный русский отряд вновь вторгся в Эстляндию. Города Леаль, Лоде, Фикель, Габсаль сдались им без выстрела. Эзель был опустошен. Падис сдался после однодневной осады, и шведы тщетно пытались взять его снова.
В январе 1577 года 50-тысячное русское войско явилось под Ревель и расположилось здесь пятью лагерями. На этот раз русские располагали довольно приличной осадной артиллерией. Согласно летописи, у них было 28 пушек: четыре пушки, стрелявшие каменными ядрами по 225 фунтов, три пушки калибра 55-58 фунтов, шесть пушек от 20 до 30 фунтов и пятнадцать пушек от 12 до 6 фунтов.
Русские полтора месяца обстреливали Ревель. Чтобы поджечь город, они круглосуточно вели по нему огонь раскаленными ядрами. Однако горожане приняли все меры противопожарной защиты. Были удалены все легковоспламеняющиеся предметы, организовано дежурство жителей и т.д. Ревель был хорошо укреплен, а орудий на его стенах было в пять раз больше, чем в русской осадной артиллерии. В итоге русским пришлось снять осаду с города.
1 мая 1576 года на польский престол вступил (был избран) князь Трансильвании Стефан Баторий. Стефан был видным полководцем, имел неплохое наемное войско из венгров и немцев и пользовался популярностью среди воинственно настроенной польской шляхты.
Вскоре Стефан Баторий взял Полоцк, а затем Велиж и Усвят, осадил Великие Луки и в 1581 году подошел к Пскову. Битва за Псков стала самой яркой страницей Ливонской войны. Баторий привел под Псков 100-тысячное польско-литовское войско. Русские; под командованием князя Ивана Петровича Шуйского отбили 31 штурм неприятеля и сами 46 раз совершали смелые вылазки в стан осаждавших. Героическая оборона псковичей спасла Ивана IV от полного поражения. Неудача под Псковом вынудила Стефана Батория пойти на мирные переговоры с царем. Перемирие сроком на 10 лет с Польшей и Литвой было подписано 5 января 1582 года в Яме-Запольском при участии посредника от папы римского Антония Поссевино. По этому соглашению Россия уступила Польше всю Ливонию, Полоцк и Велиж на границе Смоленской земли, но сохранила за собой устье Невы.
В августе 1583 года на мызе в устье реки Плюссы при впадении ее в Нарову был заключен так называемый «Первый Плюсский русско-шведский перемирный договор». Это был скорее не договор, а перемирие.
В 1584 году царь Иван Грозный умер, точнее, был отравлен своими придворными с помощью мышьяка, как это неопровержимо доказано в наши дни судебно-медицинской экспертизой его останков. На престол вступил Федор Иоаннович (1557-1598), последний русский царь из династии Рюриковичей.
Второй Плюсский договор был заключен на том же месте 28 декабря 1585 года. Окончательно вопрос о границах решен не был. Договорились лишь о временной границе. Русское государство лишилось всех своих приобретений в Ливонии. За ним остался лишь узкий участок выхода к Балтийскому морю в Финском заливе от реки Стрелки до реки Сестры (31,5 км). Города Иван-город, Ям и Копорье переходили к шведам вместе с Нарвой (Ругодивом). В Карелии шведам отходила крепость Кексгольм (Корела) вместе с обширным уездом и побережьем Ладожского озера.
В январе 1590 года многочисленное русское войско двинулось к шведской границе. При войске находился сам царь Федор Иоаннович. Воеводами были: в большом полку – князь Федор Мстиславский, занимавший после ссылки отца первое место между боярами; в передовом полку – князь Дмитрий Хворостинин. При царе, в звании дворовых или ближних воевод, находились Борис Годунов и Федор Никитич Романов.
Русские войска взяли крепость Ям. Князь Хворостин разгромил у Нарвы двадцатитысячное шведское войско под командованием Густава Банера. Остатки войска были осаждены в Нарве. Хотя противнику и удалось отбить приступ русских к крепости, шведское командование сочло нецелесообразным продолжение войны.
25 февраля 1590 года в лагере русских под Нарвой шведский фельдмаршал Карл Хенрикссон Хорн подписал перемирие сроком на один год. По условиям перемирия шведы возвращали русским крепости Ям, Иван-город и Копорье. Шведы предлагали окончательный мир, но русские основательно мириться без Нарвы не хотели.
Перемирие со шведами не продержалось и девяти месяцев. В ноябре 1590 года шведы внезапно напали на крепость Иван-город, однако были отбиты. В декабре шведские отряды «пожгли села близ Яма и Копорья».
Летом 1591 года против шведов в Эстляндию была послана сильная рать. В ней большим полком командовал воевода Петр Никитич Шереметев, а передовым полком князь Владимир Тимофеевич Долгоруков. Шведам удалось разбить передовой полк, сам Долгоруков попал в плен. Тем же летом несколько шведских судов стали грабить берега Белого моря, но получили отпор и ретировались.
В октябре-ноябре 1592 года русские войска впервые за много лет начали наступление в Финляндии. Они подвергли огню и мечу территорию от Выборга до Або. А в ноябре 1592 года умер шведский король Юхан III. На престол взошел Сигизмунд III Ваза, который уже был королем Польши с 1587 года.
Русское правительство во избежание одновременной войны со Швецией и Польшей вынуждено было пойти на уступки новому королю. Говоря правительство, мы подразумеваем Бориса Федоровича Годунова, которые постепенно становился фактическим правителем государства. Слабоумный царь Федор Иоаннович практически не вмешивался в вопросы внешней политики.
18 (27) мая 1595 года у мызы Тявзин на реке Нарове, к северу от крепости Нарва, был подписан Тявзинксий мирный договор. Согласно условиям договора, Россия уступила Швеции княжество Эстляндское со всеми замками: Нарва, Ревель, Вейсенштейн, Везенберг, Падис, Тольсборг, Нейшлот, Боркгольм, Гапсаль, Лоде, Леаль, Фикал.
Швеция вернула России замок Кекскольм (Корелу) с уездом и признала принадлежность Русскому государству Иван-города, Яма, Копорья, Нотебурга, Ладоги. Она обязалась не нападать на Псков, Холмогоры, Кольский острог, Сумек (Сум-посад), Каргополь и Соловецкий монастырь.
Тявзинский договор давал определенные гарантии для транзита товаров в Россию и из нее, но лишал Россию возможности строить флот и порты на Балтике. Так, Выборг и Ревель открывались свободно для русского купечества, а Нарва – для шведского купечества, но не для иностранцев. Торг мог вестись только на нарвской стороне, но не на Ивангородской. Для русских купцов взаимно открывались города Швеции, Финляндии и Эстляндии для торговли в соответствии с существующими пошлинами. Для всех иностранных купцов и судов Нарва была закрыта. Русские не имели права создавать порты в городах Ингерманландии, например, в Ниене и Луге.