К началу 1916 г. в «подводной бригаде» Черноморского флота состояли: 1-й дивизион подводных лодок — подводные лодки «Морж», «Нерпа», «Тюлень», «Краб»; 2-й дивизион подводныхлодок — подводные лодки «Нарвал», «Кит», «Кашалот»; 3-й дивизион подводных лодок — подводные лодки «Карп», «Карась», «Налим», «Скат»; 4-й дивизион подводных лодок — подводные лодки «Лосось», «Судак».
Предвосхищая вступление Румынии в войну, командование Черноморского флота решило выяснить возможность использования старых подводных лодок на Дунае. Для этого подводная лодка «Скат» с 15 по 27 января 1916 г. прошла из Одессы до Очаковского гирла Дуная, по Дунаю со стоянками в Вилково, Килии, Измаиле до Рении и обратно. Лодка шла на буксире разных судов — от канонерской лодки до речного катера. иногда помогая им своей машиной.
Командир лодки А.Б. Маслов определил возможности подводной лодки при плавании в реке как неудовлетворительные: лодка с трудом маневрировала на течении (иногда доходившем до 4 узлов), ширина реки не всегда позволяла выполнить поворот на циркуляции без перехода с переднего на задний ход, из-за малых глубин и их постоянного изменения сомнительными становились плавание под водой и стрельба торпедами.
11—12 февраля 1916г. подводная лодка «Морж» совершила поход в район Зунгулдака. Вечером 19 февраля (в 18 часов, уже после захода солнца) был замечен выходивший из-за мола Зунгулдака пароход. В 18 ч 22 мин лодка с дистанции 8 кабельтовых выпустила две английские торпеды, одна из которых попала в пароход. Им оказался германский пароход «Керкира» водоизмещением 2564 т. Пароход своим ходом дошел до берега. 20—21 февраля подлодка «Морж» крейсировала в этом районе. но обнаружить поврежденное судно не смогла. Судя по всему. «Керкира» укрылся в одной из бухт. В 19 часов 21 февраля лодка взяла курс на Севастополь, а «Керкира» через несколько дней отвели на буксире в Босфор. В этом походе «Морж» прошла 38 миль в надводном положении и 125,5 мили — в подводном.
Поход подводной лодки «Нерпа» 23 февраля — 4 марта 1916 г. к Зунгулдаку оказался безуспешным. Ее командир М.В. Марков, как и большинство других командиров лодок, придерживался порочной практики: каждое утро лодка, окончив зарядку, подходила к порту и погружалась, после чего курсировала вдоль берега и вела наблюдение. С наступлением сумерек лодка всплывала и на отдыхе в море заряжала до утра следующего дня аккумуляторные батареи. Турки давно раскусили эту тактику и отправляли пароходы из Зунгулдака только с наступлением темноты, а маршруты их прокладывали вдоль самого берега. До Марковых же никак не доходило, что ночь — лучшее время для охоты. Ведь до изобретения радиолокатора подводная лодка ночью могла ходить и атаковать в надводном положении.
Сравнительно успешным оказался поход подводной лодки «Тюлень» 14—23 марта 1916 г. 19 марта к востоку от входа в Босфор лодка выпустила две торпеды по турецкому пароходу «Дутор» водоизмещением 4232 т, шедшему в охранении эсминца «Гайрет». Одна торпеда попала в цель, и пароход выбросился на берег у Галата-Бурну.
Через два дня подлока «Тюлень» в 3 милях к востоку от острова Кефкен обнаружила одиннадцать парусных шхун. С дистанции 15 кабельтовых лодка открыла огонь. Турки немедленно бросили суда и начали на шлюпках уходить к берегу. Используя артогонь, подрывные патроны и таран, «Тюлень» уничтожила все шхуны. Оказалось, что они шли из Зунгулдака и везли по 50—60 т угля каждая. 23 марта «Тюлень» прибыла в Севастополь, пройдя 1095 миль в надводном положении и 46 миль — в подводном.
Забавный случай произошел 3 апреля 1916 г. Подводная лодка «Морж» обнаружила пароход без хода у мыса Галата-Бурну. Тут из Босфора вышел большой бриг и стал у борта парохода. С дистанции 7—8 кабельтовых «Морж» выпустила торпеду, которая поразила одновременно и бриг, и пароход. Средняя часть парохода была разрушена, а деревянный бриг разметало на куски, причем его такелаж покрыл палубу и мостик парохода. Увы, пароход оказался уже поврежденным ранее «Тюленем» «Дутором».
25 мая подводная лодка «Морж» захватила у мыса Эмине барк «Бульгуазар» (водоизмещением 860 т) с грузом керосина (352 т), шедший из Констанцы в Константинополь, и 27 мая привела его в Севастополь в качестве приза. Керосин очень пригодился для двигателей «Нью-Лондон» подводных лодок типа «Нарвал».
Весной — летом 1916 г. германские лодки активно действовали на всей акватории Черного моря. В феврале 1916 г. было получено первое минное заграждение для германских подводных минных заградителей «UC-15». 6 марта «UC-15» покинула Стамбул и направилась в Варну. Используя Варну как операционную базу, «UC-15» 24 и 31 марта 1916 г. поставила два минных заграждения по 11 мин у входа в Севастопольскую бухту.
30 марта 1916 г. большая германская подводная лодка «U-33» потопила торпедой русское госпитальное судно «Португаль» водоизмещением 5358 т. «Португаль» (транспорт № 51) был переоборудован в госпитальное судно и нес на себе все положенные знаки госпитального судна. Он шел из Батума в район Офа (западнее Ризе), чтобы забрать раненых с сухопутного фронта. В этом районе не было причалов, поэтому «Португаль» вел на буксире три десантных бота и один паровой катер, с помощью которых предполагалось производить эвакуацию раненых.
30 марта в 8 часов утра «Португаль», находясь в районе мыса Фиджи у Сюрмене в 5—7 милях от берега, вынужден был застопорить машину, чтобы отлить набравшуюся в один из ботов воду. В это время была замечена германская подводная лодка «U-33», которая двигалась от носа судна к правому траверзу. Периодически показывая свой перископ, она подошла к «Португалю» и с дистанции 6 кабельтовых (1111 м) выпустила торпеду из носового торпедного аппарата, но промазала. Вторая торпеда, выпущенная на дистанции 3 кабельтовых (556 м) из кормового аппарата, попала прямо в середину судна. Торпеда попала между машинным и кочегарным отделением.
После взрыва торпеды внутри судна произошел взрыв котлов, и «Португаль», переломившись посередине, быстро пошел ко дну с высоко поднятыми носом и кормой.
От момента взрыва до полного погружения судна прошло не более одной минуты, спустить шлюпки не успели, и спасение экипажа происходило в индивидуальном порядке.
Оказавшиеся поблизости эсминцы «Стремительный» и «Строгий» приступили к спасению людей. Всего было спасено 6 человек командного состава, 18 человек команды и 72 человека персонала Красного Креста, то есть 96 человек. Погибло 96 человек, в основном из медицинского персонала.
В ответ на это грубое нарушение всех международных конвенций русское правительство сделало заявление. Турки дали опровержение, заявляя, что «Португаль» якобы перевозил войска.
Рано утром 4 апреля подводная лодка «U-33» вошла в бухту Сюрмене. В 7 ч 30 мин она увидела два транспорта, шедшие с востока под охраной нескольких эсминцев.
Командир лодки приготовился к торпедной стрельбе. Однако эсминец «Строгий», конвоировавший транспорты, попытался протаранить лодку. У лодки был погнут перископ, повреждена рубка и нарушена водонепроницаемость. Командир «U-33» приказал срочно уходить. 7 апреля лодка прибыла в Босфор. «U-33» была буквально на волосок от гибели. На «Строгий» только что погрузили глубинные бомбы, но минный состав еще не был натренирован по их сбросу. Поэтому в момент прохода над лодкой матросы не успели сбросить бомбы.