Подводная лодка «U-33» после тарана находилась в длительном ремонте, а посланная на ее замену вторая большая подводная лодка «U-38» прибыла из Средиземного моря только 23 мая.
25 мая из Константинополя была выслана к берегам Лазистана малая подводная лодка «UB-14». Но из-за свежей погоды в район Трапезунда она смогла прибыть только 4 июня. Согласно докладу ее командира, 4 июня в 8 ч 15 мин она с дистанции 16 кабельтовых (около 3 км) выпустила две торпеды по русским транспортам, но ни одна из них не попала в цель. Русские дозорные корабли даже ее не заметили. 7 июня у входа в Босфор «UB-14» была атакована русской подводной лодкой. «UB-14» спасло лишь быстрое погружение.
31 мая к берегам Кавказа вышла большая подводная лодка «U-38». На ее борту находились три диверсанта-горца (черкеса). 3 июня их высадили в 45 милях к северу от Батума. 7 июня на рассвете «U-38» заметила три танкера, шедшие без огней в кильватерной колонне. Подводная лодка заняла позицию для атаки. Но танкеры на дистанции 11—16 кабельтовых (2—3 км) открыли меткий огонь из орудий калибра 75 мм. Германская подводная лодка была вынуждена погрузиться. Она выпустила одну торпеду, от которой танкеры уклонились маневрированием.
8 июня «U-38» в 3—4 милях от берега попала торпедой в транспорт №21, шедший порожняком. Второй транспорт (№ 77) уклонился от торпеды и выбросился на берег. Третий транспорт (№ 39) также выбросился на берег. «U-38» вплотную подошла к берегу и расстреляла оба транспорта из 88-мм пушки. Все три транспорта обеспечивали снабжение Кавказской армии. Затем подводная лодка «U-38» артиллерийским огнем потопила 700-тонную трехмачтовую шхуну. Попытка «U-38» произвести атаку в гавани Туапсе не удалась. 10 июня германская подводная лодка артиллерийским огнем потопила груженый пароход водоизмещением 400 т. Во время атаки на пароход с берега по подводной лодки открыли энергичный огонь из орудий малого калибра, но снаряды ложились недолетами. Во время крейсерства в южной части Черного моря подводная лодка «U-38» заметила дредноут «Императрица Мария», шедший зигзагообразным курсом. Командир германской лодки выпустил с дистанции 8—10 кабельтовых (1,5—1,9 км) две торпеды, но торпеды прошли мимо. 14 июня «U-38» вернулась в Босфор.
С 26 июня по 9 июля у берегов Крыма безрезультатно крейсировала малая подводная лодка «UB-14».
После 8-дневного ремонта «U-38» 26 июня снова вышла в Черное море. Вновь у Анакрии 29 июня было высажено пять диверсантов-горцев.
2 июля «U-38» у берегов Кавказа обнаружила три парохода водоизмещением около 4000 т под конвоем вооруженной паровой яхты. Лодка выпустила торпеду в головной пароход, но результата действия ее увидеть не удалось, так как лодка была атакована яхтой и незамеченным ранее эскадренным миноносцем. На лодку было сброшено несколько бомб. Поврежденной «U-38» с трудом удалось уйти. Позже лодка потопила еще два парохода водоизмещением по 3000 т и 13 июля вернулась в Босфор. 12 августа «U-38» ушла в Эгейское море.
Летом 1916 г. немцы решили помимо подводных лодок применить на Черном море и дирижабли. В болгарском городе Ямболи базировался германский армейский дирижабль SL-10. 15 июля он летал над Стамбулом, вызывая удивление правоверных. 28 июля дирижабль вылетел на бомбардировку Севастополя и не вернулся. Немцам так и не удалось установить причину его гибели.
Столь же неудачно использовались дирижабли и русскими. В 1915 г. в Англии были приобретены четыре дирижабля типа «Скаут» объемом до 4500 кубометров и со скоростью до 80 км/ч. Первый, названный «Черномор-1», был собран в ноябре 1916 г. В одном из пробных полетов 3 декабря 1916 г. он упал в Казачьей бухте Севастополя. «Черномор-2» из-за отказа обоих двигателей совершил вынужденную посадку на Качинском аэродроме и был разобран. «Черномор-3» 24 марта 1917 г. внезапным порывом ветра сорвало с крепления прямо на эллинге, и он получил тяжелые повреждения. По сему поводу адмирал Колчак приказал четвертый дирижабль не собирать, а сдать в порт.
Летом 1916 г. из Германии в Турцию было направлено три подводные лодки: «UB-42», «UB-44» и «UB-45». Их традиционно доставили по железной дороге в Полу, откуда они 3 августа вышли в Дарданеллы. 12 августа «UB-45» прибыла в Стамбул, через три дня туда прибыла «UB-42». A «UB-44» была потоплена 8 августа в Эгейском море английским миноносцем.
Несмотря на неудачное плавание по Дунаю подводной лодки «Скат», 30 июля 1916 г. подлодки «Карп» и «Карась» были отправлены в состав «Отряда Особого назначения» в дельте Дуная.
11 октября подводная лодка «Тюлень» находилась в дозоре у Босфора. В 23 часа к востоку от мыса Кефкен был замечен транспорт «Родосто» водоизмещением 6400 т, шедший в Зунгулдак. Подводная лодка в надводном положении атаковала транспорт и с дистанции 8 кабельтовых открыла огонь. На «Тюлене» было одно 75-мм и одно 57-мм орудие, на «Родосто» — одно 88-мм германское орудие с прислугой с крейсера «Бреслау» и одно турецкое орудие малого калибра. В ходе боя расстояние между противниками уменьшилось до 3 кабельтовых (556 м). На «Родосто» начался пожар, а команда вместо того, чтобы тушить его, стала кидаться за борт, благо берег был совсем рядом. Одним из первых в воду кинулся немец — капитан «Родосто». С «Тюленя» на транспорт высадилась призовая партия. Двое турок и шесть немцев, включая капитана, были выловлены из воды. Призовая партия потушила пожар, исправила повреждения, подняла пары в котлах и пустила в действие механизмы.
13 октября после 40-часового плавания «Тюлень» и «Родосто» пришли в Севастополь. Захваченный транспорт 18 октября 1916г. был включен в состав Черноморского флота под прежним названием.
С 30 августа по 6 сентября удачный боевой поход совершила германская подводная лодка «UB-45». 31 августа в районе Поти лодка обнаружила два парохода, шедших в Батум. Головной пароход был обстрелян артиллерийским огнем с дистанции от 4 до 1,2 км. После неудачной попытки скрыться ему пришлось застопорить машины. После спуска шлюпок пароход был потоплен торпедой. Им оказался итальянский пароход «Тевере» («Tevere») водоизмещением 2660 т, использовавшийся русскими как военный транспорт. Второй пароход ушел в гавань Поти.
Далее «UB-45» направилась к Трапезунду. 2 сентября на рейде она обнаружила несколько русских транспортов. С большой дистанции (свыше 4 км) «UB-45» выпустила торпеду — авось в кого-нибудь попадет. Через 4 мин 50 сек торпеда попала в среднюю часть борта транспорта «Джиоконда». В результате этого на транспорте были залиты водой котельное и машинное отделения, а также два отсека. Тем не менее судно осталось на плаву, потерь в команде не было.
Через 50 минут «UB-45» выпустила еще одну торпеду по русскому транспорту, но она через 5 минут взорвалась на берегу.
Конец 1916г. ознаменовался гибелью трех германских подводных лодок. 6 ноября при выходе из Варны «UB-45» подорвалась на мине и затонула. Любопытно, что перед лодкой шли два тральщика, но их тралы были рассчитаны на мины с обычным заглублением для надводных кораблей. А в ночь на 6 ноября русский тральщик № 234 поставил заглубленную на большую глубину специальную мину для подводных лодок. В январе 1936 г. кормовая часть лодки вместе с рубкой была поднята болгарскими ВМС, а носовая часть до сих пор лежит на дне на глубине 20 м.