Чемезов, работая в ПГУ КГБ с 1983 по 1988 год, возглавлял представительство экспериментально-промышленного объединения «Луч» в ГДР, где познакомился с Владимиром Путиным и Андреем Бельяниновым. В конце 1996 года после назначения Путина заместителем управляющего делами президента Чемезов возглавил отдел внешнеэкономических связей управделами. Спустя три года Путин назначил его генеральным директором «Промэкспорта». В ноябре 2000 года при образовании «Рособоронэкспорта», руководителем которого стал Андрей Бельянинов, Сергей Чемезов стал его первым заместителем, хотя по сути был негласным главой «Рособоронэкспорта». В апреле 2004 года после перевода Андрея Бельянинова в ФСОЗ Сергей Чемезов официально занял пост генерального директора «Рособоронэкспорта». 1 декабря 2000 г. Владимир Путин подписал указ о создании Комитета РФ по военно-техническому сотрудничеству с иностранными государствами (КВТС), подотчетного Минобороны РФ. КВТС стал федеральным органом исполнительной власти по вопросам регулирования и контроля военного экспорта. Во главе КВТС был поставлен бывший чекист Михаил Дмитриев. Окончив МГИМО, он стал сотрудником ПГУ КГБ. Работал за рубежом — в частности, советником посла в ЮАР. Занимал посты в СВР, закончил службу в звании генерал-лейтенанта и должности начальника информационно-аналитического управления СВР. В августе 2000 года назначен заместителем министра промышленности, науки и технологий, но уже в ноябре того же года возглавил КВТС в должности замминистра обороны. В апреле 2004 года при реорганизации структуры правительства сохранил свои функции, получив пост главы ФСВТС. Кураторство ВТС было передано от подчиненного Михаилу Касьянову Министерства промышленности и науки Министерству обороны, напрямую подчиняющемуся президенту.
За время первого президентского срока Владимира Путина государственный оборонный заказ России вырос в абсолютном исчислении в два с половиной раза, достигнув в бюджете 2004 года около 136 млрд. руб. ($4,7 млрд). К началу второго президентского срока Путина в 2005 году гособоронзаказ превысил поступления от военного экспорта. Государство контролирует теперь как военный экспорт (94 % поставок оружия за рубеж в 2008 году прошло через госпосредника «Рособоронэкспорт»), так и распределение гособоронзаказа, по-прежнему будет играть ключевую роль в развитии отрасли.
В середине февраля 2001 г. «Рособоронэкспорт» и предприятия, обладающие правом экспорта готовой военной продукции, получили указание от правительства, согласно которому экспортные контракты по линии военно-технического сотрудничества впредь должны обслуживать специально уполномоченные правительством банки. К этому моменту все счета «Рособоронэкспорта» решено было перевести в государственные банки. До этого счета единого госпосредника обслуживали свыше десяти коммерческих банков, в частности, Альфа-банк, Банк Москвы, Номос-банк, МДМ-банк, Моснарбанк, Росбанк, СВА-банк и др. Неразбериха царила полная. Воровство и коррупция соответственно процветали. «Оборотни в погонах» из Министерства обороны разлагались на корню. 28 марта секретарь Совета безопасности РФ Сергей Иванов, работавший до 1998 года в Службе внешней разведки РФ, был назначен министром обороны. 27 июля на заседании правительства одобрена федеральная целевая программа развития ВПК на 2001–2006 годы. К 2006 году в ВПК планировалось создать 74 концерна и холдинга, контролируемых государством. В 2002 году количество планируемых холдингов было сокращено до 42. 17 октября Владимир Путин освободил от должности министра промышленности, науки и технологий Александра Дондукова. На этот пост назначен Илья Клебанов, сохранивший должность вице-премьера. Получив пост министра, он замкнул на себя не только вопросы ВПК, но и ВТС.
Клебанова никак нельзя считать украшением путинской команды, хотя он и пользовался не раз покровительством Путина. «Чиновник, лоббирующий интересы бизнеса, не справившийся ни с одной поставленной перед ним задачей, опозорившийся на весь мир из-за трагедии, унесшей более ста человеческих жизней (имеется ввиду публичное вранье нашего героя по поводу причин гибели подводной лодки «Курск». — Авт .), и при этом до сих пор занимающий один из важных государственных постов, — явление уникальное», — писала газета «Вокруг новостей» об одном из, скажем мягко, абсолютно нехаризматичных госчиновников России Илье Клебанове. Этот «чиновник с темным прошлым» (термин «Вокруг новостей», 06. 04.2007) к несчастью для нашей «оборонки» довольно долгое время ей командовал. За крутой взлет своей карьеры госчиновника Клебанов должен благодарить Анатолия Чубайса, в то время первого вице-премьера, с которым он познакомился при приватизации засекреченного оптико-механического объединения (ЛОМО), которое выпускало военную оптику и зенитно-ракетные комплексы (ПЗРК) под названием «Игла». В период клебановского руководства, а Илья Клебанов с 1992 года возглавлял ЛОМО и, соответственно, подписывал все документы и контракты, в оборонной промышленности начали происходить чудеса. Один из ведущих инженеров ЛОМО тех лет Виктор Павлов рассказал в ходе следствия, что в 92 — 93-м годах совершенно секретное ноу-хау по «Игле» ушло на Запад через польскую фирму «Неска», причем под видом гражданского изделия ИК-1. А документы по комплексу были вынесены с ЛОМО на обычных дискетах. Совершенно неожиданно налаживать производство этого самого комплекса «Игла» стали не только в Польше, но и в Израиле. И, что самое странное, никаких контрактов на право производства «Иглы» в третьих странах не существовало. То есть зарубежные оружейники осваивали наши ПЗРК без лицензии! Клебанову за все это даже выговор не объявили. Покинув ЛОМО, он стал первым вице-губернатором города на Неве, а в 1999 году вместе с другими выдвиженцами-питерцами перебрался в Москву, в кресло вице-премьера, курирующего ВПК. «Об успехах Ильи Клебанова на ниве отечественного ВПК написаны уже целые тома. СМИ неоднократно рассказывали о многочисленных преобразованиях оборонных предприятий, в ходе которых ликвидировались уникальные производства. Еще чаще описывалась история с развалом военного экспорта», — отмечает «Вокруг новостей». С 1999 года Клебанов, став вице-премьером, начинает работать «по-крупному». Так, он придумал совершенно оригинальный способ списания государственных долгов России другим странам. В еще доперестроечное время ОКБ имени Яковлева создало для российских ВВС уникальный учебно-тренировочный самолет Як-130, вызывавший зависть у самолетостроителей всех европейских стран. Но после развала СССР финансирование разработок Як-130 прекратилось, и ОКБ договорилось с крупной итальянской авиастроительной компанией Aermacchi о небольших совместных работах по доведению этого самолета до ума. Предполагалось, что итальянцы сделают некоторое бортовое оборудование и выступят агентами по продаже этой супермодели на Западе. Самолет даже переименовали в Як-АМ-130. «Вот тут-то, — сообщает «Вокруг новостей», — и вступил в дело вице-премьер Илья Клебанов. Он заявил, что проект совместного создания самолета будет завершен в рамках схемы «долги за инвестиции», то есть Россия профинансирует работы, необходимые для окончательной доводки самолета, а итальянцы в обмен на это погасят часть еще советских долгов. Вроде бы идея неплохая. Но красиво все выглядело лишь в выступлениях Клебанова. На самом же деле за всей этой историей скрывается банальная афера по передаче уникальной технологии российского самолета Як-130 в собственность итальянской компании Aermacchi. Права собственности на Як-130 до вмешательства в дело Ильи Клебанова принадлежали ОКБ им. Яковлева и Aermacchi в пропорции 50 на 50. Но итальянская компания использовала эту модель как базовую для создания собственного самолета М-346, который к россиянам уже не имеет никакого отношения. Чтобы развернуть его выпуск, Aermacchi не хватало только российской документации. Вот именно ее и передал итальянцам Клебанов в счет долга. Теперь «итальянский» М-346 демонстрируют покупателям салона в Ле-Бурже, а российское ОКБ им. Яковлева, практически создавшее этот суперсамолет, даже не упоминается в рекламных проспектах. Aermacchi активно продает М-346 (тот же Як-130) в Грецию, Индию и другие страны, которые ранее планировали закупать «яки» у России. Вот таким способом вице-премьер Илья Клебанов «списал» России 77 миллионов долларов долга Италии, но при этом потерял сотни миллионов, которые мы могли бы получить от продажи Як-130, который сейчас успешно продает итальянская компания Aermacchi. Разумеется, для Клебанова все закончилось хорошо. Никто и не подумал поинтересоваться, почему российская «оборонка» распродается за границу? И куда деваются вырученные за нее «копейки»?» Воодушевленный очередным успехом, Клебанов пошел еще дальше. Именно по инициативе Ильи Иосифовича возникло загадочное «Российское агентство по системам управления» (РАСУ), чья лицензия позволила еще более загадочной фирме «Оборонительные системы» продать в неизвестном направлении новейшую модификацию зенитно-ракетного комплекса «ЗРК С-300». Этот комплекс предназначался для Вооруженных сил Казахстана, но потом исчез с территории России, и найти его не могут до сих пор. Известно только, что в Казахстан «С-300» не попал, а также примечателен и тот факт, что за обладание этим комплексом арабские страны готовы были платить десятки миллионов долларов. Странно и то, что, как только «С-300» исчез с российского горизонта, интерес к нему у арабов полностью пропал».