11 марта 2003 г. был создан Государственный комитет по оборонному заказу при Министерстве обороны РФ (Госкомоборонзаказ). Комитету поручено отвечать за проведение единой государственной политики в области разработки, производства, унификации и стандартизации вооружения и военной техники общего назначения. Председателем комитета в ранге первого замминистра обороны назначен еще один чекист и коллега Путина — бывший директор ФАПСИ Владимир Матюхин. В марте руководство «Рособоронэкспорта» направило в администрацию президента и правительство предложение об акционировании своего предприятия, передаче 100 % его акций государству и создании на базе ОАО «Рособоронэкспорт» системообразующего холдинга в области ВТС. Было предложено передать в ОАО «Рособоронэкспорт» блокирующие пакеты акций (25 % плюс одна) основных предприятий ВПК. 19 апреля Владимир Путин подписал указ о назначении генерал-майора Александра Бурутина, служившего до этого в Главном оперативном управлении Генштаба, своим советником по вопросам военно-технической политики. В его ведение попали проблемы реформирования ВПК, гособоронзаказ и ВТС. 24 апреля Владимир Путин назначил вице-премьером по промышленной политике Бориса Алешина. В его ведение попала часть функций, которые ранее выполнял Илья Клебанов.
17 июня вице-премьер Борис Алешин объявил о планах создания в течение двух лет объединенной самолетостроительной корпорации, в которую должны войти все разработчики и изготовители военных и гражданских самолетов. Сначала предполагалось создать частно-государственный консорциум с управляющей компанией, доля государства в которой составит от 25,5 % до 51 %. Затем должна быть образована корпоративная структура в виде холдинговой компании. В августе 2003 г. гендиректором концерна ПВО «Алмаз-Антей» был назначен еще один чекист — выходец из Санкт-Петербурга генерал-майор ФСБ Владислав Меньшиков. 29 сентября на заседании правительства Владимир Путин вновь раскритиковал послепродажное обслуживание военной техники, поставленной за рубеж. Вслед за этим глава КВТС Михаил Дмитриев объявил, что его комитет приостановит выдачу лицензий на самостоятельную поставку запчастей и проведение техобслуживания. В итоге такое право получили лишь 14 предприятий из 46 намеченных. 1 октября завершено юридическое оформление АХК «Сухой», 100 % акций которой принадлежат государству. Президентом компании назначен Михаил Погосян, занимавший до этого пост главного конструктора КБ Сухого. 4 ноября Михаил Касьянов освободил от должности гендиректора и генконструктора РСК МиГ Николая Никитина. Официально Никитину поставлены в вину серьезные финансовые проблемы корпорации и провал выполнения программы производства пассажирских самолетов Ту-334. 14 ноября на пост гендиректора-генконструктора РСК МиГ назначен заместитель гендиректора АХК «Сухой» Валерий Торянин. Смена руководства МиГа произошла накануне подписания компанией двух крупных контрактов на общую сумму более $1,5 млрд. 4 ноября 2003 г. В. Путин подписал указ о хозяйственном подчинении «Рособоронэкспорта» КВТС. Президент оставил за собой право назначать и снимать гендиректора предприятия. Этот указ похоронил планы руководства «Рособоронэкспорта» по акционированию предприятия.
24 февраля 2004 г. Владимир Путин отправил в отставку правительство Михаила Касьянова. Пал последний бастион ельцинской «семьи». В ходе реорганизации правительства были ликвидированы оборонные агентства по обычным вооружениям, по системам управления, по судостроению и по боеприпасам. Их функции переданы Федеральному агентству по промышленности (ФАП) при Министерстве промышленности и энергетики. Кроме того, в ведение ФАП из «Росавиакосмоса» передана авиастроительная отрасль. Сам «Росавиакосмос» преобразован в Федеральное космическое агентство. КВТС преобразован в Федеральную службу по военно-техническому сотрудничеству (ФСВТС) при Минобороны, а Госкомоборонзаказ — в Федеральную службу по оборонному заказу (ФСОЗ) при Минобороны РФ. 12 марта распоряжением нового премьер-министра Михаила Фрадкова бывший вице-премьер Борис Алешин назначен главой ФАП, а во главе Федерального космического агентства поставлен командующий космическими войсками РФ Анатолий Перминов. В тот же день РСК МиГ и нижегородский авиационный завод «Сокол» подписали меморандум о начале процедуры вхождения «Сокола» в состав МиГа. Для этого компания «Каскол» передала 38,38 % акций «Сокола» в управление менеджмента РСК МиГ. 25 марта корпорация «Иркут» первым из предприятий ВПК провела первичное размещение акций на российском фондовом рынке. Часть вырученных средств направлена на приобретение 75,46 % акций ОКБ имени Яковлева. 29 марта глава ФАП Борис Алешин внес в Минпромэнергетики проект создания холдинга «Вертолеты Миля», который должен объединить предприятия, разрабатывающие и изготавливающие вертолеты марки «Ми». Управляющей компанией холдинга должен стать «Оборонпром». 2 апреля Государственная дума РФ приняла в первом чтении поправки к закону «О государственном регулировании развития авиации». Поправки расширяют допустимую долю участия иностранного капитала в уставном капитале авиационных предприятий с 25 % до 49 %. 9 апреля Владимир Путин назначил Андрея Бельянинова директором ФСОЗ, освободив его от должности гендиректора «Рособоронэкспорта». Глава КВТС Михаил Дмитриев назначен главой ФСВТС. 28 апреля гендиректором «Рособоронэкспорта» назначен Сергей Чемезов.
Таким образом, придя к власти, В. Путин поменял всех ключевых госчиновников, контролирующих производство и экспорт военной продукции. Но главное в другом, как писал в газете «Коммерсант-Власть» ее корреспондент К. Лантратов: «Теперь государство хочет не только управлять, но и владеть предприятиями ВПК». С приходом Путина к власти государство практически полностью прекратило приватизацию оборонки. В августе 2001 года, например, в правительстве был утвержден список из почти 500 предприятий, подлежащих продаже в 2002 году. Такой распродажи госимущества в России после окончания ваучерной приватизации больше не было. Но среди этих предприятий было лишь 20 оборонных, да и те были подобраны весьма специфически. С молотка пошли второстепенные, малопривлекательные для инвесторов предприятия, в которых государству принадлежало менее 25 % акций, а также те, у которых доля госзаказа в общем объеме продукции составляла существенно меньше 30 %. Все это означало только одно: правительство больше не хочет видеть частный капитал в оборонной отрасли. Акционирование предприятий ВПК, конечно, отнюдь не прекратилось, просто государство почти всегда стало оставлять за собой 100 % акций. Во второе президентство Путина этот курс только укрепился: вместо приватизации фактически наступила национализация. Если у государства есть выбор, кому отдать экспортный заказ, оно всегда предпочитает предприятия, контролируемые государством. Частным предприятиям остается либо переквалифицироваться на гражданскую продукцию, либо погибнуть в неравной конкурентной борьбе. В таких условиях приватизированным оборонным предприятиям выгоднее вновь стать государственными. Так случилось, например, при формировании холдинга «Вертолеты Миля», в который включили всех разработчиков и производителей вертолетов марки «Ми». Управляющей компанией холдинга стало ЗАО «Объединенная промышленная корпорация «Оборонпром», которым в равных долях владеют две госкомпании — «Рособоронэкспорт» и Государственная инвестиционная корпорация. Владимир Путин окончательно сумел довершить отлучение «семьи» от денег «Росвооружения» и «Промэкспорта» только к концу своего второго президентского срока. Хотя даже после того, как он отправил в отставку Касьянова, позиции «семьи» и связанных с ней олигархов в «оборонке» были все еще сильными. Путину удалось добиться поставленной цели только после того, как контроль за системой военно-технического сотрудничества (ВТС) был выведен из сферы правительства и сосредоточен непосредственно в руках президента. Таким образом, поток ежегодных 5 млрд. долларов и выше, которые гарантированно давала торговля оружием и военной техникой на мировых рынках, был поставлен под контроль команды чекистов и «питерцев». Всю эту решительную реконструкцию ВТС провел тогдашний секретарь Совбеза Сергей Иванов, которому предстояло затем стать министром обороны.