На следующий день гетмана вместе с семьей выдали Москве. Их сослали в Сибирь, а старшему сыну Ивана Самойловича отрубили голову. Ученые до сих пор спорят о степени участия в этой интриге Ивана Мазепы. Историк Николай Костомаров справедливо замечает:
«Мы не знаем степени участия Мазепы в интриге (кроме его подписи под текстом доноса. — Прим. авт.), которая велась против гетмана Самойловича, должны довольствоваться только предположениями, и потому не вправе произносить приговора по этому вопросу».
Зато точно известно, что место Ивана Самойловича занял Иван Мазепа и во втором Крымском походе он уже участвовал в качестве гетмана. Так же он продемонстрировал свою лояльность Москве, когда подписал так называемые Коломакские статьи — договор 1687 года (Коломаки был расположен в Харьковской области), который, с одной стороны, был подписан гетманом Иваном Мазепой, казацкими старшинами и, с другой стороны, представителями российских царей Ивана и Петра, а также их регентши царевны Софьи. Договор состоял из 22 статей, отсюда и название.
Коломакские статьи декларативно подтверждали казаческие права и вольности, сохраняли 30-тысячное реестровое казачье войско и компанейские полки. В то же время московские представители внесли ряд статей, которые существенно ограничивали права гетмана и казаков. Так, гетману запрещалось без согласия российского царя освобождать казачьего старшину от занимаемой должности, а старшине и казакам запрещалось без согласия царя переизбирать гетмана.
Были внесены статьи, которыми обязали старшину следить за действиями гетмана и доносить об этом царю, ограничивали права гетмана по распоряжению землями Войска Запорожского, гетману запрещалось вести самостоятельную дипломатическую деятельность с другими государствами, обязывали всячески способствовать смешанным русско-украинским бракам, запрещалось всем говорить о том, что Гетманщина — это «Малороссийский край гетманского регимента», и требовалось говорить «Их царского пресветлого величества самодержавной державы».
Впервые, после подписания Переяславского договора 1654 года, представители российских царей внесли в договор статьи, которые отрицали государственный характер гетманской власти и украинской государственности. Впервые этим договором предписывалось разместить на территории Гетманщины российский полк стрельцов, который содержался на средства Гетманщины.
Данный договор имел и негативные экономические последствия для Гетманщины, так как запрещал украинским купцам торговать водкой и табаком на территории России и поддерживать торговые отношения с Крымом.
Вот такой борец за независимость Украины Иван Мазепа, так его пытаются представить современные украинские националисты. Хотя, что удивительного, если точно так же поступали и другие «борцы за самостийность» Украины. И Иван Мазепа ничем не хуже Богдана Хмельницкого или Симона Петлюры.
В феврале 1700 года Петр лично наградил орденом Андрея Первозванного гетмана Ивана Мазепу — «за многие его в воинских трудах знатные и усердно-радетельные верные службы». Девиз ордена гласил: «За веру и верность!» (В 1708 году Мазепа был лишен этого ордена.)
В начале Северной войны Иван Мазепа помогал Петру I: в 1704 году, воспользовавшись восстанием против Речи Посполитой и вторжением в Польшу шведских войск, занял Правобережную Украину и неоднократно предлагал Петру I объединить обе Украины в одну Малороссию, от чего Петр отказывался, ссылаясь на заключенный с Польшей договор о разделе Украины на Право — и Левобережную. В 1705 году совершил поход на Волынь, на помощь союзнику Петра — Августу. В 1706 году состоялось свидание Петра с Мазепой в Киеве, где Мазепа деятельно принялся за постройку заложенной Петром Печерской крепости.
С самого начала правления и до 1708 года, когда он стал союзником шведского короля Карла XII и врагом русского царя Петра I, Иван Мазепа преданно служит Москве, рьяно уничтожая своих потенциальных союзников.
В 1704 году по приказу Москвы гетман переходит на польский берег Днепра, а там, уже по собственной инициативе, захватывает полковника Семена Палия, создавшего вокруг Фастова независимую казацкую республику — Гуляйполе XVIII века. Мазепа тут же фабрикует на него дело с обвинениями в антимосковских замыслах и передает российским властям, после чего того отправляют в ссылку в Енисейск. А между тем, вынашивай Иван Мазепа «замыслы», популярнейший на Правобережье Палий пришелся бы ему очень кстати.
В 1707 году Иван Мазепа помогает укротить восстание Кондратия Булавина. Что это: политическая недальновидность, стойкое презрение родовитого шляхтича к любой «инициативе снизу» или отсутствие желания ввязываться в рискованные предприятия? Но задумаемся: а зачем ему, собственно, рисковать? Он достиг всего, о чем мечтал. Он гетман, живет во дворце в Батурине, пользуется роскошной библиотекой, собирает фантастическую коллекцию оружия, владеет ста тысячами душ в Украине и двадцатью тысячами в близлежащих российских уездах. Смотрит в Киево-Могилянской академии посвященную ему Прокоповичем пьесу «Владимир». Он теперь сказочно богат — собирает налоги с Украины, как с собственного поместья. Может ли такой человек искать новые приключения? Ведь для него присоединиться к какому-нибудь беглому повстанцу, вышедшему с Запорожья с толпой сторонников и заимствованными у Богдана Хмельницкого лозунгами, означает отменить самого себя — Ивана Мазепу вместе с «маетностями» и Батуринским замком. И никто пока не собирается у него их отнимать. Кроме того, он прекрасно знает:
«В Украине начальные и подначальные, духовные и мирские, как разные колеса, не в единомышленном находятся согласии: одним хорошо в протекции московской, другие склонны к протекции турецкой, третьи любят побратимство татарское, по природной к полякам антипатии».
Именно так отвечает он 18 сентября 1707 года в письме Станиславу Лещинскому, союзнику Карла XII. Но ведь и это еще не все!
1706 год был годом политических неудач России: 2 февраля 1706 года шведы нанесли сокрушительное поражение саксонской армии, 13 октября 1706 года союзник Петра, саксонский курфюрст и польский король Август И отказался от польского престола в пользу сторонника шведов Станислава Лещинского и разорвал союз с Россией. Несмотря на победу в сражении при Калише 18 октября 1706 года, Россия осталась в войне со Швецией в одиночестве.
Об этом не принято говорить, но в то время под вопросом был факт самого существования России как самостоятельного государства. Послы Англии, Голландии, Пруссии и Австралии осаждали Альтранштадт, где держал свою ставку шведский король, и наперебой поздравляли его с победой в Саксонии. Англичан и австрийцев больше всего пугало предположение: а вдруг Карл не повернет немедленно в Россию, казавшуюся слишком ничтожным противником, а вмешается на стороне их врага — Франции — в войну за испанское наследство? Но Карл не собирался начинать новую войну, не завершив старую. Решение его было твердо — поход на восток. Государства же слабые изворачивались как умели, и вели двойную игру — так, прусский монарх Фридрих I, признав Лещинского польским королем, просил царя через своего посланника не считать этот шаг враждебным России.