Дело было рассмотрено Особым совещанием при МГБ СССР, постановлением которого от 19 ноября 1949 г. Мамаладзе «за попытку создания антисоветской организации» (ст. ст. 58–10, ч. 1 и 58–11 УК Грузинской ССР) был приговорён к лишению свободы на 10 лет, Кереселидзе «за недоносительство об антисоветской деятельности другого лица» — на 5 лет, а Мирианашвили «за антисоветские высказывания» — к лишению свободы в пределах срока предварительного заключения.
16 декабря 1953 г. определением Военной коллегии Верховного Суда СССР это постановление было отменено, и дело прекращено за отсутствием в действиях обвиняемых состава преступления.
Слушая показания Рухадзе, показания необоснованно репрессированных и свидетелей, присутствовавшие на судебных заседаниях убеждались в том, что смысл деятельности Рухадзе заключался в том, что он постоянно кого-то «разоблачал», преимущественно целые антисоветские организации и группы. Так было и с делом начальника пограничного отряда полковника Д.Е. Перадзе, находившегося на военной службе с 1922 г.
А дело началось вот с чего. Брат жены Перадзе — Г.Г. Габинашвили, будучи главным бухгалтером Горийской строительной конторы «Грузстроя», совершил крупную растрату государственных денег. К тому же Габинашвили во время войны был в плену у немцев. Задержать его не удалось, поскольку он скрылся. Это дало Рухадзе возможность разработать невероятную легенду, согласно которой Габинашвили, бежавший с помощью Перадзе в 1948 г. в Турцию, был объявлен турецким шпионом. А в 1949 г. он возвратился в Грузию для выполнения задания, полученного от турецкой разведки. Помимо этого, он стал принимать меры по созданию антисоветское организации. Перадзе же не только знал об этом, но и согласился помогать Габинашвили, передав ему ряд сведений о советских вооружённых силах в пограничном районе. Эти сведения составляли государственную тайну. В ночь на 18 июня 1950 г. Габинашвили снова ушел, как было указано впоследствии в приговоре по делу жены Перадзе — В.Г. Перадзе «в сопредельное государство».
Вот такая схема была разработана Рухадзе, после чего под его руководством она стала наполняться деталями, которые в своей совокупности должны были составить «дело о Габинашвили Г.Г. и его пособниках».
28 ноября 1950 г. без санкции военного прокурора Перадзе арестовали. Его доставили на дачу Рухадзе в Гаграх. Рухадзе сразу же стал требовать, чтобы Перадзе признался в оказании пособничества Габинашвили в переходе государственной границы. Поскольку Перадзе отрицал это обвинение, Рухадзе перешёл к активным формам допроса, приказав сопровождавшим арестованного офицерам бить Перадзе. Те стали жестоко избивать его. Перадзе заявил, что Рухадзе, как министру государственной безопасности и депутату Верховного Совета СССР, не следует так поступать. В ответ на это Рухадзе вызвал подмогу, и Перадзе продолжали избивать с ещё большим ожесточением. Избивал его и сам Рухадзе. Затем Перадзе со связанными руками отвезли в салон-вагон Рухадзе, положили там на пол и снова стали бить, требуя признаться в преступной связи с Габинашвили. Несколько дней его возили в этот салон-вагон. Туда же приводили и жену Перадзе. Но Рухадзе так и не получил от них нужных ему показаний. Перадзе отправили в Тбилиси и бросили в тюремную камеру. Следствие по его делу поручили вести Нибладзе — заместителю Рухадзе.
На первом допросе, который продолжался с 1 по 4 декабря 1950 г., Перадзе сначала отрицал преступную связь с Габинашвили, но на вторые сутки допроса, как указано в протоколе допроса, «решил говорить правду» и рассказал о своём содействии Габинашвили в переходе государственной границы. На допросах 7, 8, 9 и 10 декабря 1950 г. он подтвердил эти показания, но на допросе 11 декабря отказался от ранее данных показаний, заявив, что оговорил себя.
Несмотря на то, что объективных доказательств виновности Перадзе не было, 12 декабря, то есть через две недели после фактического ареста, военным прокурором войск МГБ Грузинской ССР была дана санкция на его арест.
К этому времени арестовали жену Перадзе — Веру Гарсевановну, её и Габинашвили отца, жену Габинашвили и других лиц. Всего по делу были арестованы 85 человек, в том числе 23 женщины. 57 арестованных в дальнейшем были осуждены. Их признали виновными в том, что они якобы были связаны со шпионом Габинашвили и оказывали ему активное содействие в преступной деятельности против советского государства. Не пощадили и трёх секретных сотрудников МГБ Грузии, которых обвинили в саботаже, выразившемся в том, что они, зная о враждебной деятельности Габинашвили, не сообщили об этом.
В суде были оглашены некоторые резолюции Рухадзе на протоколах допросов арестованных по этому делу лиц. Вот их примеры. «Тов. Нибладзе, Куциава, тов. Гургенидзе, активно допросите Гогинашвили Ивана. Он этого заслуживает.
21.1. Н. Рухадзе».
Замечу, что Иван Гогинашвили — 70-летний колхозник, арестованный до делу Перадзе и других.
Или вот такая резолюция: «Тов. Нибладзе, Куциава и Гучмазашвили, перейти на активный допрос, дольше тянуть мы не можем… Тов. Гучмазашвили проявляет непонятную медлительность.
Н. Рухадзе, 31.XII.50».
Отвечая на вопрос, что означает выражение «активно допрашивать», Рухадзе однозначно заявил: «Значит, бить».
И как было установлено, арестованных по данному делу допрашивали весьма «активно», добиваясь показаний о совершении ими тяжких преступлений.
В апреле 1951 года МГБ Грузинской ССР направило дело Перадзе и ещё 53-х человек на рассмотрение Особого совещания при МГБ СССР с предложением расстрелять Перадзе. В мае того же года дело было возвращено на дополнительное расследование. В сентябре 1951 г. оно вновь направляется на рассмотрение Особого совещания при МГБ СССР, но 22 ноября дело снова возвращается на дополнительное расследование. Далее следственные материалы в отношении Перадзе выделяются в отдельное производство, и 6 июня 1952 г. он один предстаёт перед военным трибуналом Закавказского военного округа, который на основании ст. ст. 58–1 «б» и 58–11 УК Грузинской ССР приговаривает его к расстрелу. Следует сказать, что в судебном заседании военного трибунала Перадзе признал себя виновным, но в кассационной жалобе отрицал свою вину в преступной связи с Габинашвили.
Военная коллегия Верховного Суда СССР, рассмотрев 12 июля 1952 г. дело Перадзе в кассационном порядке, приговор в отношении его отменила и дело направила на новое судебное рассмотрение.
31 января 1953 г. тем же военным трибуналом Перадзе был приговорён к лишению свободы сроком на 25 лет.
25 марта 1952 г. В.Г. Перадзе была также осуждена на 25 лет лишения свободы, а ещё 36 обвиняемых по делу — к лишению свободы на сроки от 3 до 10 лет.
Проведённой Главной военной прокуратурой проверкой дел, по которым были осуждены Перадзе, его жена и другие лица было установлено, что эти дела сфальсифицированы в результате применения к арестованным физических мер воздействия — прежде всего, жестоких избиений.
В суде Рухадзе подтвердил, что к арестованному Перадзе применялись меры физического воздействия, но делалось это по указанию министра государственной безопасности Абакумова, который в 1951 г., уже после возбуждения этого дела, сам был арестован. Избивали и других арестованных по делу Перадзе.