27 июня в 0 ч. 30 мин. десантные войска соединились в районе Рабалы с наступавшими войсками 7-й армии и совместно с ними продолжали наступление в направлении на Усть-Видлицу, которая была занята в тот же день.
В течение трехдневных боев корабли флотилии израсходовали 3738 снарядов, а авиация совершила 850 самолето-вылетов.
После занятия города Видлица, войска 4-го стрелкового корпуса продолжали развивать наступление на Сортавалу. Их приозерный фланг по-прежнему поддерживали канонерские лодки и бронекатера Ладожской флотилии. Когда советские войска подошли к Питкяранте, флотилия высадила несколько небольших десантов на острова, расположенные в этом районе, и заняла их. На этом боевая деятельность Ладожской военной флотилии закончилась.
По решению главнокомандующего Северо-Западным направлением маршала К.Е. Ворошилова приказом заместителя наркома ВМФ адмирала И.С. Исакова из Онежской военно-морской базы Ладожской военной флотилии была сформирована Онежская военная флотилия. Командующим был назначен бывший командир Онежской военно-морской базы капитан 2 ранга А.П. Дьяконов.
В августе-сентябре 1941 г. в канонерские лодки были переоборудованы в судоремонтной мастерской в поселке Вознесенье буксирные пароходы Беломорско-Онежского пароходства «Огюст Бланки», «Каляев», «Ижорец № 18», «Мартиец-89» и «Мартиец-60», переименованные в КЛ-11, KЛ-12, KЛ-13, KЛ-14 и KЛ-15. В октябре были получены для них минометы. (Данные канонерских лодок и сторожевых кораблей Онежской военной флотилии см. в Приложении. Таблица V).
18 сентября 1941 г. финны перерезали реку Свирь в районе Остречины и заняли Гакручей. Для поддержки сухопутных частей в этот район из Вознесенья была послана КЛ-12. 19 сентября в 7 ч. 30 мин., подойдя к селу Остречины на дистанцию 1,5–2 км, канонерка обстреляла его. Был освобожден из плена строительный батальон (100 человек) с техникой. Через несколько часов канонерка вновь обстреляла село и заставила отступить группу финнов. Это было боевое крещение флотилии.
В этот же день КЛ -12 поднялась вверх по Свири к селу Вязостров, где прикрывала эвакуацию населения, препятствуя переправе противника на левый берег. КЛ-12 и КЛ-14 успешно вели огонь по врагу в районе деревни Гакручей. Деревня была взята советскими бойцами, высаженными с буксира «Лосось».
21 сентября КЛ-13 обстреляла окраину деревни Гакручей. Прямым попаданием был уничтожен склад боеприпасов и снаряжения. Противник отступил.
22—24 сентября КЛ-13, КЛ-14 и буксир «Лосось», на котором находилось 72 бойца отдельного дорожно-строительного батальона и 27 бойцов народного ополчения, вышли на боевую позицию в районе Вязостров и Гакручей. Перед ними была поставлена задача занять деревню и не допустить переправы противника на левый берег Свири. Контратака наших войск была отбита.
С 26 по 28 сентября канонерка КЛ-13 обстреляла деревню Прошино, выпустив более 180 снарядов. Со 2 по 5 октября дивизион канонерских лодок, заняв позиции в Свирской губе, в течение четырех дней обстреливал скопление живой силы противника. Было израсходовано 511 снарядов.
7 октября финны заняли Вознесенье и были остановлены южнее города в районе реки Ошты.
8 октября командир 272-й стрелковой дивизии генерал-майор М.С. Князев, возглавивший сухопутную оборону по реке Оште, поставил перед Онежской флотилией задачу огнем корабельной артиллерии воспрепятствовать продвижению противника на участке Вознесенье — Ошта. Канонерские лодки КЛ-11 и КЛ-13 нанесли удар по огневым точкам противника на мысе Куликов и Каменной гряде. 10 октября, поддержанные огнем канонерок, советские войска отбили атаки финнов.
С 11 по 24 октября канонерки КЛ-11, КЛ-13 и КЛ-15, находясь в Онежском обводном канале и у южного берега озера, обстреливали огневые точки противника, поддерживая атаки сухопутных частей, препятствовали переправе противника через Свирь, продвижению подкреплений, подвозу боеприпасов и снабжения. Было израсходовано 1375 снарядов. Советские войска удержали оштинский рубеж.
В ходе отступления советских войск на Свири, в Петрозаводске и Повенце было брошено свыше 20 исправных пароходов и буксиров. В начале октября 1941 г. финны начали переоборудовать их в канонерские лодки и сторожевые корабли. Главной базой финской флотилии стал Петрозаводск.
В середине октября в Вытегру прибыл отряд бронекатеров в составе БКА-35, БКА-63, БКА-64 и БКА-65, перечисленных 30 сентября 1941 г. из Ладожской военной флотилии. Но вскоре бронекатера по Вытегре и Мариинской системе были отправлены на зимовку в Молотов (Пермь). Канлодки тоже должны были идти в Молотов, но ледостав задержал их в городе Горьком. 28 ноября 1941 г. приказом наркома ВМФ Онежская флотилия была расформирована, а ее корабли переданы Волжской военной флотилии.
30 апреля 1942 г. по приказу наркома ВМФ из состава Волжской военной флотилии был сформирован Онежский отряд кораблей. Он состоял из штабного корабля «Московский комсомолец» (бывший сетевой заградитель «Исеть»), канонерских лодок КЛ-11, КЛ-13, КЛ-14, КЛ-15, КЛ-40 и КЛ-41, бронекатеров проекта 1124 (БКА-11, БКА-12, БКА-31 и БКА-32), бронекатеров проекта 1125 (БКА- 35, БКА-63, БКА-64 и БКА-65), 7 сторожевых катеров и катеров тральщиков, 4 глиссеров, охраны водного района, 31-го отдельного батальона морской пехоты, службы наблюдения и связи, отдела тыла, складов и производственных предприятии. База отряда была в городе Вытегра. 25 мая Онежский отряд кораблей непосредственно был подчинен наркому ВМФ, а оперативно — командующему 7-й Отдельной армией.
7 июня корабли, за исключением бронекатеров, прибыли в город Вытегра, и отряд приступил к выполнению боевых задач Дивизион бронекатеров, состоявший из двух отрядов по четыре катера, прибыл на Вытегру 16 июня и 21 июня начал боевую деятельность.
На Онежском озерном театре к этому времени сложилась следующая оперативная обстановка. В руках противника находился западный берег озера от Вознесенья до Повенеца с бухтами и пристанями, удобными для стоянки кораблей. Северная и южная части этого берега были укреплены системой береговой обороны, состоящей из отдельных гарнизонов и батарей. В северной части озера на полуострове Заонежье и части островов финны установили дальнобойные батареи и держали под огнем весь берег от мыса Оров-Наволок до Оров-Губы.
Восточный берег озера охраняли части 7-й Отдельной и 32-й армий (разграничительная линия по реке Водла). На севере от реки Водла до губы Черной стоял в обороне 80-й стрелковый полк войск НКВД, входивший в состав 32-й армии. Южнее реки Водла до реки Вытегра стоял 185-й отдельный стрелковый батальон войск НКВД. Побережье от реки Вытегра до устья реки Ошта занимали части 369-й стрелковой дивизии. В деревне Девятина базировалась 1-й гвардейская авиаэскадрилья самолетов Пе-2.
Местами базирования для Онежского отряда кораблей служили река Вытегра, Обводной канал, реки Андома и Водла.
В соответствии с задачами, поставленными командованием 7-й Отдельной и 32-й армий, выявились два самостоятельных направления боевой деятельности отряда: южное и северное. В дальнейшем отряд кораблей обеспечивал оборону города Вытегра и конвоирование судов на участках Вытегра — Шала; Вытегра — Андома.