Северная (шальская) группа кораблей в составе трех бронекатеров, двух канлодок и сторожевого катера обеспечивала левый фланг 32-й армии (80-й стрелковый полк), охраняя восточное побережье Повенецкого и Заонежского заливов. В задачи группы входили разведка, дозор, охрана коммуникаций, высадка разведгрупп.
В ходе дальнейшей боевой деятельности наибольшее значение приобрела высадка разведгрупп. Для этой цели использовались катера КМ и бронекатера. За два месяца в тыл противника было высажено 126 человек. Одновременно снимались с берега ранее высаженные группы.
С июня по октябрь северной группой было совершено более 70 боевых выходов, в том числе 27 в дозор, проведено 5 артиллерийских обстрелов, высажено 15 разведгрупп.
Южная группа кораблей поддерживала фланг 368-й стрелковой дивизии совместно с 31 — м отдельным батальоном морской пехоты, оборонявшим побережье от мыса Черные Пески до устья реки Вытегра (затем до Тудозера), вела разведывательные, поисковые и артиллерийские набеговые действия, несла дозорную службу.
Важное значение приобрели набеговые действия, в которых участвовали канонерские лодки и бронекатера самостоятельно и во взаимодействии с авиацией. Корабли и катера 30 раз вели огонь по береговым объектам противника.
16 сентября 1942 г. отряд кораблей в составе трех бронекатеров и двух канонерских лодок во взаимодействии со 2-й авиаэскадрильей У-2 вел огонь по северной окраине деревни Ропручей, где были расположены ремонтные мастерские, бензозаправочная станция и бараки гарнизона противника. Была вскрыта береговая оборона, вызвано много пожаров, нанесен урон противнику в живой силе и технике. Наши корабли и самолеты без повреждений вернулись на базу.
На южном направлении с июня по октябрь было совершено 160 боевых выходов, в том числе 30 — для артиллерийских обстрелов, 3 — для поиска, 107 — в дозор.
31 июля 1942 г. канонерская лодка КЛ-13 (бывший буксир «Ижорец-18») произвела высадку разведгруппы в районе острова Василисин, а затем пропала без вести. По данным популярной советской литературы она погибла в шторм, по закрытым данным причина гибели неизвестна.
В середине ноября 1942 г. Онежский отряд кораблей по Мариинской системе был отправлен зимовать в город Рыбинск.
31-й отдельный батальон морской пехоты был оставлен оборонять юго-восточное побережье Онежского озера.
К началу 1943 г. оборона побережья Онежского озера, занятого финнами, состояла из отдельных гарнизонов, узлов сопротивления, имеющих в своем составе подвижные и стационарные батареи, а также двух укрепленных районов. В первый укрепрайон входил участок от города Петрозаводска до поселка Вознесенье (обороняла 1-я онежская бригада береговой обороны), во второй — полуостров Заонежье и остров Большой Климецкий (обороняла 2-я онежская бригада береговой обороны). Финская артиллерия располагалась побатарейно или поорудийно.
Финская озерная флотилия имела в своем составе четыре канонерские лодки (общее вооружение — три 102-мм и пять 76-мм пушек), три бронекатера (три 76-мм или 45-мм пушки), три быстроходные баржи и несколько катеров, две смешанные эскадрильи (Ju-88, Не-111, Ме-109, «Кэртис»), базировавшиеся на аэродромы и площадках в районе Петрозаводска.
Приказом наркома ВМФ от 31 декабря 1942 г. Онежский отряд кораблей был переименован в Онежскую в военную флотилию. Корабли и суда флотилии тремя эшелонами с 14 мая по 14 июня прибыли в Вытегру.
К началу кампании 1943 г. из Волжской флотилии была возвращена канонерская лодка KЛ-13, а штабной корабль «Московский комсомолец» отремонтирован, перевооружен и переклассифицирован в канонерскую лодку. Кроме того, в состав флотилии были введены сторожевые катера (№ 3, 4, 5, 6), торпедные катера типа Г-5 (№ 81, 82, 83, 84, 91, 92, 93), катера-тральщики РТЩ-130, РТЩ-131 и РТЩ-132, группа сторожевых кораблей СКР-14 и СКР-15 и отряд сторожевых катеров № 47, 49, 104 и 111.
С 16 мая корабли флотилии начали конвоирование транспортов и буксиров с баржами, доставлявших грузы частям Красной армии. Основными маршрутами были озерная коммуникация (Вытегра — река Андома — губа Шала) и коммуникация, проходящая по Онежскому обводному каналу (Вытегра — поселок Кедра).
В ночь на 31 мая канонерские лодки KЛ-11 и KЛ-41, бронекатера № 12, 22, 41 и 42 [76] обстреляли селения Подщелье и Ропручей. В результате обстрела установить расположение неприятельских огневых точек не удалось, так как противник ответного огня не открывал.
1 июня канонерские лодки KЛ-11, KЛ-12 и KЛ-41 провели поиск коммуникаций финнов в Петрозаводском заливе, но были обнаружены финскими самолетами. В результате суда противника укрылись в бухте, и поиск был безрезультатным. В 13 ч. 45 мин. у острова Василисин канлодки внезапно были атакованы вышедшими со стороны солнца тремя финскими самолетами. Налет был произведен одновременно тремя самолетами по трем кораблям, КЛ-12 получила попадание двух 100-кг бомб в корму и затонула. Канлодки КЛ-11 и КЛ-41 повреждений не получили. Далее без комментариев цитирую архивный документ: «После гибели КЛ-12 командир дивизиона капитан 2 ранга Г.И. Гинзбург, опасаясь повторной атаки, решил корабли рассредоточить. Он приказал командиру КЛ-41 спасать личный состав погибшей КЛ-12, а сам вместе с капитаном 2 ранга Г.С. Галковским на КЛ-11 пошел в базу. КЛ-41 направилась к месту гибели КЛ-12 для спасения личного состава, но вражеский самолет вторично атаковал канлодку. Корабль начал маневрировать и отстреливаться. Отогнанный артиллерийским огнем от канлодки, неприятельский самолет с бреющего полета обстрелял из пулемета плавающий личный состав КЛ-12. Было убито 8 человек. Только в 14 ч. 36 мин. КЛ-41 подошла к месту гибели КЛ-12 и спасла 22 человека (погибло 27 человек), в том числе и командира корабля».
В тот же день в районе устья Вытегры три финских самолета повредили катер-тральщик РТЩ-130. А в ночь на 9 июня у мыса Муромский был атакован конвой, шедший из Озерного устья в Шалу. Была повреждена баржа с мукой. Несколько налетов финской авиации на советские суда произошло и в последующие дни. Всего в июне 1943 г. наши корабли 30 раз подвергались атакам финских самолетов.
В ночь на 3 июля канонерская лодка КЛ-40 и бронекатера № 22 и 41 обстреливали поселок Ропручей. «Противник ответного огня не открывал, поэтому выяснить расположение его огневых точек и системы береговой обороны не удалось». А может там, кроме местных жителей, никого и не было?
8 июля для поиска судов противника в район бухты Гиморецкая были направлены бронекатера № 12 и 21. Для их поддержки в Онежском устье находились KЛ-40 и три торпедных катера.
В 16 ч. 20 мин. бронекатера обнаружили буксир с баржей и мотобот противника, шедшие от мыса Чей-Наволок в Гиморецкую бухту. Сблизившись с судами, в 16 ч. 45 мин. бронекатера открыли артиллерийский огонь из двух 76-мм пушек. Суда, увеличив ход, повернули к берегу под прикрытие своих береговых батарей. В 16 ч. 15 мин. с мыса Чей-Наволок и из района села Каскиручей открыли огонь по кораблям из 100-мм орудий. Финны не имели эффективных приборов управления стрельбой даже на балтийских 305-мм и 254-мм береговых батареях, а в Карелии и подавно, поэтому вероятность попадания в маленький катер была ничтожно мала. А от осколков и шрапнели катера были защищены броней. Но командиры катеров попросту струсили и повернули на обратный курс. Так позорно закончилось первое соприкосновение с финскими судами на Онежском озере.