14 декабря Кармаль и несколько его сторонников были тайно привезены в Афганистан. Они находились в Баграме среди советских военнослужащих. 16 декабря 1979 года было покушение на X. Амина, но он остался жив. Тогда Кармаля срочно вернули в СССР. 20 декабря 1979 года из Баграма в Кабул был переброшен «мусульманский батальон», который вошёл в бригаду охраны дворца Амина, что существенно облегчило подготовку к запланированному штурму этого дворца. Для этой операции в середине декабря в Афганистан прибыли также 2 спецгруппы КГБ СССР.
До 25 декабря 1979 года в Туркестанском военном округе были подготовлены к вводу в Афганистан полевое управление 40-й общевойсковой армии, две мотострелковые дивизии, армейская артиллерийская бригада, зенитно-ракетная бригада, десантно-штурмовая бригада, части боевого и тылового обеспечения. В Среднеазиатском военном округе подготовлены два мотострелковых полка. Кроме того, управление смешанного авиакорпуса, два авиаполка истребителей-бомбардировщиков, один истребительный авиаполк, два вертолётных полка, части авиационно-технического и аэродромного обеспечения. В качестве резерва в обоих округах были отмобилизованы ещё три дивизии. На доукомплектование частей было призвано из запаса более 50 тысяч человек из среднеазиатских республик и Казахстана, и передано из народного хозяйства около 8 тыс. автомобилей и другой техники. Это было крупнейшее мобилизационное развертывание Советской Армии с 1945 года. Кроме того, к переброске в Афганистан также была подготовлена 103-я гвардейская воздушно-десантная дивизия из Белоруссии, которая уже 14 декабря была переброшена на аэродромы в Туркестанском военном округе.
К вечеру 23 декабря 1979 года было доложено о готовности войск к вводу в Афганистан. 24 декабря Д. Ф. Устинов подписал директиву № 312/12/001, в которой говорилось: «Принято решение о вводе некоторых контингентов советских войск, дислоцированных в южных районах нашей страны, на территорию ДРА в целях оказания помощи дружественному афганскому народу, а также создание благоприятных условий для воспрещения возможных антиафганских акций со стороны сопредельных государств».
Участие советских войск в боевых действиях на территории Афганистана директивой не предусматривалось, не был определен порядок применения оружия даже в целях самообороны. Правда, уже 27 декабря появился приказ Д. Ф. Устинова о подавлении сопротивления мятежников в случаях нападения. Предполагалось, что советские войска станут гарнизонами и возьмут под охрану важные промышленные и другие объекты, высвободив тем самым части афганской армии для активных действий против отрядов оппозиции, а также против возможного внешнего вмешательства. Границу с Афганистаном было приказано перейти в 15:00 московского времени (17.00 кабульского) 27 декабря 1979 года.
Утром 25 декабря 1979 года первым на территорию ДРА был переправлен 781-й отдельный разведывательный батальон. Следом за ним переправился 4-й десантно-штурмовой батальон, которому была поставлена задача по охране перевала Саланг. В тот же день началась переброска частей 103-й гвардейской ВДД на аэродромы Кабула и Баграма. На Кабульский аэродром первыми высадились десантники 350 гвардейского парашютно-десантного полка под командованием подполковника Г. И. Шпака.
Бывший начальник Управления нелегальной разведки КГБ СССР, генерал-майор Ю. И. Дроздов, отмечал, что введение советских войск в Афганистан было объективной необходимостью, так как в стране активизировали действия США (они заключили соглашение с Китаем по Афганистану, выдвигали свои технические наблюдательные посты к южным границам СССР). Кроме того, СССР и ранее несколько раз вводил свои войска в Афганистан с подобной миссией и не планировал там надолго задерживаться. По его словам существовал план вывода советских войск из Афганистана в 1980 году, подготовленный лично им, совместно с генералом армии С. Ф. Ахромеевым. Этот документ впоследствии был уничтожен.
Группа офицеров Министерства обороны СССР, занимавшаяся обобщением опыта боевых действий в Афганистане, весь период пребывания советских войск в Афганистане разделила на следующие четыре этапа:
• с декабря 1979 по февраль 1980 — ввод советских войск в Афганистан, размещение их по гарнизонам;
• с марта 1980 по апрель 1985 — ведение активных боевых действий, в том числе широкомасштабных, работа по реорганизации и укреплению вооружённых сил ДРА;
• с апреля 1985 по январь 1987 — переход от активных действий преимущественно к поддержке афганских войск советской авиацией, артиллерией и саперными подразделениями при том, что подразделения спецназначения продолжали вести борьбу по пресечению доставки оружия и боеприпасов из-за рубежа. В этот период был осуществлен частичный вывод советских войск с территории Афганистана;
• с января 1987 по февраль 1989 — участие советских войск в проведении политики национального примирения при продолжающейся поддержке боевой деятельности афганских войск. Подготовка советских войск к выводу и полный их вывод.
Хронология событий
Год 1980-й
9-11 января — подразделения 186-го мотострелкового полка (2-й батальон, усиленный танковой ротой, 2-я рота 1-го батальона с танковым взводом, миномётной батареей, и артиллерийский дивизион, при поддержке вертолётов) 108-й мотострелковой дивизии взяли кишлак Нахрин в провинции Баглан, где поднял мятеж 4-й афганский артиллерийский полк. В ходе мятежа были убиты все советские военные советники. Потери мятежников составили 100 человек убитыми, 7 орудий и 5 автомобилей. Советские войска при подавлении восстания потеряли 2 убитыми, 2 ранеными и 1 БМП-1.
10–11 января — попытка антиправительственного мятежа артполков 20-й афганской дивизии в Кабуле. В ходе боя было убито около 100 мятежников. Советские войска потеряли 2 убитыми и ещё 2 были ранены. Тогда же появилась директива министра обороны Д. Устинова о планировании и начале боевых действий — рейдов против отрядов мятежников в северных районах Афганистана, прилегающих к советской границе, силами усиленного батальона и использования огневых средств армии, включая ВВС для подавления сопротивления.
20–24 февраля — антиправительственное восстание в Кабуле (наиболее активная фаза 22–23 февраля). Во время восстания было обстреляно советское посольство, погибло несколько советских граждан.
23 февраля — трагедия в тоннеле на перевале Саланг. При прохождении тоннеля подразделениями при полном отсутствии комендантской службы из-за ДТП в середине тоннеля образовалась пробка. В итоге задохнулись 16 советских военнослужащих. По задохнувшимся афганцам данные отсутствуют.
29 февраля-12 марта. Кунарское наступление. Это первая крупная операция подразделений ОКСВ против моджахедов.
Апрель. Конгресс США санкционировал «прямую и открытую помощь» афганской оппозиции в размере 15 млн. долларов. 1-я и 2-я войсковые операции в Панджшерском ущелье. Массовые антиправительственные демонстрации в Кабуле разогнаны низкими полётами реактивных самолётов.
Май — 2-я общевойсковая операция в провинции Кунар. 11 мая — гибель 1-й мотострелковой роты (Джелалабадской) у кишлака Хара, провинция Кунар.