Уже в ходе следствия по делу Абакумова следователь Рюмин, который так понравился своим рвением Сталину, что он назначил его замминистра МГБ, обвинил своего бывшего шефа в том, что он от него требовал при допросах собирать компрометирующие данные против руководящих государственных и партийных работников. Берию особенно насторожило, что среди тех, против кого собирался компромат, были Ванников и Завенягин, организаторы работы по созданию советского ядерного оружия, тесно связанные с ним лично (АП РФ, ф.3, оп. 58, д. 217, л.53). В ходе расследования было также установлено, что по личному распоряжению подчиненного Абакумову министра госбезопасности Грузии Н. М. Рухадзе был организован сбор компромата на самого Л. П. Берию. В квартире у матери Берии в Тбилиси была установлена подслушивающая аппаратура, МГБ «разрабатывал» казавшиеся подозрительными связи мужа сестры Л. П. Берии (там же, л. 59). Авакумова, однако, удалось угробить, повязав его с «сионистами», якобы готовившими убийство Сталина.
После допросов ряда ответственных работников и следователей МГБ, включая заместителей министра МГБ СССР Огольцова и Питовранова, комиссия установила следующее: Этингер, врач, арестованный МГБ, «без какого-либо нажима» признал, что при лечении первого секретаря Московского горкома ВКП(б) А. С. Щербакова «имел террористические намерения». Комиссия подчеркнула преемственность этого дела с политическими процессами 30-х гг.; с обвинениями врачей Плетнева и Левина в злоумышлении против здоровья Куйбышева и Горького.
Абакумов, по мнению комиссии, проявил здесь, по крайней мере, преступную халатность. Он «заявил, что это дело заведет МГБ в дебри». Министра обвинили в том, что он приказал перевести Этингера в холодную тюремную камеру, по сути, в холодильник, что стало причиной смерти важного подследственного, наступившей 2 марта 1951 г. Заодно нарыли и другие факты. Абакумову поставили в вину бегство весной 1950 г. в американскую зону оккупации в Германии заместителя генерального директора акционерного общества «Висмут» Салиманова, связанного с советской ядерной программой, другие упущения в организации деятельности министерства. Абакумова обвинили и в том, что он, зная об аресте участников «еврейской антисоветской молодежной организации», зная об их показаниях, о «террористических планах против руководства партии и государства», не настоял на включении этих показаний в протоколы допроса. Для Сталина это пахло все тем же «жидо-масонским заговором», признаки которого он все чаще обнаруживал в Кремле и в своем ближайшем окружении. Теперь дело дошло и до Лубянки.
Дело Абакумова во многом было дутое. В поле зрения 2-го Главного управления МГБ Этингер попал не позднее 1949 г. Уже в ноябре 1949 г. рассматривалась возможность его ареста. Однако руководитель личной охраны Сталина генерал-лейтенант Власик передал из Кремля такую установку: Этингера и другого крупного ученого – биохимика, специалиста-онколога, Героя Соцтруда И. Збарского (кстати – одного из ученых, мумифицировавших тело Ленина) – перевести на менее заметные должности и уже потом арестовать. В своем письме Сталину и другим членам Политбюро, которое он написал из особой парттюрьмы, Абакумов напоминал, что именно МГБ 15 апреля 1950 г. просило у ЦК ВКП(б) разрешение на арест Этингера. 16 ноября того же года Абакумов вновь направил записку, на этот раз – Сталину, в Сочи, с просьбой дать разрешение на арест Этингера. Эта записка была у Поскребышева, затем попала к Булганину. Тот запросил Абакумова, «как быть?», и «я, – писал опальный министр госбезопасности, – ему ответил, что Этингер большая сволочь, и его следует арестовать, после чего тов. Булганин дал согласие на арест». Во время допросов Этингера, проходивших с участием самого Абакумова, министр требовал от подследственного признаться, «как он залечил Щербакова». Этингер же пытался объяснить, что Щербаков был тяжко болен, и к тому же врачом, лечившим Щербакова, был не Этингер, а Виноградов. Абакумов отвел все обвинения в том, что по его приказу арестованного перевели в холодную камеру, что стало, якобы, причиной его смерти. Содержание заключенного определял сам следователь, которым был Рюмин, «и умер Этингер, прийдя с допроса от тов. Рюмина». Доводы Абакумова, однако, так и не были услышаны. И неспроста. Приговор был ему вынесен еще до его ареста.
Комиссия Политбюро по проверке деятельности МГБ во главе с Маленковым с готовностью оценила деятельность Абакумова как «совершение преступления против партии и государства». Министерству госбезопасности предписывалось возобновить следствие «по делу о террористической деятельности Этингера и еврейской антисоветской молодежной организации». В МГБ вместо Абакумова был послан заведующий отделом партийных и комсомольских органов С. Д. Игнатьев в качестве представителя ЦК ВКП (б). Вскоре он и возглавил МГБ. На основании выводов комиссии Маленкова 11 июля было принято Постановление Политбюро ЦК ВКП (б) «О неблагополучном положении в МГБ СССР», а двумя днями позже – 13 июля 1951 г. по партийным организациям страны было разослано закрытое письмо ЦК ВКП (б), ставшее, по сути, первым обвинительным заключением против Абакумова.
Абакумову были предъявлены обвинения в измене Родины – в связи с отказом расследования деятельности еврейских террористических организаций, и за утрату секретных документов. Вместе с Абакумовым были арестованы и осуждены большинство руководителей МГБ, в том числе заместители министра МГБ Огольцов и Питовранов, руководитель начальника следственной части Леонов и его заместители – Лихачев, Комаров и Соколов, начальник отдела «Д» МГБ А. М. Палкин, бывший начальник 1 Главного управления МГБ Г. В. Утехин, помощник Абакумова Броверман, тот самый «редактор» показаний арестованных по делу ЕАК. Среди многочисленных обвинений, предъявленных им, обратим внимание на то, что они допускали «в следственной работе грубые нарушения социалистической законности, по большинству дел допросы арестованных не фиксировались протоколами… применялись к арестованным извращенные методы следствия и, в частности, широко было распространено применение к арестованным физических мер воздействия, санкционированные во всех случаях бывшим министром Абакумовым». Что применять такие меры воздействия ему приказывали сверху, в том числе и члены Комиссии по проверке МГБ, разумеется, никто не вспомнил.
Дело Этингера, начатое Абакумовым, так или иначе, связало в одну цепочку все послевоенные процессы. Потеряв доверие к МГБ и его министру, Сталин решил провести очередную чистку в органах. Она шла одновременно с расследованием происков «убийц в белых халатах», призраки которых преследовали Сталина с 30-х гг. Так еще на Третьем московском процессе (1938) оппозиционеров обвинили в использовании преданных им врачей «врагов народа И. Н. Казакова, Плетнева и Левина», якобы сокративших жизнь Куйбышева, Горького и его сына М. Пешкова. «Врач-вредитель» проходил и по делу о шпионах в Еврейском антифашистском комитете – это был главный врач больницы им. Боткина еврей Б. А. Шимелиович.
Заместитель министра госбезопасности С. Огольцов, подавший первый сигнал в Политбюро «о законспирированной группе врачей-вредителей», вряд ли мог подумать, что по их делу он сам будет арестован вместе с министром МГБ. Дело кремлевских врачей, более известное, как дело «о шпионской и террористической деятельности врачей-вредителей», готовилось еще до начала расследования «дела Абакумова – Шварцмана», которое велось С. Д. Игнатьевым под непосредственным контролем Маленкова и Сталина. Так как большинство фигурантов этого дела составляли евреи, то воспринято оно было и в СССР, и за рубежом, как очевидное продолжение дела «Шпионского центра в Еврейском антифашистском комитете». Для Сталина же дело врачей стало той ниточкой, потянув за которую, удалось, как он считал, размотать весь клубок «сионистского заговора». Дабы доказать, что он действительно существовал, были отмобилизованы все спецслужбы СССР, внешняя разведка, МИД СССР, партийная печать, спецслужбы социалистических стран и «братские компартии», но главное – вся номенклатура ЦК КПСС, включая парторганизации на местах.