Между тем королева снова стала склоняться на сторону противников войны с Испанией. Вместо того чтобы продолжить нанесение ударов по испанским морским коммуникациям и уничтожение кораблей противника, она не только запретила Дрейку отправиться в новый поход к берегам Пиренейского полуострова, но и не дала согласия на мобилизацию всех военно-морских сил своего королевства.
Тем временем король Филипп не собирался откладывать дело в долгий ящик. Его обычная медлительность вдруг «сменилась упрямым нетерпением начать военные действия немедленно, так что адмиралы с трудом сдерживали его пыл». Король разработал свой план операции против Англии. Согласно его замыслу армада должна была выйти в море уже в сентябре, доставить войска и снаряжение во Фландрию, там принять на борт армию испанского наместника Нидерландов герцога Пармы, а затем высадить ее на побережье Англии.
Однако осуществить этот проект на практике было не так-то просто. Хотя поступило сообщение, что андалусская эскадра вышла в море в июле, бискайская эскадра Окендо смогла покинуть Пасахес лишь месяц спустя. Маркиз де Санта-Крус, отправившийся с португальской эскадрой к Азорским островам, вернулся к мысу Сан-Висенти только в конце сентября. Когда он прибыл наконец в Лиссабон, оказалось, что его галеоны потрепаны бурями и нуждаются в длительном ремонте. Весь октябрь маркиз пытался убедить короля отложить выход армады до лучших времен, но Филипп не хотел ничего слушать.
В конце месяца бискайская эскадра добралась до Лиссабона и присоединилась к основным силам армады. Однако даже в ноябре корабли были укомплектованы людьми и военным снаряжением лишь наполовину. Санта-Крус полагал, что все работы можно будет завершить не раньше декабря, о чем откровенно докладывал его католическому величеству. Филипп подозревал, что адмирал сознательно тянет время, придумывая всяческие отговорки.
Возможно, его подозрения имели под собой основания. Как опытный флотоводец, Санта-Крус понимал, сколь печальные последствия может иметь морская экспедиция, предпринятая без должной подготовки, в разгар зимних штормов и неустойчивой туманной погоды, характерной для окружающих Англию морей. Об этих и иных опасностях он написал королю в пространном меморандуме, предлагая начать экспедицию не ранее марта 1588 года. При этом маркиз заверил своего суверена, что, если тот прикажет вывести армаду в море немедленно, он, как верный слуга, незамедлительно исполнит монаршую волю.
Королю доводы адмирала и его медлительность не понравились, но повлиять на ситуацию он не мог. Пришлось смириться с мыслью о том, что в 1587 году начать поход Великой армады уже не удастся.
Елизавета недолго держала сторону «партии мира». Получая все новые и новые сообщения шпионов о приготовлениях испанцев, королева осенью решила предпринять меры по подготовке своих военно-морских сил к отпору неприятеля. В октябре сэр Уолтер Рэли добился для Дрейка разрешения посетить Лейстера, чтобы обговорить с ним проект нового антииспанского предприятия. «Сэр Фрэнсис, — писал Рэли, — полон надежд снова вернуться в Индии». Спустя короткое время были предприняты кое-какие практические шаги по подготовке экспедиции. Примерно в это же время небольшая, но хорошо снаряженная эскадра сэра Генри Палмера была отправлена для блокады побережья Фландрии в районе Дюнкерка. 13 ноября Джон Хокинс предложил снарядить 17 кораблей для охраны острова Уайт, а 24 ноября часть кораблей королевского флота решено было передать под командование Дрейка для операций в Атлантике. 15 декабря лорд-адмирал Чарлз Хоуард Эффингемский получил от ее величества новые инструкции для флота, а 21-го — назначение на пост главнокомандующего. Ему предписывалось при любой представившейся возможности «нападать, вторгаться, брать добычу и овладевать королевствами, доминионами, землями, островами и всеми прочими местами, принадлежащими испанцам». На следующий день он заявил, что через два-три дня весь флот будет готов к выходу в море на дежурство. 23 декабря Дрейка назначили командующим пока еще не сформированной отдельной эскадрой из тридцати судов, в состав которой должны были войти семь королевских кораблей. В их задачу входило не только охранять вход в Ла-Манш, но и провести «разведку боем» сил противника.
Согласно свидетельству итальянского хрониста Петруччио Убальдини, инструкции позволяли Дрейку наведаться к берегам Пиренейского полуострова, осмотреть испанские и португальские гавани и в случае обнаружения там скопления вражеских судов уничтожить их. С другой стороны, если бы Дрейк встретил испанскую армаду в открытом море, ему надлежало немедленно отправить сообщение об этом правительству, а затем следовать по пятам за неприятелем, изыскивая благоприятную возможность нанести оному как можно больший урон. Исключительные полномочия, переданные сэру Фрэнсису, давали ему также право приказывать офицерам в портах проводить при необходимости мобилизацию местных сил и концентрировать их в наиболее уязвимых местах побережья. Наконец, он мог задерживать любые иностранные суда, перевозившие военную контрабанду.
3 января, едва закончились новогодние праздники, Дрейк выехал в Плимут для снаряжения эскадры. Цель его экспедиции, разумеется, хранилась в глубоком секрете, однако молва быстро разнесла весть о том, что адмирал пойдет охотиться за «серебряным флотом». По наблюдению некоего испанского пленника, желающих записаться в экспедицию было столько, что их хватило бы на укомплектование экипажами двухсот кораблей. Но в распоряжении Дрейка находилось пока лишь 13 судов — все из состава прежней экспедиции. Отсутствовали семь обещанных кораблей королевского флота, пять приватных судов лондонской эскадры и пять иных вооруженных «купцов», необходимых для доведения численности эскадры до искомых тридцати единиц.
Увы, политическая ситуация к этому времени снова изменилась. Королева, по всей видимости, получила информацию о том, что Филипп отложил выход своей армады в море на неопределенное время. Данное обстоятельство давало ей шанс попытаться разрешить англо-испанские противоречия мирным путем. Елизавета послала лорд-адмиралу Хоуарду новый приказ: сократить численность набранных команд вдвое. К 18 января этот приказ был выполнен.
Тем временем три судна из числа обещанных Дрейку — «Хоуп», «Нонпарел» и пинас «Эдвайс» — пришли в Портсмут. Еще два судна — «Мейкшифт» и пинас «Спай» — проводили разведку у берегов Испании. Чатемский дивизион, по данным Дж. Корбетта, вышел в море и взял курс на Плимут в середине января. Он включал в себя галеоны «Эйд», «Свифтшур» и 46-пушечный «Ривендж»; последний должен был стать флагманом эскадры Дрейка.
Чтобы ускорить формирование экспедиции, адмирал задержал пять шведских хульков — очевидно, под предлогом того, что они везли военную контрабанду. Два из них вышли из Лиссабона 2 января, а 20-го были захвачены в районе Плимута. От пленных Дрейк узнал, что работы по снаряжению армады полностью «заморожены». Эту информацию вместе с несколькими пленниками он тут же отправил в Лондон. Одновременно от английского посла в Париже пришло сообщение, что болезни, смерти и массовое дезертирство привели армаду в состояние полного расстройства. Елизавета реагировала на полученные известия мгновенно и вновь скорректировала свои планы. Дрейк получил приказ отпустить задержанные шведские суда и ждать дальнейших указаний.