22 августа в штаб флота неожиданно прибыл сэр Эдвард Норрис, наблюдавший за продвижением армады, и сообщил, что испанцы возвращаются! Хоуард тут же отменил прежние приказы и велел спешно снаряжать корабли для выхода в море. Однако Дрейк не поверил информации Норриса, о чем откровенно написал Уолсингему.
24 августа пришел пинас, капитан которого заверил командование флота, что видел армаду к западу от Оркнейских островов. Хоуард тут же успокоился. Для охраны Дуврского пролива была выделена небольшая эскадра сэра Генри Палмера, а остальным кораблям предписали оставаться в своих портах. После этого лорд-адмирал, лорд Генри Сеймур, лорд Томас Хоуард, лорд Шеффилд и, вероятно, сэр Фрэнсис Дрейк отправились ко двору королевы, оставив флот на попечении сэра Уильяма Уинтера, сэра Джона Хокинса и сэра Мартина Фробишера.
Армада между тем возвращалась домой кружным путем — вокруг Шотландии и Ирландии. Один из биографов Дрейка так описывал это бесславное и трагическое возвращение: «До Оркнейских островов флотилия держалась вместе. Но здесь туманы и бури разбросали ее, и каждый корабль стал думать о своем спасении. На многих кораблях не хватило провианта: ежедневный рацион был сведен до полуфунта сухарей, пинты воды и пинты вина. На иных не было и воды, потому что она вытекла из бочек, пробитых при стрельбе.
Большая часть кораблей разбилась о скалы Западной Ирландии. Берега были усеяны их обломками и выброшенными человеческими телами. На берегу залива Слайго один английский офицер насчитал тысячу сто трупов, и он слышал, что в нескольких милях лежит столько же. С кем не справились стихии, того прикончил человек: слишком уж заманчиво было содержимое кожаных мешочков, привязанных к поясам испанских солдат и матросов; слишком уж блестели золото на расшитых бархатных костюмах идальго, их цепочки и кольца на руках (на горе участников похода, золото было им выплачено вперед).
Несколько галеонов было заброшено в Голуэйский залив. Команда еле двигалась, истощенная голодом и жаждой; бочку вина с радостью отдавали за бочку воды. Горожане приютили их, отогрели, иных отходили, но потом несчастные попали в руки английских гарнизонных властей. Воспоминания о недавних ирландских бунтах, слухи о войне с Испанией, страх ответственности оказались сильнее побуждений человеколюбия, и был отдан приказ уничтожать испанских беглецов, где бы их ни нашли. Губернатор Коннаута доносил, что „от шести до семи тысяч были выброшены морем на наши берега, кроме нескольких тысяч, которым удалось бежать внутрь страны и которые потом все были казнены“. Видно, на кладбищах Ирландии было много свободного места.
Счастливы были те, кто вместе с адмиральским кораблем поднялся высоко на север, до 60-й параллели у Шетландских островов, и оттуда спустился, минуя берега Ирландии. Таких было до шестидесяти кораблей. И на них до половины людей погибло от ран, голода и жажды. Те, в которых еще теплилась жизнь, настолько ослабели, что еле двигались и были похожи скорее на тени».
В сентябре и октябре в порты Северной Испании вернулись 65 истерзанных кораблей армады — 55 галеонов и хульков, девять пинасов и один галеас. Герцог Медина-Сидония сошел на берег в Сантандере «совсем седым, хотя отправлялся в поход черноволосым». В письме королю Филиппу он отметил, что «вернулся на последнем издыхании», и попросил никогда более не поручать ему «ничего, связанного с морскими делами». Когда по пути в Сан-Лукар-де-Баррамеду герцог заночевал в Вальядолиде, в его опочивальне были слышны насмешливые крики молодых людей, до самого утра распевавших песенку «Дрейк, Дрейк, Дрейк идет».
В отличие от Медина-Сидонии, адмирал Хуан Мартинес де Рекальде отказался сойти на берег и скончался на борту своего корабля в конце октября. Та же участь — несколько ранее — постигла адмирала Мигеля де Окендо. По словам очевидца, он умер «от позора, тоски и печали, не сказав ни слова, отказавшись принять на смертном одре даже жену и исповедника». В довершение трагедии огромный флагман Окендо «Санта-Ана» взорвался в порту Сантандера и затонул вместе со ста людьми на борту.
— Такова была Божья воля, — меланхолично заметил король Филипп.
Что касается Диего Флореса де Вальдеса, то он был обвинен в трусости, пораженческих настроениях и даче бестолковых советов командующему армадой. Накануне Рождества король велел арестовать его и отправить в тюрьму Бургоса.
Выдающуюся роль сэра Фрэнсиса Дрейка в разгроме Непобедимой армады — особенно в битве при Гравелине — отмечали многие современники. Даже римский папа Сикст V, обращаясь к своему окружению, с восторгом восклицал:
— Слышали, как Дрейк со своим флотом навязал бой армаде? С каким мужеством! Думаете, он выказал хоть какой-то страх? Он — великий капитан!
Елизавета I решила увековечить победу над испанцами выпуском памятной медали. Надпись на ней гласила: «Afflavit Deus et dissipati sunt» — «Дунул Господь, и они рассеялись».
После гибели Непобедимой армады королева снова загорелась идеей отправить эскадру на перехват испанского «серебряного флота», который должен был доставить в метрополию сокровища из Америки. Дрейка вызвали ко двору обсудить с ее величеством этот замысел. Хокинс, очевидно, тоже участвовал в обсуждении указанного проекта. Он полагал, что войну против Испании выгоднее всего вести с помощью крейсерской эскадры, которая должна была постоянно дежурить на путях следования испанских галеонов в районе Азорских островов. Загвоздка состояла в том, что осенью 1588 года большинство кораблей королевского флота нуждались в ремонте и не были готовы к немедленному выходу в море.
Дрейка, как ни странно, план охоты за «серебряными» галеонами не заинтересовал. Он считал, что войну необходимо перенести на вражескую территорию. При этом наиболее предпочтительной целью похода адмирал считал Лиссабон — главную базу испанского флота. Идею Дрейка поддержал ветеран войны в Нидерландах, один из самых популярных полководцев того времени — сэр Джон Норрис. В середине сентября они представили правительству подробный план операции. Он включал в себя поиск и уничтожение уцелевших кораблей армады в портах Пиренейского полуострова, захват Лиссабона и Азорских островов и возведение на португальский престол дона Антониу, приора Крато. Это открыло бы для английского купечества прекрасные перспективы в торговле с колониями Португалии в Бразилии и Ост-Индии. Кроме того, Лиссабон и Азорские острова можно было использовать в качестве баз для оперирования против испанского судоходства и, в частности, для перехвата «серебряных флотов». Ожидалось, что все попытки короля Филиппа выбить англичан из указанных мест потерпят фиаско и он вынужден будет искать мира с Англией.
Экспедиция, как обычно, должна была снаряжаться за счет частных инвесторов. Королеве предложили войти в долю. Надеясь получить львиную долю добычи, Елизавета согласилась выделить «на дело» шесть военных кораблей и два пинаса, осадное оборудование, оружие и доспехи для сухопутных сил, четырехмесячный запас провианта и 20 тысяч фунтов стерлингов наличных денег. Дрейк и Норрис тоже добавили к этому по 20 тысяч фунтов. Предприниматели из лондонского Сити подписались на 10 тысяч фунтов, еще пять тысяч дали старые компаньоны Дрейка из юго-западных графств. В целом снаряжение так называемой Английской армады обошлось в 100 тысяч фунтов стерлингов.