В пятницу 9 (19) апреля флибустьеры двинулись дальше вдоль берега реки. Туземцы время от времени снабжали их бананами, корнями кассавы и маисом.
Утром 10 (20) апреля, в то время, когда пираты готовились к продолжению марша, между Коксоном и Харрисом неожиданно вспыхнула крупная ссора Причины ее неизвестны. Однако, учитывая последующие события, можно предположить, что разногласия касались вопроса о верховном командовании экспедицией. Как бы там ни было, разругавшись с Харрисом, Коксон выстрелил из ружья в сторону своего противника, но промахнулся. Тот приготовился ответить ему тем же, но их товарищ Шарп вовремя вмешался и разнял их. Эта ссора, безусловно, повлияла на решение разделить весь отряд на две большие группы. В то время как Харрис с основным контингентом продолжал двигаться по суше, Коксон с Шарпом и Куком, а также с 60 людьми и примерно 15 индейцами куна под предводительством Андреаса погрузились на 14 каноэ. По данным Бэзила Рингроуза, в каждом каноэ разместилось по два индейца-проводника.
Спуск по реке оказался более утомительным, чем движение по суше, поскольку каноэ приходилось постоянно перетаскивать то через песчаные банки, то через пороги, то через поваленные деревья. Вечером лодки вытащили на берег, где соорудили несколько хижин и расположились на ночлег.
На следующий день, в понедельник, группа Коксона потеряла из виду главный отряд, двигавшийся по суше. Коксон и его люди начали подозревать, что их индейские союзники преднамеренно отделили их от товарищей, чтобы истребить по просьбе испанцев. Они избавились от своего страха во вторник 13 (23) апреля, когда все встретились на берегу реки в том месте, о котором говорили индейцы. «Мы простояли там весь день, желая отдохнуть и привести в порядок наше оружие», — писал капитан Шарп.
14 (24) апреля весь отряд — 327 флибустьеров и 50 индейцев — поднялся на заре и погрузился на 68 каноэ. Если до этого они двигались по воде, используя длинные шесты или палки, то теперь, находясь уже недалеко от цели своего путешествия, индейцы и англичане вооружились веслами и работали ими весьма энергично. В полночь каноэ пристали к заболоченному берегу примерно в полумиле от Санта-Марии (по данным Шарпа — в двух милях). Чтобы не утонуть в болотной грязи, пираты соорудили из весел и веток деревьев простейшие гати. Затем им пришлось прорубать себе дорогу через густые заросли леса, в котором все заночевали.
15 (25) апреля, примерно в шесть утра, флибустьеры были разбужены ружейным выстрелом и барабанным боем, означавшими, что их прибытие в окрестности Санта-Марии не осталось незамеченным. Отряд тут же построился и двинулся к городу. Испанцы укрылись в форте, окруженном палисадом высотой до 12 футов. «Капитан Ричард Сокинс, — сообщает Уильям Дик, — бросился к частоколу, и весь отряд бросился за ним так быстро, как только мог. И стреляли по частоколу, а они [испанцы] стреляли в нас из своих аркебузов, бросали пики и пускали стрелы. У них за частоколом было около 200 человек. Мы убили около 70 человек Потом мы полчаса дрались с ними, капитан Ричард Сокинс ринулся к частоколу с 2 или 3 храбрецами, прорубил 2 или 3 очень крепких частокола и проник внутрь. Они тут же попросили пощады, которая была им дана».
Согласно данным Бэзила Рингроуза, испанцы потеряли 26 человек убитыми и 16 — ранеными. Кроме того, уже после окончания сражения индейцы в отместку за былые обиды истребили еще около 50 испанцев, и они продолжили бы бойню, если бы не вмешательство пиратов, которым удалось спасти от истребления около 260 испанцев. От пленных флибустьеры узнали, что комендант города сбежал с двумя женщинами и двумя неграми-рабами; кроме того, предупрежденный заранее о присутствии пиратов в их землях, отряд испанцев из 200 человек успел уйти в сторону Панамы с большим количеством золота.
Добыча, взятая в Санта-Марии, оказалась мизерной: немного серебра и золотого песка, вино, бренди, свинина и хлеб. Разочарованный результатами похода, капитан Коксон возглавил недовольных и сообщил о своем намерении вернуться на карибское побережье. Наверняка за ним последовали бы и другие, и сторонники продолжения похода к побережью Тихого океана могли остаться в меньшинстве. Чтобы удержать Коксона, Харрис и Сокинс предложили ему стать главнокомандующим. Он дал свое согласие в пятницу 16 (26) апреля.
В день избрания Коксона «генералом» скромная добыча, взятая в Санта-Марии, была отправлена на карибское побережье с несколькими пленными под охраной дюжины флибустьеров. Коксон выделил также десяток других пиратов, которые под командованием капитана Сокинса спустились на шестивесельном каноэ вниз по реке Бока-Чика, пытаясь догнать сбежавшего коменданта Санта-Марии.
На следующий день, 17 (27) апреля, Коксон велел сжечь форт, церковь и весь город; это было сделано по просьбе верховного касика индейцев, которого англичане называли «королем Золотая Шапка». Хотя большинство куна возвратилось тогда назад, сам касик, несколько его родственников и «капитаны» Андреас и Антонио остались с пиратами.
В качестве главного проводника Коксон взял испанского офицера из гарнизона Санта-Марии, которого он спас от преследования индейцев. Этот испанец похитил старшую дочь Золотой Шапки и жил с ней в Санта-Марии. Чтобы флибустьеры не выдали его индейцам, испанец обещал привести их в Панаму, прямо к дому президента королевской аудиенсии. Затем, имея в общей сложности 305 человек, пираты на 35 каноэ и одной пироге, взятой в селении, оставили руины Санта-Марии и двинулись вслед за капитаном Сокинсом по Бока-Чике. Они обнаружили Сокинса около полуночи немного выше по течению реки. Из-за проливных дождей река вышла из берегов, опрокинув несколько каноэ. 18 (28) апреля, незадолго до полудня, большая часть флотилии достигла наконец устья реки, впадавшей в залив Сан-Мигель. Выйдя в Тихий океан, Коксон достиг маленького острова, на котором комендант Санта-Марии оставил двух рабов для разгрузки лодки. На этой посудине «генерал» флибустьеров снова отправил капитана Сокинса на поиски испанского коменданта, однако участники погони вернулись ни с чем.
На следующий день Коксон вышел со своими каноэ в Южное море. Началась новая страница флибустьерской эпопеи, связанная с операциями в тихоокеанском регионе.
Поход флибустьеров на город Леон, лежащий на берегу озера Манагуа в Никарагуа, был осуществлен летом 1685 года под общим командованием капитана Эдварда Дэвиса Кроме команды Дэвиса в нем участвовали экипажи еще нескольких капитанов, оперировавших в то время у тихоокеанских берегов Центральной Америки, а именно: Чарлза Свана, Фрэнсиса Таунли, Уильяма Найта, Питера Харриса и Жана Роза План этого предприятия созрел в головах джентльменов удачи во время стоянки на острове Койба; поскольку их активность в Южном море полностью парализовала испанские перевозки у тихоокеанских берегов, дальнейший поиск богатых испанских судов потерял для пиратов всякий смысл.
Подробности леонской экспедиции известны из сочинения Уильяма Дампира, принимавшегося в ней непосредственное участие.
«Капитан Дэвис сделал два очень больших каноэ… В месячный срок мы завершили все наши дела и были готовы отплыть. Тут капитан Харрис решил положить свой корабль на бок, чтобы очистить его, но он был старым и полностью прогнившим; поэтому он и все его люди перешли на борт судов капитана Дэвиса и капитана Свана… 18 июля Жан Роз, француз, и еще 14 человек из команды капитана Гронье, сделав новое каноэ, прибыли на нем к капитану Дэвису и пожелали служить под его командованием; и капитан Дэвис принял их, поскольку у них имелось свое каноэ.