6 (16) марта полномочия Моргана в качестве генерал-лейтенанта и вице-губернатора были зачитаны в Порт-Ройяле. На следующий день в Сантьяго-де-ла-Веге (Спаниш-Туане) собрался Совет Ямайки. В британском «Календаре государственных бумаг» записано:
«Протокол Совета Ямайки. Присутствовали: сэр Томас Линч, губернатор, сэр Генри Морган, полковник Чарлз Уитфидд, полковник Томас Баллард, подполковник Роберт Биндлосс, майор Энтони Коллир, Сэмюэл Лонг и Джон Уайт. После зачитывания отмены полномочий сэра Томаса Линча было признано, что сэр Генри Морган, будучи назначенным вице-губернатором в силу собственноручной подписи Его Величества… в достаточной степени облечен властью, дабы взять на себя управление [островом]; после этого сэр Томас Линч сложил с себя управление, и было приказано сразу же издать прокламацию о том, чтобы все лица, военные и гражданские, продолжали исполнять свои обязанности до дальнейшего распоряжения. После сообщения, сделанного сэром Генри Морганом по поводу крушения судна капитана Напмена на острове Ваш, было решено со всей возможной поспешностью отправить туда шлюпы и лодки, дабы спасти столько грузов Его Величества, сколько удастся».
Через четыре дня Совет острова, заседавший в Порт-Ройяле, принял постановление о передаче Моргану как главнокомандующему сухопутными и морскими силами Большой печати Ямайки.
Вечером 14 (24) марта на борту «Форсайта» в Порт-Ройял прибыл лорд Воан. Его встретили артиллерийским салютом и, как писал Морган, «устроили для него прием в Королевском доме за прекрасным ужином». Утром лорд Воан взял управление островом в свои руки, о чем свидетельствуют записи в регистрах Совета Ямайки: «Присутствовали: лорд Джон Воан, генерал-капитан и пр., сэр Генри Морган, полковник Джон Коуп, полковник Чарлз Уитфилд, подполковник Роберт Биндлосс, подполковник Томас Фаллер, майор Энтони Коллир и Джон Уайт. Зачитаны полномочия Его Превосходительства, скрепленные Большой печатью, в силу которых Совет Его Величества также был сформирован».
Лорд Воан дал клятву верности и присягнул как генерал-капитан и верховный губернатор Ямайки, а Морган сделал то же самое в качестве вице-губернатора. Все офицеры, как военные, так и гражданские, остались на прежних постах и должны были исполнять свои обязанности «до дальнейшего уведомления».
В тот же день губернатор осмотрел фортификации Порт-Ройяла, за которые отвечал комендант Теодор Кэри, а 16 марта отправился в Сантьяго-де-ла-Вегу. Очевидец сообщает, что его сопровождали 150 всадников, рота пехотинцев, семь карет и «лучшие люди» Ямайки. В столице острова губернатора встретили еще две роты пехотинцев, после чего Воан был приглашен на ужин в дом сэра Томаса Модифорда.
На заседании Совета Ямайки, состоявшемся 29 марта (8 апреля), бывшего губернатора попросили представить отчет о состоянии вооружения, а также запасах пороха и боеприпасов в Порт-Ройяле. Поскольку Линч «умолял продлить срок сдачи отчета об оружии и амуниции по причине болезни полковника Теодора Кэри, капитана форта Чарлз», совет постановил, «чтобы сэр Генри Морган, подполковник Роберт Биндлосс и полковник Уильям Бистон приняли и изучили этот отчет, после чего вернули оный Его превосходительству».
Ревизия королевских складов показала, что в них хранится лишь 14 бочонков пороха — этого, по мнению Моргана, «не хватило бы и на три часа сражения». Было установлено, что часть порохового запаса Линч продал испанцам.
2 (12) апреля Морган, Биндлосс и Бистон «были назначены комиссионерами адмиралтейства». Проверив отчеты о захваченных призах, комиссия Моргана установила, что в период губернаторства Линча имел место «величайший обман в мире». Капитан Джордж Гэллоп, командовавший кораблем «Томас энд Фрэнсис», в консорте с приватирским судном «Флайинг хорс» в феврале 1674 года захватил голландское невольничье судно «Сусанна» с большим количеством африканцев на борту и, прежде чем привести приз в Порт-Ройял, тайно переправил часть невольников на свою ямайскую плантацию. Морган полагал, что доход от этого приза, оценивавшийся в семь тысяч фунтов стерлингов, должен был принадлежать королю. Когда лорд Воан потребовал от Линча объяснений, экс-губернатор с невинным видом заявил, что вся выручка от продажи «Сусанны» и рабов пошла в карман капитану Гэллопу.
День спустя лорд Воан обнародовал в Порт-Ройяле королевскую прокламацию, повелевавшую всем английским приватирам, служившим иностранным государям, немедленно уйти с этой службы и вернуться на Ямайку. Добровольно сдавшимся обещали амнистию «за все грабежи, которые ранее были совершены ими против испанцев». Однако большинство флибустьеров проигнорировали это требование.
16 (26) апреля капитан Напмен написал судовладельцу Олдермену отчет, каким образом он потерпел кораблекрушение и какую часть груза ему удалось спасти. В «Календаре государственных бумаг» этот отчет приводится в сокращенном виде: «Без сомнения, он был уже извещен о несчастной потере 25 февраля судна “Джамайка мерчент” на восточной стороне острова Ваш, к югу от Эспаньолы, в 24 часах плавания от этого порта. Не понимает, какой злой гений привел его туда, и никогда еще не было человека более изумленного, чем он, учитывая курс, которого они придерживались. Все люди уцелели, а через 5 или 6 дней некий капитан Томас Роджерс, ямайский приватир, плавающий теперь на французской службе, отвез сэра Генри Моргана и всех пассажиров на Ямайку, но он и его люди остались, чтобы спасти, по возможности, груз Его Величества и корабельное снаряжение; он был вынужден предложить им одну треть из того, что им удастся спасти, иначе не смог бы заставить их делать что-либо. Прошел месяц, прежде чем они добрались до Порт-Ройяла; за это время они сохранили большую часть груза Его Величества… С трудом спас золото мистера Олдермена и его сына, поскольку был вынужден плыть с ним на спине. Оставил небольшой шлюп, чтобы охранять корабль в интересах короля, и после этого лорд Воан послал два больших шлюпа, дабы спасти то, что еще можно было сберечь… Дает опись спасенного груза Его Величества, в том числе: 8 баррелей пороха, 458 ручных гранат, 301 мушкет с ударно-кремневым замком, 480 карабинов, 2667 длинных пик, 186 кремневых драгунских пистолетов, 10 000 кремней, 805 бумажных патронов, 78 пистолетов, 544 ядра для кулеврин, 323 ядра для полупушек, 2 петарды».
Тем временем Морган продолжал осваиваться на новом для него поприще. Дни его в основном были заполнены рутинной работой, связанной с изучением отчетов о состоянии острова и нужд его жителей. 26 апреля (6 мая) лорд Воан и ассамблея Ямайки, собравшаяся в Сантьяго-де-ла-Веге, рассмотрели 45 актов, законов и уставов по улучшению социальных и экономических отношений в колонии. В частности, предусматривались меры по сохранению поголовья крупного рогатого скота; улучшению управления сервентами и упорядочению отношений между ними и хозяевами; предотвращению ухода моряков с кораблей в поисках спиртного; усилению надзора за африканскими невольниками; формированию милицейских сил; восстановлению и поддержанию в надлежащем порядке дорог на всем острове, особенно тех, что ведут к церквям и рынкам; предотвращению мошенничества со стороны производителей и продавцов рома; минимизации убытков от возможных пожаров; установлению денежных курсов; регулированию цен на мясо в розничной торговле; регулированию действий шерифа во время проведения казней; недопущению торговли спиртными напитками лицами, не имеющими на это лицензии; недопущению пьянства, богохульства и ругани в общественных местах; суровому наказанию за кражу лодок, каноэ, барок и иных судов в любой части острова; недопущению судебного преследования лиц по внешним долгам в течение пяти лет после их прибытия на Ямайку; сохранению саванн и небольших плантаций; учреждению верховного суда в Сантьяго-де-ла-Веге и т. д.