После этого внутренний угандийский конфликт перешёл в новую стадию. Главным оппозиционным движением стала Армия сопротивления Господа (АГС), основу которой составляют представители народа ачоли (группа нилотов). С 1987 г. АГС ведет борьбу против центрального правительства. Районы базирования и проведения операций — север Уганды, Южный Судан, восток Демократической Республики Конго и Центральноафриканская Республика. Многочисленные попытки силовых структур Уганды уничтожить АСГ долгое время заканчивались ничем.
В марте 2002 г. угандийская армия провела против АГС операцию «Железный кулак» на территории Южного Судана, которая не достигла цели в первую очередь, из-за отсутствия разведданных, плохой связи и низкой мобильности армейских частей. Боевики оторвались от преследования и в свою очередь нанесли несколько ответных ударов. В дальнейшем армия Уганды проводили более успешные операции, используя данные авиаразведки США.
В декабре 2008 г. с одобрения Совета безопасности ООН Уганда, ДРК и Судан провели совместную операцию «Удар молнии» против боевиков АГС. В результате отряды боевиков были рассеяны, но не уничтожены.
Правительство Уганды утверждает, что АГС связана с сомалийской экстремистской группировкой «Аш Шабаб». Африканский Союз включил её в список террористических организаций. В итоге на фоне «войны с международным терроризмом» в конфликт вмешались и США. В октябре 2011 года президент США Барак Обама объявил о посылке в Уганду около ста бойцов сил специальных операций (армейские инструкторы, специалисты по связи и сбору разведданных) с целью уточнения мест дислокации боевиков АГС и принятия мер по их разоружению или уничтожению. Планируется, что американские военные будут действовать также на территории ДРК, Центральноафриканской республики и Южного Судана в тесном контакте с силовыми структурами этих стран.
Этот район характеризуется не только конфликтами разной интенсивности, но и классическими межгосударственными войнами, что не типично для африканского континента. Военно-политический ландшафт Африканского Рога в постколониальный период всегда определялся борьбой расположенных здесь государств за доминирующую роль в регионе. Поначалу это было противостояние Эфиопии и Сомали, но после падения режима Сиада Барре в 1991 г. и распада Сомалийской Республики, место Сомали заняла независимая Эритрея.
Война за независимость Эритреи (1961–1991 гг.) показала неспособность Аддис-Абебы (и в период монархии, и после революции 1974 г.) — справится с повстанческим движением, несмотря на огромный количественный перевес в войсках и широкую военную помощь сначала США, а потом СССР.
Фронт освобождения Эритреи (ФОЭ) начал боевые действия против центрального правительства, имея весьма слабую военную организацию, но к 1965 г. она была значительно реформирована и укреплена. Структурно вооружённые формирования ФОЭ делились на четыре зоны ответственности. Но, по сути, они состояли из почти не подчинявшихся центральному командованию автономных партизанских отрядов. Их командиры действовали, исходя из интересов доминирующих в их зонах этнических групп.
В партизанском движении взаимоотношения мусульман и христиан оставались непростыми. Однако специально для христиан была создана пятая оперативная зона, которая включала провинцию Хамасен вместе со столицей Асмэрой. Это принципиально изменило отношение императорского правительства к конфликту. Если раньше он рассматривался как традиционная для этого региона война с мусульманскими повстанцами, и для борьбы с ними привлекались полувоенные части и полиция, то теперь под сомнение ставилось «христианское единство» Эритреи и Эфиопии. В 1967 г. для «умиротворения» региона была привлечена целая армейская дивизия. Сопротивление ФОЭ было слабым и плохо скоординированным.
Поражение 1967 г. с одной стороны привело к централизации командования, с другой, привела к расколу ФОЭ, что в последующем привело к жестокой межфракционной войне. Её итогом стало появление Народного фронта освобождения Эритреи (НФОЭ), провозгласившего себя марксистско-ленинской организацией.
12 сентября 1974 г. эфиопский император Хайле Селассие был низложен. К власти пришёл Координационный комитет вооружённых сил, полиции и территориальной армии, ставший известным под амхарским названием Дерг (совет). Позже Комитет был переименован во Временный военный административный совет (ВВАС). 11 февраля 1977 годя председателем ВВАС стал Менгисту Хайле Мариам.
ВВАС провозгласил социализм конечной целью эфиопской революции, что совпадало с лозунгами эритрейских повстанцев. Но в мае 1976 г. была опубликована программа политического урегулирования в Эритрее на основе автономии, но в рамках единого государства, что не устраивало сепаратистов.
Они попытались использовать вызванное революцией ослабление противника и двинули свои отряды к Асмэре, где в сентябре 1974 г. разбили свои лагеря в прямой видимости города. Но следующий месяц сепаратисты потратили на столкновения между собой, пока, наконец, уступив просьбам ежедневных делегаций из Асмэры и близлежащих деревень прекратить конфронтацию, не преступили к переговорам, единственным результатом которых стала совместная частично успешная атака эритрейской столицы в конце января 1975 г., где из тюрьмы были выпущены две тысячи политических заключенных.
В январе 1977 г. повстанческие фронты начали мощное наступление. В результате в их руки попали все города Эритреи, кроме Асмэры и портов Массауа и Асэб. НФОЭ добился больших успехов, взяв под контроль центральное плато, регионы Керен и Сахель, ФОЭ удерживал западные равнины и часть побережья.
Стотысячная эфиопская группировка вошла в Эритрею после окончания войны за Огаден в 1978 году. Повстанцы опять действовали раздельно. При абсолютном превосходстве в вооружениях и сильной авиаподдержке, ВС Эфиопии быстро разгромили отряды ФОЭ, которые отступили в западную пустыню. НФОЭ предприняло организованное стратегическое отступление, без сопротивления отступив в горы Сахель. Потеряв все города, боевики сумели удержать свою «столицу» Накфу.
В августе 1981 г. НФОЭ выбил отряды ФОЭ в Судан, где они были разоружены. Расправившись с главным соперником, НФОЭ в 1984 г. предпринял решительную атаку против эфиопских войск. В январе был взят город Тессеней рядом с суданской границей, а в июле партизаны взяли важнейший стратегический пункт Баренту. Однако удержать его не смогли из-за отсутствия тяжёлого вооружения.
В борьбе против центрального правительства огромную помощь НФОЭ оказали отряды Национального фронта освобождения Тиграй (НФОТ). НФОТ был образован в феврале 1975 г. в примыкающей к Эритрее провинции Тиграй. Если НФОЭ добивался отделения Эритреи, то руководство НФОТ считало своей главной целью борьбу с доминированием амхарской элиты в Эфиопии. Спорными оставались и вопросы стратегии и тактики повстанческой борьбы. Военная доктрина НФОЭ состояла из трёх пунктов: