Какое-то время Зигги служил на борту минного тральщика. Дважды он был участником боевых действий, а во время второго похода корабль был потоплен, и ему пришлось бороться за жизнь в открытом море. Позже, когда руководство флота искало добровольцев для службы на субмаринах, Брандт поднял руку.
В феврале 1943 года подлодка «U-108», на которой служил Брандт, подверглась бомбардировке атаковавших ее британских самолетов и обстрелу с эсминцев в Атлантике, к западу от Гибралтара. Боевая рубка была серьезно повреждена, и субмарина потеряла способность к погружению. Подбитая лодка, будучи беззащитной мишенью для вражеских самолетов и кораблей, которые могли появиться в этом районе, тащилась по поверхности к своей базе в Лориен, Франция. Ей удалось добраться до места, однако этот опыт оставил глубокий след в душе Брандта. Во время атаки он умолял командира осуществить погружение, но тот выбрал позицию ожидания. Когда на них пикировали самолеты противника, Брандт видел, как командир рассматривал фотографии детей: пример того, как сражение на борту подлодки может сковать нервы самого выдержанного офицера.
Во время отпусков домой Брандт и его друг Фритц слушали джаз и свинг, беседуя о безнадежности войны. Они по-прежнему отпускали остроты по поводу Гитлера, сомневаясь в его лидерстве и способности принимать решения. Помимо прочего, став офицером, Брандт еще больше презирал Гитлера и с негодованием думал о том, что он сам и многие другие военные были всего лишь винтиками колоссальной машины.
Брандт провел значительную часть уходящего 1943 года, готовясь к службе на подлодке. Примерно в это время его брат Норберт, которого нацисты грозились стерилизовать, вступил в армию. Члены местной нацистской партии в Зинтене продолжали изводить Отто и Элизу в связи с их верой и отказом вступить в партию, игнорируя тот факт, что Зигги был офицером подводного флота. Угроза депортации в концентрационный лагерь постоянно нависала над семьей Брандтов.
Ближе к октябрю 1943 года Брандта назначили первым помощником подводной лодки новейшего типа IX «U-869», строившейся на верфи Дешимаг в Бремене. Он познакомился с командиром лодки Гельмутом Нойербургом и старшим механиком — несколько меланхоличным человеком по имени Людвиг Кесслер. Во время боевой подготовки Брандт проявил себя как превосходный профессионал, верный долгу и готовый умереть за Германию. Во время поездок домой он упоминал о «U-869» как о «нацистской подводной лодке», произнося слово «нацистская» с сарказмом и презрением. Иногда брат Ганс-Георг, уже тринадцатилетний, слышал, как его брат называл свою подлодку «железным гробом».
Команда «U-869» продолжила подготовку до весны 1944 года, волнуясь накануне первых инспекторских проверок, которые называли «Argu-Front» (фронтовыми испытаниями) и которые должны были пройти возле польского рыбацкого полуострова Хела. В море первый помощник Брандт руководил одной из трех вахт, в то время как капитан Нойербург мог принять участие в любой вахте. Оба казались команде сильными и опытными людьми, хотя Нойербург по-прежнему с трудом протискивал свое длинное тело и широкие плечи сквозь узкий палубный люк, ведущий в центральный пост.
В период с марта по октябрь 1944 года «U-869» прошла пять фронтовых испытаний. Каждый раз Нойерберг проявлял себя отлично, командуя подлодкой и пуская торпеды со снайперской точностью. Точное поражение торпедами учебных целей прибавляло уверенности команде «U-869», наблюдавшей за действиями Нойербурга, а их вера в него как лидера укреплялась. Во время тревог или учебных нештатных ситуаций, а также погружений, экипаж действовал быстро и умело: единый организм с коллективным рефлексом воспитывался на беспрестанных учениях и на трезвом осознании опасностей, перед лицом которых они находились. На каждом этапе боевых испытаний Нойербург не выказывал ни страха, ни беспокойства. Так же как знаменитые асы подводной войны, легенды флота, увлеченно читавшие романы в то время, когда вокруг их субмарин рвались глубинные бомбы, Нойербург оставался спокойным, какой бы угрожающей ни была ситуация. Команда прониклась к нему еще большим уважением.
Но, несмотря на растущий профессионализм и сплоченность боевой единицы, члены экипажа «U-869» оставались реалистами. Они знали, что всего лишь горстка из них обладала опытом службы на субмаринах. Многие знали или подозревали о том, что союзники обладали противолодочной техникой, которой немецкий военный флот не мог ничего противопоставить. Когда Гушевски служил на борту «U-602» в 1942 году, ее команда часто веселилась, но на «U-869» мало кто проявлял легкомыслие.
Монте-Кассино пал. Союзники высадились в Нормандии. Родные города подводников подвергались бомбежкам. Десятки немецких подлодок пропадали без вести или гибли во вражеских водах. Германия, как было ясно многим, находилась на грани полного краха.
Тем не менее никто не решался говорить о своих опасениях в открытую. Бойца, который критиковал Гитлера или военную политику, могли обвинить в «Wehrkraftzersetzung» (подрыве военной власти) и судить военным трибуналом. Никто не был уверен в том, кому можно доверять. Гушевски не видел веселья среди команды «U-869», но не видел он и стычек, которые частенько возникали на «U-602» — никаких яростных перебранок из-за того, что люди перенапрягались или страдали клаустрофобией на борту субмарины. Мрачные и серьезные, члены экипажа «U-869» держались по большей части особняком. Гушевски с грустью отмечал, что никто ни с кем не задирается.
В начале лета 1944 года, когда лодка стояла у причала в Готенхафене, Нойербург устроил для экипажа праздничный обед прямо на борту. Брандт и старший механик Кесслер были отправлены на берег. Крепкий шнапс и пиво свободно разливались на субмарине, подавалась отличная еда, по громкоговорителям лодки транслировалась популярная музыка. Вскоре многие моряки опьянели. За все это время Нойербург выпил едва ли два глотка. Он просто наблюдал за людьми, изучая их поведение, прислушиваясь к тому, что они говорят. Даже находясь в подпитии, команда, похоже, догадывалась о цели вечеринки: Нойербург проверял их, нащупывая слабое место каждого человека, ожидая любого признака неповиновения ему, или, как многие думали, нацистской партии. Возле своей радиорубки Гушевски пил, не спеша, и думал: «Это нечестно. Так нельзя испытывать людей». Однако никто из членов экипажа не произнес ни одного крамольного слова, не выказал сомнений. Когда вечер закончился, Гушевски подумал: «Брандт не стал бы проверять команду таким способом. Эти двое совершенно разные».
Вечеринка, устроенная Нойербургом, заставила некоторых членов команды еще раз задуматься о его принадлежности к нацистской партии. Хотя офицерам было запрещено членство в какой-либо партии, Нойербург выказывал такую приверженность долгу, так строго придерживался устава, что немногие удивились бы, прояви он симпатию к нацистам.
Однажды, когда Нойербург поднимался на борт «U-869», команда приветствовала его криком «хайль» вместо приветствования, положенного по военному уставу. После недавнего покушения на Гитлера вышел новый приказ правительства: боевые офицеры должны салютовать друг другу партийным приветствием «хайль». Нойербург набросился на команду и сказал, что требует от них уставного приветствия и что «хайль» никогда не будет звучать на борту его субмарины. Некоторые члены экипажа попытались рассказать ему о новом приказе. Нойербург ответил, что его это не интересует. «Хайль» больше никогда не прозвучит на борту «U-869».