Последние свои громкие налеты, когда в городах бандитам стало жарко, Котовский совершил в местах, где начиналась его разбойничья юность. 28 мая 1916 года в бардарском лесу котовцы ограбили купцов Левита и Кимельфельда, разжившись значительной суммой денег. 17 июня на ганчештской дороге та же участь постигла богатых купцов Гершенгольда и Ницканера. Но прокутить награбленное Котовский и его товарищи не успели.
По поводу этого налета газета «Голос Кишинева» писала, что «после долгого перерыва атаман разбойничьей шайки Григорий Котовский снова появился у нас и принялся за вооруженные грабежи». И тот же «Голос Кишинева» 23 июня опубликовал сообщение, что за поимку Котовского назначено вознаграждение в две тысячи рублей. Тут же была помещена и его фотография.
И буквально на следующий день это объявление принесло результат.
Сдал Котовского кто-то из подельников, прельстившись наградой и амнистией. Имя предателя до сих пор неизвестно. 24 июня 1916 года предатель явился в Кишиневе в губернское полицейское управление и сообщил, что Котовский скрывается в Бендерском уезде на хуторе Кайнары помещика Стаматова, где служит ключником (помощником управляющего), и имеет подложный паспорт на имя Ивана Ромашкина. Имение было обширное, разбросанное на десятки верст. Фактически же Котовский исполнял обязанности управляющего, получая весьма приличное жалованье — 800 рублей в год. Днем он усердно трудился, объезжал всё имение, строго спрашивал с батраков. Ночью же, на конях, со своими подельниками, часть из которых тоже служила у Стаматова, жег и грабил соседние имения. А когда надо было прищучить кого-нибудь в Одессе или Кишиневе, управляющий Ромашкин брал краткосрочный отпуск по семейным обстоятельствам.
В автобиографии Котовский утверждал, что и у Стаматова в имении занимался революционной работой: «Веду агитаторскую и пропагандистскую работу среди рабочих, которые состоят из пленных австро-венгерцев, солдат русской старой армии больших возрастов и деревенской бедноты окружающих сел, которых работает в этом имении свыше трех тысяч человек. Веду также работу между частями сапер, роющими окопы на территории имения». Окопы копали на тот случай, если в Бессарабию придут австро-германские войска.
Сразу же в Бендерский уезд на автомобиле был направлен полицейский отряд во главе с кишиневским полицмейстером Славинским и кишиневским исправником Хаджи-Коли. Во избежание утечки информации, только они знали о подлинной цели миссии. Рядовых полицейских о задании проинформировали, только когда оказались в имении помещика Недова, соседа Стаматова.
Доносчик получил две тысячи рублей, а захватившие Котовского полицмейстер Славинский и исправник Хаджи-Коли — пять тысяч.
Арест произошел 25 июня 1916 года. Перед арестом за ним несколько часов следили. Григорий Иванович после физзарядки успел съездить в поле, распределить работу между батраками и к двенадцати часам вернуться в имение. Тогда-то его и взяли. Полицейские пришли переодетые крестьянами и завязали с Котовским разговор о найме поденщиками. Котовский заподозрил неладное и попытался ускакать. Но его блокировали на ячменном поле. При аресте атаман оказал сопротивление и был тяжело ранен в грудь навылет. Его сковали по рукам и ногам и под конвоем из тридцати человек препроводили в кишиневскую тюрьму. При обыске квартиры Котовского на хуторе был найден браунинг с одним патроном вместе с запиской: «Сия пуля при трудном положении принадлежала для меня лично. Людей я не стрелял и стрелять не буду. Гр. Котовский». Нашли также большую корзину с огромными камнями, заменявшими Котовскому гири. На полке лежала стопка брошюр по гимнастике, стояло несколько флаконов одеколона. В этот день Котовский оставил револьвер в кармане пальто, что существенно облегчило его поимку.
Впоследствии этот последний арест в рассказах Котовского оброс многими фантастическими деталями. Леонид Утесов запечатлел один из них: «Никогда не забуду рассказа Григория Ивановича о том, как за ним охотился целый отряд жандармов.
…Когда было обнаружено место его пребывания, он выбежал из своего убежища и бросился в степь, в хлеба. Жандармы начали прочесывать хлебное поле. Колосья были высокие, и Григорий Иванович лежал, прижавшись к земле, надеясь остаться незамеченным. Но вдруг перед ним возникла толстая, красная, мокрая от пота рожа жандарма. Несколько секунд они смотрели друг на друга.
— Я понял, — сказал Григорий Иванович, — что должен кончить этого человека, но так, чтобы рожь не колыхнулась. И рожь не колыхнулась…
Григорий Иванович рассказывал мне этот эпизод с какой-то особой, я бы даже сказал, скромной улыбкой, словно хотел убедить меня, что ничего особенного, сверхчеловеческого он не сделал, что сделал он только необходимое. Необходимое-то необходимое, но какие душевные силы надо иметь для этого!»
К счастью, подобное хладнокровное убийство Григорий Иванович совершил только в собственном богатом воображении. При последнем задержании Котовского, кроме его самого, никто не был ни ранен, ни убит. А если бы даже один полицейский или жандарм был хотя бы ранен, Котовскому в военное время вряд ли удалось бы избежать смертной казни. Григорий Иванович это отлично понимал и кровь старался не проливать.
Сопровождали Котовского в Кишинев Славинский, Хаджи-Коли, пристав 3-го участка титулярный советник Гембарский, помощник пристава Чаманский и околоточный надзиратель Садовский. Хаджи-Коли доносил в жандармское управление, что «беглый каторжник Григорий Иванович Котовский задержан 25 июня с. г. утром на вотчине Кайнары Бендерского уезда».
Позднее Котовский придал своему последнему аресту поистине эпический размах: «В имение приезжают внезапно ночью наряды полиции, жандармерии и конных стражников свыше трехсот человек. Отчаянная борьба».
На допросе Котовский, как водится, отказался назвать имена своих сообщников. Зато он подробно рассказал о своей службе у Стаматова. Во дворе полицейского управления Котовского снял фотограф сыскного отделения. Его поимка стала всероссийским событием. Во всех газетах империи была напечатана телеграмма Российского телеграфного агентства: «Кишинев. 25 июня арестован беглый каторжник Григорий Котовский, много лет терроризировавший Бессарабию. За поимку его полиции выдано пять тысяч рублей».
Ряд соратников Котовского, почувствовав свою силу, стали действовать самостоятельно. Профессиональный грабитель Николай Радышевский после ареста Котовского продолжал «бомбить» богачей в Херсонской, Таврической, Киевской и Подольской губерниях. Михаил Берелев подался с частью банды в Ананьевский уезд Херсонской губернии, где грабил не только помещиков и торговцев, но и простых крестьян, часто убивая ограбленных и свидетелей нападения. Жертвами банды Берелева стали промышленник Нусинов, лесник Прокоп, сторож Жалко. Не брезговали берелевцы и конокрадством. Когда беспредельщика Берелева поймали, он просил повесить его «вместе с Гришей». Но его повесили, а Котовский и на этот раз уцелел.
Интересно, что так и не поймавшие Котовского руководители одесской полиции вскоре сами оказались за решеткой. Вот что писал писатель и журналист Виктор Сильченко, изучавший архивы одесской полиции: «В октябре 1916 года начальник сыскной части Гиршфельд и помощник нового полицмейстера Андреев с командой окружили кафе „Фанкони“ на Екатерининской улице. Лиц мужского пола попросили оставаться на местах. Дам выпустили.