Александр II издал манифест об амнистии для осужденных по политическим мотивам и для эмигрантов, кроме «закоренелых в своей неисправимости», разрешивший им вернуться на родину. В течение четырех лет в Царство Польское вернулось около 9 тысяч ссыльных и эмигрантов.
В Варшаве была открыта Медико-хирургическая академия, основано Сельскохозяйственное общество, а также воскресные и ремесленные школы. Наконец, была смягчена цензура. Появились новые газеты и журналы.
Медико-хирургическая академия стала одним из активных очагов националистического движения. Сельскохозяйственное общество было также пронизано шляхетским шовинистическим духом: его полугодовые собрания в Варшаве, на которые съезжались помещики со всех частей Царства Польского, были в тогдашних условиях подобием сессий польского сейма. В газетах и журналах постепенно начали появляться разного рода «политические вольности». Польское общество медленно, но упорно наступало на правительство.
Польская общественность уже не могла удовлетвориться только теми учреждениями, на которые получила официальное разрешение. Появились многочисленные «кружки», состоявшие главным образом из молодежи. Кружки вначале не имели определенного политического характера, но они сыграли огромную роль в деле оживления националистического и радикально-революционного движения. В них вырабатывалась идеология этого движения, создавались кадры его руководителей и будущая повстанческая организация.
Среди наиболее значительных можно назвать студенческий кружок в Медико-хирургической академии, возникший в 1858 году. Вначале кружок выдвигал задачи материальной и учебной взаимопомощи. Наиболее видным его руководителем был Ян Кужина, 25-летний сын провинциального полицейского, стремившийся к созданию конспиративной повстанческой организации. Весной 1859 года кружок Кужины сумел организовать студенческую политическую демонстрацию против учебной власти, издавшей постановление о проведении внеурочных экзаменов. Под влиянием кружка две трети студентов (из общего числа 318) организовали коллективный протест, выразившийся в одновременной подаче заявлений об уходе из академии. Учебные власти встревожились, но своего постановления не отменили. Были произведены аресты зачинщиков. Под давлением репрессий студенты уступили и взяли обратно свои заявления. Выступление студентов закончилось исключением из академии наиболее активных лиц, в том числе и Яна Кужины. Последний выехал в Париж.
Студенческий кружок, временно ослабленный, снова окреп осенью 1859 года в связи с началом деятельности Кароля Маевского. В академии Маевский организовал «Общество братской помощи», которое имело свою кассу и библиотеку. На собрания студенческих групп академии иногда приглашались учащиеся из других учебных заведений. Маевский старался завоевать влияние в разных кругах общества. Он имел связи с некоторыми городами Царства Польского и Познанской области, а также с Яном Кужиной в Париже.
Еще одним кружком, имевшим революционный характер и сыгравшим наибольшую роль в подготовке повстанческих кадров, был кружок Янковского, сложившийся в 1859 году. Янковский стремился объединить чиновников, ремесленников, служащих, писателей, купцов и т. д. Он имел постоянную связь и со студентами. В конце 1859 году по инициативе Янковского между ним и Маевским начались переговоры о слиянии, которые закончились созданием общего комитета, известного под названием «Варшавской капитулы». В состав этого комитета вошли Янковский, чиновник лютеранской коллегии Болеслав Денель, литератор Станислав Кшеминский, банковский чиновник Юлиан Верещинский (из кружка Янковского) и Кароль Маевский (из студенческого). Кроме того, ближайшее участие в работе новой организации принимали также братья Франковские (Ян, Станислав и Леон), Кароль Новаковский, Рафал Краевский, поэт Адам Аснык и др. Организация строилась на конспиративной основе и вскоре охватила своей сетью весь город. Ее целью была подготовка восстания. Собирались средства, распространялась нелегальная литература, проводились военные занятия, пропагандировалась идея мятежа в народе. Организация имела связи со многими городами Царства Польского, а также с эмиграцией. Янковский находился под большим влиянием Мерославского и держал контакт с его главным помощником Кужиной.
Летом 1860 года Янковский ездил в Париж для обсуждения некоторых вопросов с Кужиной и на обратном пути был арестован австрийской охраной на границе; его выдали русским властям, которые сослали его в Сибирь. Это обстоятельство ослабило организацию, комитет был распущен, Маевский снова обособился, и только осенью новые люди — прибывший из Парижа Францишек Годлевский, братья Франковские, Болеслав Денель — восстановили прежнюю организацию и даже усилили ее.
Большую роль в польских революционно-националистических кружках в России играли студенты, которых насчитывалось в то время в русских высших учебных заведениях около трех тысяч человек. Несмотря на контакты с русскими «революционерами», польские студенты практически не были озабочены социальными вопросами, а главной своей целью считали завоевание независимости Польши. При этом территории Литвы, Белоруссии и правобережной Украины они продолжали рассматривать как составные части Польши.
К числу ранних польских кружков относились польские землячества в Киевском университете, в котором насчитывалось около тысячи польских студентов (что составляло более 80 % всего состава). В 1857 году студенты создали узкую нелегальную организацию, построенную на основе троек (так называемый «Тройницкий союз»). Организация объединяла не только поляков, но и евреев, а также пропольски настроенных украинцев из числа униатов. К числу деятелей этого союза принадлежали Владислав Геншель, Влодимеж Милевич, Леон Гловацкий, Кароль Новаковский, Владимир Антонович, Фаддей Рыльский, Стефан Бобровский и др. «Тройницкий союз» организовал несколько студенческих протестов, конфликтов с властями и даже забастовок.
Наиболее тесно с русскими революционерами был связан польский кружок в Петербурге. В столице была довольно многочисленная польская колония, состоявшая из студентов, чиновников и офицеров. Студенты были объединены в землячество. В 1858 году оформилась нелегальная польская националистическая организация, ядро которой составлял офицерский кружок в составе некоторых слушателей военных академий (Артиллерийской, Инженерной и Генерального штаба). Наиболее видными деятелями этой организации, насчитывавшей до 70 человек, были офицеры Генерального штаба Зигмунд Сераковский и Ярослав Домбровский, историк Иосафат Огрызко, офицеры Зыгмунт Падлевский и Людвик Звеждовский, студент Лесного института Валерий Врублевский, студент университета Константин Калиновский.
Сераковский, сын мелкопоместного волынского шляхтича, еще в 1848 году, будучи студентом Петербургского университета, участвовал в революционном движении, за что был арестован и сослан в солдаты в Оренбургский край. По возвращении через восемь лет в Петербург Сераковский окончил Академию Генерального штаба и в чине капитана служил в Военном министерстве. В Петербурге Сераковский тотчас же возобновил свою революционную деятельность, познакомился с так называемыми революционными демократами, в том числе с Н. Чернышевским и Н. Добролюбовым, с которыми установил дружеские отношения. Он сотрудничал в журнале «Современник», пропагандируя свои сомнительные идеи. Летом 1860 года он встречался с Герценом в Лондоне и с Гарибальди в Италии.