А крепость жила своей особенной жизнью. Жизнь усложнилась, это особенно стало заметно в сентябре 1904 г. Уменьшились нормы потребления, гуляли болезни. Омрачало жизнь начальственное соперничество. Генерал Стессель категорически отказывался сдать командование. Он писал Куропаткину, своему другу со времен детства, весьма жесткие письма, в которых утверждал, что только он может справиться с проблемами сложившейся трагической ситуацией: «Всякий здесь знает меня, китайцы равно как и русские, и они доверяют мне, зная, что японцы войдут себя только через мой труп». Предлагаемый верховным начальством генерал Смирнов неизвестен офицерам. «Он, может быть, и прав по-своему, но он — профессор, а не боевой генерал». Но противники Стесселя — даже местные журналисты — писали во все концы, что его командование мешает серьезной работе в крепости.
У Куропаткина было много своих забот, и у него не было физических средств поменять Стесселя на Смирнова. Поэтому, укоряемые за потерю Наншаня Фок и Стессель, продолжали задавать тон в крепостной жизни. При этом Стессель писал прямо царю, и в начале сентября он был вне себя от радости, получив от самого императора орден Св. Георгия, даваемый, как известно только за подвиги на поле брани. Царь объявил гарнизону, что каждый месяц участия в осаде будет засчитываться за год полнокровной службы. Солдаты и офицеры продолжали ежедневную фортификационную работу, они копали траншеи и окопы, укрепляли бетонированные гнезда, ставили на наиболее удобные позиции орудия, мешали саперным работам японцев.
Осажденным мешала вражда между моряками и сухопутными. Превосходные в бою, моряки часто капризничали при более прозаических работах. Нужно сказать, что обе стороны жестоко страдали от болезней. Японцы страдали от бери-бери, тифа, дизентерии.
В Порт-Артуре начали заканчиваться припасы, лошади и ослы заменили все другие виды мяса.
Японцам помогало их традиционное феноменальное трудолюбие. Они изрыли подземными туннелями все подходы к крепости с восточной стороны (примерно 20 километров подземных переходов), их не могло остановить ничто, их упорство было бездонным. Они предпочитали зигзагообразные окопы, и они умело прикрывали эти подходы, вынимая сотни тонн земли, грунта, камня.
Высшее японское командование пыталось понять, в чем причины сложностей осаждающей стороны. Увы, японцам помог предатель — гражданское лицо, работавший при штабе; он сообщил командору Мори Гитаро практически полную картину русских укреплений. Посетив Третью армию в сентябре, генерал Кодама понял для себя несколько вещей. Прежде всего, нужны более мощные осадные орудия. Необходимы масштабные саперные работы. Кодама указал на важность высоты 203. Велись споры по поводу способа взятия Порт-Артура и в Токио. У Ноги была специальная почтовая служба, рассматривающая советы. Один из них заключался в том, чтобы стрелять в крепость перцем.
Неудачей русской стороны была недооценка высоты 203. Стессель приостановил крепление здесь мощных орудий. «Когда понадобится, я пошлю сюда батарею полевых орудий, и сам дьявол не взберется на этот холм». С него просматривалась бухта и многие укрепления. Со временем пришло лучшее понимание значимости этой высоты. Тогда русские вырыли два ряда окопов, на северном (из двух) пике установили два шестидюймовых орудия; на южном — два полевых. 1-я рота 28 полка и рота моряков устроились на высоте вместе с пулеметами и торпедными аппаратами. Беда была в том, что все эти укрепления были открыты внешнему миру, и рассчитывать на долгосрочную их оборону не приходилось.
Испытание подготовки гарнизона крепости к главным испытаниям наступило 18 сентября 1904 г. Японцы бросились на Фонтанный редут и, потеряв 500 человек, взяли его. Еще одной тысячи жизней стоило японцам взятие японской 1-й дивизией Башенного редута. Длинный и узкий с крутыми стенами холм, который японцы называли Намако Яма, подвергся атаке 1-го и 15-го пехотных полков под командованием генерала Ямамото. Ожесточеннейшая схватка закончилась потерей русскими этого холма. Установив на нем артиллерийские орудия, японцы приступили к артобстрелу высоты 203. 19 сентября, пользуясь прикрытием пулеметного огня с Намако Яма, японский резервный полк бросился на высоту 203. Японцы почти взяли высоту, но вовремя присланное подкрепление сбросило нападающих с крутых склонов. Теперь и русские в полной мере осознали стратегическое значение высоты 203 и начали быстро укреплять ее оборонительные позиции. На Северном пике установили новые орудия, создали каменные защитные стены на Южном пике.
Японское командование достаточно отчетливо понимало значимость освещения обстоятельств осады для огромного внешнего мира. Генерал Ноги часто приглашал ведущих журналистов выпить с ним саке. Они приходили в его простую двухкомнатную квартиру, расположенную в окрашенном белым китайском доме — прямо в зоне русского обстрела. В одной комнате стояла его армейская кровать, в другой находился его кабинет. В хорошую погоду он предпочитал работать под старой акацией в своем небольшом саду. Вокруг мирно бродили козы, бегали свиньи, китайские женщины и дети занимались своими домашними делами. Именно под указанной акацией и принимал Ноги корреспондентов крупнейших мировых агентств и печатных изданий. Американцы, указывая на его короткую полуседую бороду, сравнивали его с генералом Улиссом Грантом, главнокомандующим северян в гражданской войне. На нем всегда был короткий черный китель, белые кожаные бриджи и высокие сапоги. Ни при каких обстоятельствах он не менял этой своей униформы. «Чтобы руки стали теплыми», он ставил на стол бутылку шампанского.
Приметным развлечением было приглашение цирковых труп, но Ноги боялся отдать «глотателям мечей» свою боевую саблю, хотя отдавал часы и всю наличную монету. Его не смущала постоянная канонада, и он традиционно выражал сочувствие «генералу Стесселю, переживающему тяжелое время в крепости вместе со своими отважными солдатами». Подобная встреча с представителями прессы чаще всего завершалась осмотром позиций с японской стороны — с журналиста брали клятву о неразглашении тайны. Стоя на относительно невысоком холме, генерал и журналист осматривали сцены предшествующего боя, останки предшествующих боев, тела солдат в неимоверных позах, брошенное или сломанное оружие. Запах стоял неимоверный. Журналистам разрешали посещать места совсем недавних боев, они могли пройти в окопы, где совсем недавно располагались русские солдаты.
Японцы явно усилили свои наступательные возможности. Теперь к русским были обращены жерла 400 японских орудий, включая шестидюймовые пушки, снятые с линкора «Хатсусе». Орудия Круппа, захваченные у русских в Наншане, тоже стояли здесь. К началу октября Ноги получил шесть больших одиннадцатидюймовых осадных орудий. Их поместили на Намако Яма (откуда был виден практически весь город и гавань) и на высоту 174, взятую в августе.
Снаряды этих огромных японских пушек весили почти 250 килограммов. Одно из первых попаданий пришлось на мукомольный завод, что привело к страшному пожару. Пострадал дом генерала Стесселя, благо уже готов был подземный бункер, куда он скрылся со своим штабом. Горожане начали строить бомбоубежища, они обустраивали подвалы. Журналист Ножин вспоминает «условия осажденной крепости — утомление, постоянная неясность, отсутствие уверенности, и постоянное, неискоренимое чувство опасности начали сказываться на защитниках. У молодых людей отказывали нервы, и началась серия самоубийств». Крупные российские корабли старались уйти в самую отдаленную от японцев точку, в то время как менее крупные суда отправлялись днем в открытое море. Девять попаданий пришлось на эскадренный броненосец «Пересвет» только в один день; большие травмы были нанесены судну-госпиталю «Монголия», которое возвратилось после битвы в Желтом море. На эскадренном броненосце «Полтава» начался пожар.