Судя по размаху репрессий в руководстве Московской городской и областной парторганизации, они не могли совершаться без ведома и согласия Хрущева. По подсчетам Таубмэна, в ходе репрессий 1937–1938 годов из 38 высших руководителей в Московском горкоме и обкоме уцелело лишь 3 человека. Из 146 партийных секретарей других городов и районов Московской области 136 было репрессировано. Из 63 человек, избранных в Московский городской партийный комитет, 45 исчезло. Из 64 членов Московского обкома — 46 исчезло.
В записке комиссии Политбюро ЦК КПСС, составленной в декабре 1988 года, говорилось: «В архиве КГБ хранятся документальные материалы, свидетельствующие о причастности Хрущева к проведению массовых репрессий в Москве, Московской области… Он, в частности, сам направлял документы с предложениями об арестах руководящих работников Моссовета, Московского обкома партии». Однако репрессии отнюдь не ограничивались работниками партийного аппарата. В записке комиссии отмечалось, что «всего за 1936–1937 годы органами НКВД Москвы и Московской области было репрессировано 55 тысяч 741 человек».
И все же попытки партийных руководителей направить огонь исключительно против бывших кулаков, лиц «чуждого классового происхождения», членов иных партий и оппозиционных групп, провалились.
В эти годы немало доносов было написано в адрес начальства. На лиц, занимавших начальственные должности от «унтер-офицерских» до «генеральских», писали те, кто видел в них конкурентов на вакансии, открывшиеся после марта 1937 года. Доносы писали на тех, кого винили за многочисленные трудности и лишения тех лет, за аресты и гибель от голода родных и близких. Жертвы «красных» могли, наконец, попытаться расквитаться с теми, кто был виновником крушения их судеб. Жертвы «развернутого наступления по всему фронту» в деревне могли мстить тем, кто выселял их самих или их родных, мучил или издевался над ними и их семьями во время коллективизации или насильственного изъятия зерна.
Видным партийным руководителям могли мстить и те, кто пострадал от чисток и первой волны репрессий, начавшихся с 1935 года. К тому же борьба между различными группировками внутри партии, не прекращавшаяся с первых лет советской власти, теперь превратилась в войну на взаимное истребление. Члены правящей элиты спешили добиться привлечения своих противников к уголовной ответственности. Однако в ходе следствия арестованные старались опорочить своих обвинителей. Одновременно доносы на местных руководителей писали оставшиеся на свободе коллеги арестованных или их родные и близкие. В июне 1937 года первый секретарь ЦК КП(б) Узбекистана А. И. Икрамов обратился в Политбюро с просьбой получить санкцию на снятие Файзуллы Ходжаева с поста председателя Совнаркома Узбекистана «за связь с националистическими контрреволюционными элементами». Эта просьба была удовлетворена 24 июня и вскоре Ходжаев был арестован. А в сентябре пленум ЦК КП(б) Узбекистана исключил А. И. Икрамова из партии. В марте 1938 года Ходжаев и Икрамов стали подсудимыми на процессе по делу «правотроцкистского центра».
8 июля один из авторов первых предложений о «лимитах» по ссылкам и расстрелам, первый секретарь Омского обкома Д. А. Булатов, направил телеграмму в ЦК с просьбой санкционировать отставку председателя облисполкома Кондратьева. А 8 октября решением пленума обкома сам Булатов был снят со своей должности «за покровительство врагам народа». Вскоре он был арестован и расстрелян.
13 июля первый секретарь ЦК КП(б) Казахстана Л. И. Мирзоян направил телеграмму в Москву, в которой обвинял председателя Казахского ЦИК У. Кулумбетова в том, что он является активным участником «национал-фашистской организации». Юрий Жуков писал: «У. Кулумбетов был снят, арестован, расстрелян. Через год его судьбу повторил Мирзоян».
По настоянию первого секретаря ЦК КП(б) Туркмении Анна-Мухамедова 22 июля Политбюро санкционировало исключение из партии и передачу в органы НКВД председателя ЦИК Туркмении Надирбая Айтакова и ряда других видных лиц этой республики. А 5 октября был арестован и сам Анна-Мухамедов.
В августе первый секретарь ЦК КП(б) Украины С. В. Косиор обвинил председателя Совнаркома УССР П. П. Любченко в принадлежности к тайной организации «боротьбистов», члены которой, включая Любченко, вступили в РКП(б) еще в июле 1920 года. Любченко покончил жизнь самоубийством.
В те годы НКВД стал подобен глиняному великану Голему, которого, по древней легенде, создал пражский раввин Лёв бен Безалель. Предание гласило, что рабби Лёв оживлял чудовище магической формулой «шем ха фораш», вкладывавшейся в его рот в виде шарика. Разница была лишь в том, что для приведения в действие аппарата НКВД использовались доносы.
Сталин и его сторонники также могли использовать НКВД для того, чтобы устранить тех партийных руководителей, которые бестрепетно посылали тысячи людей на ссылку или смерть. Как писал Жуков, «может сложиться впечатление, что реформаторы, воспользовавшись ситуацией, решили под шумок продолжить расправу со своими старыми противниками. Уже не прибегая к таким формальностям, как одобрение пленума, они за три месяца сумели вывести из состава ЦК, КПК и ЦРК шестнадцать секретарей, почти сразу же арестованных, а затем расстрелянных». В июле был арестован первый секретарь Воронежского обкома Е. И. Рындин (в начале июля от Воронежской области был представлен запрос на расстрелы 850 человек и на высылку 3687 человек). В том же месяце были арестованы первые секретари: Саратовского обкома А. Д. Криницкий (437 расстрелов и 1586 высылок), Ивановского обкома И. П. Носов (342 расстрела и 1718 высылок), Северо-Осетинского обкома Г. В. Маурер (169 расстрелов и 200 высылок), Мордовского обкома В. М. Путинин (3017 расстрелов и 2263 высылок), Красноярского обкома П. Д. Акулиншин (750 расстрелов и 2500 высылок), ЦК КП(б) Белоруссии В. Ф. Шарангович (потребовал расстрелы и высылки 12 800 человек).
В августе были арестованы первые секретари: Татарского обкома А. К. Лепa (500 расстрелов и 1500 высылок), Черниговского обкома П. Ф. Маркитин (300 расстрелов и 1300 высылок), Харьковского обкома М. М. Хатаевич (1500 расстрелов и 4000 высылок), Сталинградского обкома Б. А. Семенов (1000 расстрелов и 3000 высылок), Башкирского обкома Я. Б. Быкин (500 расстрелов и 1500 высылок), Молдавского обкома В. З. Тодрес (200 расстрелов и 500 высылок).
Жуков пришел к выводу: «Сегодня уже трудно усомниться в том, что репрессии первых секретарей ЦК нацкомпартий, крайкомов и обкомов стали неизбежным и логическим развитием давнего противостояния их с реформаторами, сталинской группой, перешедшего с мая 1937 года в новую фазу — безжалостную и кровавую. Но столь же однозначно расценить удар, нанесенный подругой, не менее влиятельной составляющей широкого руководства — членам Совнаркома СССР — весьма трудно, даже просто невозможно из-за отсутствия достаточных данных об их политических взглядах. Между тем приходится констатировать, что урон, понесенный правительством Советского Союза, оказался столь же тяжелым, как и причиненный ЦК ВКП(б). Всего за три месяца, с июля по сентябрь 1937 года, были отстранены от занимаемых должностей, а вслед за тем и расстреляны, что стало уже правилом, шесть человек».
Перечисляя наркомов СССР, арестованных в эти месяцы, Юрий Жуков отмечает: «У всех у них было много общего, дореволюционный, либо с 1917–1918 гг. партийный стаж; участие в революции, служба в Красной Армии во время Гражданской войны. Только после Октября начало трудовой деятельности и сразу же быстрая карьера — за 10–15 лет от скромной, незаметной должности в уездном или губернском городе до поста наркома СССР». Как подчеркивает Жуков, с точки зрения тогдашних представлений у арестованных были «чистейшие, ничем не замаранные анкеты». Их принадлежность к поколению партийных руководителей, поднявшихся в первые годы советской власти, заставляла их держаться за методы Гражданской войны и сопротивляться политическим преобразованиям, намеченным сталинским руководством страны.