Хотя тайна убийства Кеннеди до сих пор не раскрыта, южновьетнамская версия отражает степень участия 35-го президента в делах Вьетнама в последние месяцы своей жизни. Усиливавшееся еще во времена президента Трумэна проникновение во Вьетнам «тихих американцев» сменилось после поражения Франции в 1954 году активным вмешательством США в дела южной части страны. Американцы усиленно поддерживали Нго Динь Дьема и его семейство, управлявших страной как своей вотчиной. Американская разведка сообщала из Сайгона: «В стране имеется фасад представительной демократии, но на самом деле правительство авторитарное… Дьем убежден в том, что вьетнамцы не готовы к демократии… Он считает, что страна не может позволить себе иметь оппозицию… Дьем не пользуется широкой популярностью».
Между тем президент Д. Эйзенхауэр в своем письме Нго Динь Дьему в июле 1956 года превозносил якобы достигнутый им «выдающийся прогресс… в направлении великой цели создания конституционного правительства». Тем временем Нго Динь Дьем и его брат Нго Динь Нью беспощадно расправлялись со всеми своими политическими соперниками и их сторонниками, обвиняя их в «коммунизме». Как отмечалось в «Бумагах Пентагона», «в ходе так называемой кампании осуждения коммунизма, которая началась летом 1955 года, от 55 до 100 тысяч человек были помещены в концентрационные лагеря. Как свидетельствует отчет, многие из задержанных отнюдь не были коммунистами». Среди брошенных в концлагеря было немало буддистов, которых преследовало католическое семейство Дьемов.
Ответом на репрессии стало широкое народное сопротивление, усилившееся с 1956 года. Отвергая версию об «агрессии с Севера», авторы сборника «Бумаги Пентагона» подчеркивали: «Большинство из тех, кто взялся за оружие, были южными вьетнамцами, и дело, за которое они боролись, не было подсказано им в Северном Вьетнаме». В I960 году народные выступления против режима Дьема возглавил Национальный фронт освобождения Южного Вьетнама (его в США называли «Вьетконг»), в составе которого наряду с коммунистами были и сторонники иных идейно-политических воззрений. Вскоре в рядах НФО сражалось 17 тысяч человек.
Эксперты Пентагона пришли к выводу, что «президент Кеннеди превратил «игру с ограниченным риском», которая велась при правительстве Эйзенхауэра, в политику «широкой вовлеченности», чтобы помешать установлению коммунистической власти в Южном Вьетнаме». По мнению экспертов, тактика Кеннеди сводилась к тому, чтобы наращивать постепенно усилия, но всякий раз преуменьшая степень вовлеченности США в дела Вьетнама. Весной 1961 года Кеннеди направил в Южный Вьетнам 400 солдат специального назначения и еще 100 военных экспертов. Одновременно Кеннеди одобрил отправку на территорию ДРВ террористов и диверсантов, подготовленных в США. Так был сделан первый шаг на пути эскалации войны во Вьетнаме.
Ссылаясь на имевшее место проникновение кадровых солдат ДРВ на территорию Южного Вьетнама, Дьем попросил от Кеннеди оказать помощь для вооружения 100-тысячной армии. В ответ Белый дом согласился вооружить 30 тысяч южновьетнамских солдат. Но уже на этом этапе Макджордж Банди подготовил меморандум для министра обороны Макнамара о том, что следует нанести «мощный удар и как можно раньше» с помощью прямой интервенции США. В то время Банди считал, что у США существует 70 % шансов на успех и 30 % на то, что «мы кончим, как французы в 1954 году; белые люди не могут выиграть в такой борьбе».
Тем временем НФО активизировал свои действия. Только в сентябре 1961 года число нападений НФО на воинские и полицейские части Дьема утроилось по сравнению с предыдущим месяцем и достигло 450. Части НФО сумели даже временно овладеть городом Фуоктахн в 55 милях от Сайгона. Хотя американская разведка сообщала, что нет никаких сведений о том, что Вьетконг получает крупные поставки с Севера, Дьем утверждал обратное и настаивал на том, чтобы ему прислали в помощь го-миньдановские и американские воинские части.
После встречи с Дьемом в октябре 1961 года генерал Тейлор рекомендовал направить в Южный Вьетнам от 6 до 8 тысяч американских войск. Его поддержал Р. Макна-мара, заметив, что «война может быть продолжительной». Он счел, что надо послать в Южный Вьетнам до 6 дивизий, или же более 200 тысяч человек. Затем Макнамара вместе с Раском составил записку, в которой утверждалось, что утрата Южного Вьетнама «сделает бессмысленным любые рассуждения о значении Юго-Восточной Азии для свободного мира». Министров поддержал председатель Объединенного комитета начальников штабов генерал Лемнитцер, сказавший, что в противном случае «мы потеряем Азию до Сингапура».
Положительно оценив эти высказывания, Кеннеди все же не решился направить во Вьетнам американские войска в таком количестве, как рекомендовали его подчиненные. И все же эскалация конфликта продолжилась. В декабре 1962 года в Южный Вьетнам прибыло еще 33 вертолета и 400 американских солдат. Одновременно Кеннеди потребовал от Дьема «расширить политическую базу его режима». Однако никаких перемен в политической системе Южного Вьетнама не последовало. Война же явно затягивалась. Сотрудник аппарата Белого дома Майкл Форрестол в своей аналитической записке для Кеннеди от 11 февраля 1963 года писал: «Никто толком не знает, сколько из 20 тысяч убитых вьетконговцев были мирными крестьянами… и как молчаливая масса сельских жителей реагирует на обвинения Дьема в диктаторстве и кумовстве». Форрестол считал, что НФО так успешно набирает в Южном Вьетнаме силы, что война может продолжаться даже без помощи с Севера.
Эскалация американского участия в гражданской войне продолжалась. В конце 1962 года в Южном Вьетнаме находилось 948 американских солдат и офицеров, в январе 1963 года — 2646, в июне — 5576, в октябре 1963 года —16 732. Одновременно росли их потери: в 1961 г. — 14 убитых и раненых, в 1962-м — 109, 1963-м — 489.
В мае — июне 1963 года в Гуэ и других городах Южного Вьетнама произошли выступления буддистов против режима Дьема. Сайгонское правительство предприняло массовые аресты буддистов, что вызвало массовое возмущение. Тогда в августе 1963 года правительство США решило избавиться от Дьема и поддержать его конкурентов из военных кругов. Во главе заговорщиков встал генерал Дуонг Ван Минь.
2 ноября 1963 года Дьем сообщил послу США в Сайгоне Кэботу Лоджу, что произошел мятеж военных частей. Лодж выразил восхищение «мужеством» Дьема и предложил ему обеспечить личную безопасность. Дьем ответил, что он пытается навести порядок. Но вскоре он и его брат были вынуждены бежать из столицы. По пути братья были схвачены и расстреляны. Посол Лодж поздравил мятежников с победой.
После военного переворота Лодж позвонил в Белый дом и сообщил, что война скоро закончится победой южновьетнамских военных. Однако сразу же после переворота боевые действия НФО заметно активизировались. В беседе с премьер-министром Канады Лестером Пирсоном Кеннеди спросил у него совета по политике во Вьетнаме. Пирсон ответил: «Надо уходить». Кеннеди раздраженно ответил: «Это глупый ответ. Каждый дурак это знает. Вопрос в том, как уходить?» До своей гибели Кеннеди не смог найти ответа на этот вопрос.
Тем временем убитого Д.Ф. Кеннеди заменил 36-й президент Л индон Бейнс Джонсон (22 ноября 1963 г. — 20 января 1969 г.), который поддержал действия по усилению вмешательства США в дела Вьетнама. К концу 1963 года правительство Дуонг Ван Миня получило от правительства Джонсона помощь в размере полумиллиарда долларов. Правда, всего через три месяца после свержения и убийства Дьема глава военной хунты Дуонг Ван Минь был свергнут генералом Нгуен Кханем. Этот новый переворот проложил острую борьбу за власть генералов Южного Вьетнама.