Заявление обращалось с призывами к народам Прибалтики: «Не верьте тем, кто пытается доказать, будто стоит «изгнать мигрантов», поставить в неравноправное положение русских, украинцев, белорусов, поляков, евреев и других, кто живет и трудится вместе с вами, «отделиться от СССР», как жизнь литовцев, латышей или эстонцев сразу станет зажиточной и комфортной. Это — заведомая неправда! Это — обман… Каждая республика, каждый регион соединены тысячами хозяйственных, общественных, культурных, научно-технических и просто человеческих связей с другими, со всей страной. Что же произойдет, если одним махом эти связи порубить? Совершенно ясно: никому не будет лучше… Сохраним единую семью советских народов, единство рядов Коммунистической партии Советского Союза».
Однако заявление ЦК КПСС было немедленно подвергнуто нападкам в средствах массовой информации прибалтийских республик. В поддержку их выступали и многие средства массовой информации в России. Ряд газет в центральных городах страны публиковали подборки писем с осуждением заявления. «Огонек» опубликовал восторженный репортаж о «Балтийском пути», а литературно-общественное движение московских писателей «Апрель» выступило со своим заявлением, в котором говорилось: «В 1939–1940 годах судьба Латвии, Литвы, Эстонии была решена циничным, хищным сговором Сталина и Гитлера о разделе сфер влияния… Аннексия прибалтийских республик в 1940 году — бесспорный факт. Так же, как и их захват гитлеровцами в 1941 году… В заявлении ЦК КПСС, опубликованном 27 августа 1989 года, мы находим строки ультимативного характера, намекающие на возможность прямой расправы».
Е.К. Лигачев вспоминал: «Уверен, если бы Центр и средства массовой информации начали тогда работать в духе заявления, дальнейшие события развивались бы совершенно иначе и не привели бы к политическом кризису в Прибалтике. Но, увы, судьба заявления ЦК КПСС была плачевной: по нему открыли мощный огонь лидеры Народных фронтов, их поддержали некоторые центральные органы печати. А Центр, ЦК КПСС снова проявили непозволительную пассивность. Создавалось впечатление, что кое для кого заявление было просто формальной акцией, а незавидную судьбу для него уготовили для того, чтобы еще более вдохновить прибалтийских сепаратистов».
Не только Народные фронты, но и руководство компартий Прибалтики атаковало заявление ЦК КПСС. На заседании Политбюро от 13 сентября 1989 года Вяляс заявил: «Заявление ЦК КПСС… вызвало шок в республике своим языком, и не только — неожиданностью. Мы ничего не знали о подготовке такого шага». Вагрис (Компартия Латвии) говорил: «Реакция на заявление негативная. Ее можно назвать сопротивлением… Народный фронт Латвии опубликовал свой проект новой программы: «Латвия — вне Союза». Безусловно, нужен новый, обновленный Союзный договор».
Говоря о положении в Литве, Бразаускас успокаивал: «Экономическая жизнь в республике протекает нормально». Однако тут же оговаривался: «Налицо обострение общественно-политической ситуации. Многие в республике трактуют суверенитет как независимость». Председатель Совета министров Бресис обвинял союзное правительство в диктате. Он говорил о нежелании «союзных органов учитывать национальные интересы республик» и требовал «экономической самостоятельности». Председатель Президиума Верховного Совета Латвии Горбунов туманно рассуждал о неясностях «в правовом статусе, суверенитете республик».
Подводя итоги выступлениям, Горбачев говорил: «Сегодняшняя встреча подтверждает взаимное стремление найти решение возникших проблем. Со своей стороны мы доверяем нынешнему руководству республик, но это не освобождает от откровенного разговора и критики. Надо нам активнее идти вперед и в проблемах экономической самостоятельности республик, и в решении других вопросов, которые найдут практическое воплощение в платформе КПСС по национальному вопросу, в том числе и в вопросе об определении статуса суверенитета республик. Здесь говорили, что заявление по Прибалтике вызвало шок в республиках. Но хочу сказать, что оно было вынуждено насущной необходимостью. Нужна ясность позиций в вопросах самоопределения в рамках сохранения Союза. Главное — держаться ближе к народу, не поступаясь принципами». Как всегда, Горбачев пустыми словами о движении вперед и об интересах народов прикрывал распад страны, начавшийся при его активном участии.
Тем временем национал-сепаратисты Прибалтики все решительнее бросали вызов центральным властям. В октябре 1989 года было принято решение Вильнюсского городского совета «Саюдиса», в котором говорилось, что совет не имеет «основания отмечать годовщину так называемой Октябрьской революции… Тем более не за что это праздновать литовскому народу: он в 1918–1920 годах должен был упорно бороться с оккупационными отрядами «революционеров». В этой связи городской совет «Саюдиса» предложил сделать нерабочим днем «день возрождения независимости Литвы», то есть 16 февраля, день, когда под контролем немецких оккупантов была провозглашена «независимость» Литвы под протекторатом кайзеровской Германии.
В начале ноября 1989 года Горбачев вновь встречался с представителями Эстонии и Латвии. 9 ноября, рассказывая об этой встрече своим коллегам по Политбюро, он сказал, что у его собеседников «ощущение, что деваться некуда, надо выходить из СССР. Никакие попытки с республиканским хозрасчетом не дадут им самостоятельности. Так они считают. И убеждены, что Центр не готов дать настоящую самостоятельность, а следовательно, не будет и настоящего хозрасчета. Это используется для оправдания выхода из СССР».
Горбачев уверял, что это просто «шантаж». Он говорил, что руководство страны может «держать инициативу в своих руках. Опыт показывает, что даже самые отпетые националисты далеко не пойдут». Горбачев объявлял о решительных мерах, которые он якобы был готов принять против сепаратистов: «Завтра мы отменим законы, принятые республиками об их самостоятельности». Но тут же делал оговорку: «Однако надо иметь в виду, что наряду с сепаратистскими происками есть и реальные вещи, по которым надо принимать решения. Чтобы нам не пришлось соглашаться на новый «похабный Брестский мир». Деваться действительно некуда, но исходить надо из своей концепции. И проводить ее в жизнь, а не топтаться на месте и упускать время. Мы должны показать: кто становится на путь разрыва, тот обрекает свой народ на прозябание. Народ это должен почувствовать. Нам надо занять прогрессивную позицию в целом, а не по частям торговаться».
Однако эти уверенные заявления сопровождались невольным признанием о тяжелом экономическом положении страны и влиянии этого на события в Прибалтике. Горбачев говорил: «В связи с ухудшением во всей стране экономической ситуации у прибалтов появился новый мотив: «Не хотим погибнуть в этом общем хаосе».
Оценивая общую обстановку более мрачно, Н.И. Рыжков считал, что три республики не шантажируют, а всерьез готовятся к отделению. Он говорил: «Все у них нацелено на подготовку к выходу из СССР. Все эти дискуссии с нами — это только предлоги, оттяжка времени. Как только победят на выборах — вынесут решение об уходе. Что делать? Ввести общий свободный рынок между изолированными республиками? Но это — хаос. Надо бояться не Прибалтики, а России и Украины. Пахнет общим развалом. И тогда нужно другое правительство, другое руководство, уже иной страны. В русских коллективах Прибалтики начинается эволюция — от конфронтации к единству с местным населением».