Решение литовского Верховного Совета открыло новую фазу в остром политическом кризисе, вышедшем за пределы СССР. Действия литовского руководства сопровождались активными выступлениями за выход из состава Союза во многих республиках и областях страны. Требования об отделении своих республик выдвинули Верховные Советы Эстонии и Латвии, многие деятели Белорусского Народного фронта и украинского движения «Рух».
Состоявшийся 15 марта внеочередной III Съезд народных депутатов СССР признал недействительными принятые Верховным Советом Литовской ССР законодательные акты о «восстановлении независимого Литовского государства», а также об отмене действия Конституции Литовской ССР и Конституции СССР на территории республики. Вместе с тем в постановлении Съезда подтверждалось «право каждой союзной республики на свободный выход из СССР».
В заявлении Советского правительства от 20 марта, подписанном Н.И. Рыжковым, говорилось: «Сведения, поступающие из республики, показывают, что там в экстренном порядке разрабатываются планы изменения статуса предприятий союзного подчинения, передачи государственных предприятий в частную собственность, введения собственной валюты, создания таможенной службы и т. д…
Последствия таких действий могут пагубно сказаться на общей социально-экономической обстановке в республике, положении трудящихся и других слоев населения».
Заявление подчеркивало, что «все объекты союзного подчинения, находящиеся на территории Литовской ССР, являются собственностью Союза ССР… Органам Совета Министров СССР, министерствам и ведомствам СССР дано указание не вступать в какие бы то ни было переговоры о передаче подведомственных им предприятий и организаций в ведение Литовской ССР». Перечислялись и другие меры по установлению твердого контроля над союзной собственностью.
Вместе с тем в конце грозного заявления содержались реверансы в адрес национал-сепаратистов и говорилось о том, что союзное правительство относится «с пониманием… к проблемам политического, социально-экономического и национально-культурного развития Литовской ССР», уважает «стремление ее народа к обновлению общества и укреплению суверенитета республики».
Литовские власти не только игнорировали эти решения союзного правительства, но демонстрировали свое намерение действовать как независимое государство. 5 апреля Верховный Совет Литвы принял закон «Об удостоверении гражданина Литовской республики», который вопиющим образом попирал советское законодательство. Правительство Литвы распорядилось запретить деятельность военкоматов по осуществлению весеннего призыва.
Только тогда было опубликовано заявление президента СССР М.С. Горбачева и Председателя Совета Министров СССР Н.И. Рыжкова, в котором говорилось: «Искусственно и противоправно созданная руководством Литовской ССР проблема положения республики в союзном государстве все более затягивается в тугой узел, приобретает характер политического тупика… Со стороны других союзных республик правомерно ставится вопрос — почему они должны в ущерб своим нуждам поставлять в Литву продукцию, в то время как ее руководящие органы продолжают антиконституционные действия, пренебрегают законными интересами единого народнохозяйственного комплекса и граждан страны».
«В создавшейся обстановке мы вынуждены сделать следующее предупреждение: Если в течение двух дней Верховный Совет и Совет Министров СССР не отменят свои вышеназванные решения, то будут даны указания о прекращении поставок в Литовскую ССР из других союзных республик тех видов продукции, которые реализуются на внешнем рынке на свободно конвертируемую валюту». Так как декларация о независимости не была отменена, то объявленный запрет на ввоз ряда товаров в Литву был введен.
Тем временем дрейф к выходу из СССР совершали и две другие прибалтийские республики. Еще 2 января 1990 года Н.И. Рыжков в своем выступлении на заседании Политбюро заявил: «Сессия Верховного Совета Эстонии не утвердила разработанный правительством бюджет и приняла решение о повышении цен в республике. Надо немедленно отменять это решение. Оно может привести к серьезным экономическим последствиям».
19 марта состоялась встреча Горбачева и других членов ЦК КПСС с членами и кандидатами в члены Бюро ЦК Компартии Эстонии. Судя по опубликованному коммюнике по итогам этой встречи, ее участники отметили, что «общественно-политическая ситуация в республике остается сложной, идет поляризация политических позиций вокруг проблем суверенитета республики и самостоятельности Компартии Эстонии». Концовка коммюнике создавала впечатление о полном взаимопонимании участников встречи, и говорилось о необходимости «быстрейшего принятия решений, которые бы давали ясный и полный ответ, каким реальным содержанием будут наполняться обновляющаяся федерация и самостоятельность компартий республик. Отмечалась также необходимость нового союзного договора».
О том, как понимали руководители Компартии Эстонии необходимость «быстрейшего принятия решений», свидетельствовало принятие 30 марта Верховным Советом Эстонской ССР Декларации о независимости. Правда, в отличие от Литвы, Эстония объявляла лишь о начале переходного периода к независимости.
Еще 27 июля 1989 года Верховный Совет Латвийской ССР принял Декларацию об экономической независимости, а 3 мая на своей сессии этот орган одобрил Декларацию о «демократической и независимой Латвии». Были восстановлены некоторые положения конституции 1922 года, и теперь Латвия больше не была «советской и социалистической», а стала просто «республикой». Председателем Президиума Верховного Совета Латвийской республики был избран активный сепаратист Анатолий Горбунов. На сепаратистских позициях стоял и новый председатель Совета министров Латвии Ивар Годманис. Против этих решений в стенах Верховного Совета и за его пределами выступали сторонники недавно организованной партии «Равноправие» и «Интерфронта», но они были в меньшинстве.
В апреле 1990 года, как отмечал М.Ю. Крысин, «главы правительств Эстонии, Латвии и Литвы подписали соглашение об экономическом сотрудничестве, а в мае того же года на встрече в Таллине договорились о возобновлении действия Балтийского договора о единстве и сотрудничестве от 1934 года. В своих действиях по расколу СССР руководители трех республик получали большую поддержку от руководства РСФСР». Как писал М.Ю. Крысин, уже в июне 1990 года «главы правительств прибалтийских республик встретились с недавно избранным председателем Верховного Совета РСФСР Б.Н. Ельциным и заручились его поддержкой в борьбе за независимость».
Попытки Горбачева привлечь Прибалтику своими проектами реформированного Союза успеха не приносили. 12 июня 1990 года вновь созданный орган Союза ССР — Совет Федерации — начал обсуждение вопроса о проекте Союзного договора. Однако Председатель Верховного Совета Эстонии Рюйтель сразу же заявил, что у него «нет полномочий» для такого обсуждения. Как свидетельствует протокольная запись, «Горбачев настойчиво требует от Рюйтеля приостановить Декларацию о независимости, даже угрожающе спрашивает: «Вы что, напрашиваетесь на введение президентского правления?!»
В протоколе записано: «Рюйтель (твердо стоит на своем): «Политическая ситуация уже не позволяет сделать то, что можно было сделать еще полгода назад. Реальность такова, что время ушло. Мы должны позаботиться о том, чтобы оставить нашим народам хорошие отношения между собой».