Второй раздел Речи Посполитой вызвал возмущение конфедератов, призвавших до этого Россию помочь им в борьбе против конституции 3 мая. Вопреки требованиям посла России И. Сиверса сейм, созванный в Гродно, высказался против раздела. В «Истории Литовской ССР» сказано: «Только под большим давлением (И. Сивере приказал арестовать часть делегатов, разорить их имения и даже ввести на заседание сейма солдат) он в 1793 году молчанием ратифицировал второй раздел».
Однако решения гродненского сейма вызвали восстание сторонников конституции 3 мая, которое началось в Кракове 24 марта 1794 года. В «Истории Литовской ССР» сказано: «16 апреля оно вспыхнуло и в Великом княжестве Литовском. Первыми выступили региональные войска в Шяуляй против гарнизонов царских войск и сторонников Тарговицкой конфедерации. В Вильнюсе восстание организовал инженер Якуб Ясиньский. В ночь на 23 апреля повстанцы неожиданно захватили военные посты и овладели городом. В плен был взят начальник русского гарнизона генерал Н. Арсеньев. На помощь вильнюсцам пришли отряды из Шяуляя и Паневежиса. 24 апреля на Ратушной площади Вильнюса был торжественно объявлен акт восстания и создано повстанческое правительство — Высший совет Литвы. На следующий день был осужден ряд сторонников конфедерации, в том числе и гетман Ш. Коссаковский. Повстанческое правительство признало главным руководителем восстания генерала Тадеуша Костюшко, участника борьбы Североамериканских колоний за независимость».
Высший национальный совет Литвы стал исполнительным органом восстания. Начальником военных сил стал Я. Ясиньский. Как подчеркивалось в «Истории Литовской ССР», «у вождей вильнюсского восстания были более прогрессивные, радикальные намерения, чем у их братьев по борьбе в Польше. Совет энергично мобилизовал народ на защиту отечества, а его орган — «Газета народова виленска» («Вильнюсская народная газета») — пропагандировал политику французских якобинцев. Совет искал поддержки среди всех сословий. Он печатал воззвания и на литовском языке для крестьян, обещая им свободу».
Однако, как отмечалось в «Истории Литовской ССР», «политика литовских повстанцев, их республиканские взгляды и даже стремление расширить права Литвы на самостоятельность были приняты с недоверием в самой Польше участниками восстания, придерживавшимися умеренных взглядов. Под давлением более консервативных участников восстания Т. Костюшко отстранил Я. Ясиньского от командования повстанцами Литвы и подчинил их общему руководству, которое опасалось литовского сепаратизма. 21 мая 1794 года Т. Костюшко упразднил Высший национальный совет Литвы и создал общий для Польши и Великого княжества Литовского Высший национальный совет… С июня 1794 года военачальником повстанцев… стал присланный из Польши бездарный генерал М. Вельгорский».
Россия направила войска на подавление восстания. Сначала повстанцы вели упорные бои и даже теснили русские войска. Но летом 1794 года русские развернули наступление и 12 августа заняли Вильнюс. Силы повстанцев были рассеяны.
В октябре 1794 года войска под руководством А. Суворова разбили повстанцев Т. Костюшко и заняли Варшаву. При защите Варшавы погиб Я. Ясиньский. В середине ноября повстанцы капитулировали.
Тем временем Россия, Пруссия и Австрия приступили к переговорам о третьем разделе Речи Посполитой. Договоренность была достигнута в августе 1795 года. Россия заняла западнобелорусские земли бывшего Великого княжества Литовского. Литва (за исключением Занеманья, которое перешло к Пруссии) была присоединена к России. Пруссия и Австрия разделили оставшуюся территорию Польши.
«История Литовской ССР» гласит: «Речь Посполита как государство распалась. Бывшая ее провинция — Великое княжество Литовское — вошла в состав многонациональной Российской империи… Находясь в составе России с ее огромным рынком, Литва вступала в полосу экономического подъема, а литовский народ постепенно втягивался в общероссийскую борьбу за социальный прогресс…
Литовское крестьянство боролось как против местных «своих» дворян, так и против системы крепостничества царской России в целом… Верхушка литовского дворянства быстро сговорилась с аристократией России… Однако традиции общей польско-литовской государственности оказывали еще сильное влияние на большинство литовского дворянства».
О том, что литовское дворянство было не удовлетворено последствиями разделов Речи Посполитой, свидетельствовала его реакция на создание Наполеоном в 1807 году Варшавского герцогства из польских земель. Образование этого государства, являвшегося вассалом Франции, вызвало надежды среди части литовского дворянства на восстановление Речи Посполитой. Те же круги дворянства Литвы, которые ориентировались на Россию, увидели в Варшавском герцогстве пример для воссоздания Литовского автономного государства в пределах России. В 1811 году князь М. Огиньский, князь К. Любецкий и граф Л. Плятер представили Александру I проект «Положения о правлении автономным Великим княжеством Литовским», которое должно было включать Виленскую, Гродненскую, Минскую, Витебскую, Могилевскую, Подольскую, Волынскую, Киевскую губернии, а также Белостокскую и Тернопольскую области.
Император французов учитывал эти настроения верхов Литвы, на землю которой он вошел в первые же минуты после нападения на Российскую империю: 24 июня 1812 года Наполеон во главе Великой армии перешел Неман в районе Каунаса. 28 июня император вошел в Вильнюс, где остановился на 19 дней.
Во время своего пребывания в столице Литвы Наполеон 1 июля создал Временную правительственную комиссию Великого княжества Литовского во главе с С. Солтаном. Фактически же власть находилась в руках назначенного французами губернатора Литвы ван Хогендропа (Гогендропа).
Сразу после своего создания Временная правительственная комиссия начала переговоры с представителями Варшавского герцогства о возобновлении унии. 14 июля в вильнюсском Кафедральном костеле была торжественно провозглашена польско-литовская уния.
В этих событиях принимали участие лишь оккупанты и небольшое число их пособников из верхов литовского дворянство. Иным было отношение к французским захватчикам основной части населения оккупированной Литвы. Арман де Коленкур так описал в своих мемуарах впечатления Наполеона от его первой поездки по Вильнюсу (Вильно): «Император проехал по городу без предварительного оповещения. Город казался опустевшим. Несколько евреев и несколько человек из простонародья — вот все, кого можно было встретить в этой так называемой дружественной стране, с которой наши войска, изнуренные и не получающие пайков, обращались хуже, чем с неприятельской… Население ровно ничем не проявляло любопытства, никто не выглядывал из окон, не наблюдалось никакого энтузиазма, не было даже обычных зевак. Все выглядело угрюмо. Император был поражен этим и, входя в кабинет, не мог удержаться от слов: «Здешние поляки не похожи на варшавских». Это объяснялось некоторыми беспорядками, имевшими место в городе и напугавшими жителей, а также тем, что здешние поляки были довольны русским правительством, были мало расположены к перемене».
«Беспорядки», о которых писал Коленкур, были делом рук французских солдат. В «Истории Литовской ССР» так охарактеризованы первые дни пребывания армии Наполеона в Литве: «Территория, по которой прошла основная часть его армии, была разорена, имущество населения разграблено, многие дома сожжены».