Однако и после падения Таллина советские войска продолжали оборону на островах Моонзундского архипелага. Героическая оборона острова Сааремаа (Эзель) продолжалась до 5 октября, а острова Хийумаа (Даго) — до 18 октября.
Как отмечалось в ИВОВ, «длительными и упорными оборонительными боями в Эстонии советские войска сковали пять вражеских дивизий и этим облегчили нашим войскам ведение боевых действий на Ленинградском направлении. Части таллинского гарнизона понесли значительные потери, но сохранили боеспособность и сумели оказать немалую помощь защитниками города Ленина».
Планы гитлеровского командования, предусматривавшие окружение советских войск в Прибалтике и их быстрый разгром, были сорваны. Однако после упорных боев, продолжавшихся до глубокой осени, вся Прибалтика оказалась под властью оккупантов.
В первые дни после начала оккупации представители классов и слоев населения, пострадавших от национализации и аграрной реформы, а также те, чьи родственники были огульно репрессированы, а потому ослепленные ненавистью к Советской власти, приветствовали приход оккупантов. Они не желали слышать о расовых теориях нацизма и о том, как эта теория уже проводится на практике в Польше и в других странах, оккупированных немецко-фашистскими захватчиками. В «Истории Латвийской ССР» сказано: «11 июля 1941 года представители латышской буржуазии направили Гитлеру телеграмму, в которой выражали благодарность за «освобождение» и изъявляли готовность служить делу строительства «новой Европы». Это не было новым для буржуазии Прибалтики. Так же радостно она встречала кайзеровские войска, а затем военные отряды Антанты в 1918–1919 годах.
Анонимная свидетельница вступления немецких войск в Ригу, бежавшая в 1944 году в Швецию (дальше в книге она упоминается как «беженка»; ее рассказ об оккупации был опубликован в сборнике документов советской разведки «Прибалтика и геополитика»), вспоминала: «1 июля 1941 года. Русские потеряли Ригу. После семидневной канонады наступила жуткая тишина. Испуганные, любопытные лица появляются в окнах, потихоньку люди снова выходят на улицу. Там и тут снова видно, как развеваются красно-бело-красные флаги (латвийские национальные флаги)… Первые немецкие части вошли в Ригу. Молодые латыши и латышки (интеллигенция) выражали свою благодарность за «освобождение», бросая цветы на дорогу, по которой шли немецкие войска. Моторизованные части проезжали по городу, и народная толпа восторженно приветствовала их. По улице «Свободы (Бривибас иела) маршировала группа молодых, более состоятельных латышей, вооруженных пистолетами, и остановилась у бывшего дома НКВД. Молодой латыш обратился с речью к толпе, которая в это время собралась. Он призывал латышей начать борьбу вместе с «немецкими друзьями»… против внутреннего врага, т. е. коммунистов и евреев. Неожиданно распространилась паника. Распространился слух, что русские снова будут брать город, и народ разбежался в разные стороны. Однако собирались новые толпы народа, молодые латыши несли латвийские знамена рядом с немецкими и восклицали: «Латвия снова свободна! Да здравствует наш освободитель Адольф Гитлер! Долой евреев и русских!»
Мисиунас и Таагепера замечали: «Во время оккупации печать трех стран была заполнена выражениями большой благодарности в отношении Германии как освободительницы от большевизма. В целом такое настроение преобладало среди большинства местного населения в первые месяцы войны. Скоро германская оккупационная политика развеяла этот резервуар доброй воли, породив либо настроение подавленного безразличия, либо активной враждебности».
Многие из тех, кто спешил изъявить верность победителю, не подозревали, что задолго до начала военных действий на советско-германской границе в нацистском руководстве были подготовлены планы превращения Прибалтики в колонию Третьего рейха. Когда до начала осуществления плана «Барбаросса» оставалось несколько недель, А. Гитлер назначил редактора центрального органа нацистской партии «Фелькишер беобахтер» уроженца Таллина Альфреда Розенберга комиссаром по Восточноевропейскому региону. Инструкция рейхскомиссару гласила: «Целью имперского уполномоченного для Эстонии, Латвии, Литвы, Белоруссии должно являться создание германского протектората с тем, чтобы впоследствии превратить эти области в составную часть великой германской империи путем германизации подходящих в расовом отношении элементов, колонизации представителями германской расы и уничтожения нежелательных элементов».
Генеральный план «Ост» предусматривал осуществить полное онемечивание Эстонии и Латвии в течение 20 лет. Для этого планировалось заселить Прибалтику немцами, а из местных жителей оставить лишь тех, кто обладает «ярко выраженными признаками нордической расы». Профессор биолого-палеонтологического института Государственного университета в Познани доктор Пауль В. Томсон писал: «Такие маленькие национальности, как эстонцы, латыши или литовцы, должны либо приспособиться к ним, либо погибнуть». «Балтийское море, — провозглашал А. Розенберг, — должно стать внутренним германским морем». 16 июля 1941 года А. Гитлер объявлял собравшимся в своей ставке в Восточной Пруссии: «Вся Прибалтика должна стать областью империи».
Как признают Р. Мисиунас и Р. Таагепера, «из документов германских архивов следует, что стратегическая цель нацистского руководства состояла в том, чтобы присоединить Балтийский регион к рейху, изгнать две трети его населения и постепенно перемешать остаток с германскими иммигрантами… Любимый вариант 1941 года министра по восточным территориям Альфреда Розенберга сводился к тому, чтобы увеличить территории прибалтийских республик в два раза за счет России и Белоруссии, а затем депортировать большинство прибалтов во вновь присоединенные районы… Генеральный план «Ост» Г. Гиммлера предусматривал депортацию почти 50 процентов эстонцев, всех латгальцев, более 50 процентов латышей, 85 процентов литовцев. Оставшаяся часть оценивалась в 1942 году Антропологической комиссией рейха расово нордической (а поэтому достойной германизации)». Предполагалось осуществить эту депортацию в 20-летний срок.
Один из активнейших пособников гитлеровцев во время оккупации Прибалтики директор Департамента внутренних дел «самоуправления» Эстонии О. Ангелус утверждал после войны, что Г. Гиммлер намеревался переселить «неполноценное в расовом отношении» население Прибалтики на побережье Белого. моря — на территорию, расположенную между Архангельском и рекой Онегой. По другим сведениям, гитлеровцы собирались переселить часть эстонцев в Центральную Карелию.
Но прежде всего было решено осуществлять высылку русского населения из Прибалтики. Вскоре после захвата Таллина Г. Гиммлер направил директиву бригаденфюреру М. Шталекеру, в которой предписывалось выслать из северо-восточной части Эстонии 80 тысяч проживавшего там русского населения. Освободившиеся таким образом земли предполагалось заселить «пригодными по своему расовому происхождению» и «преданными германскому рейху» «элементами».
Впрочем, ряд видных деятелей нацистского руководства ставил под вопрос необходимость «онемечивания» даже тех, кто «предан германскому рейху». 20 августа 1942 года в своей статье «Германизировать ли?» Гиммлер писал: «Наша задача — не германизация Востока в старом смысле слова, не обучение местного населения немецкому языку и немецким законам. Наша задача обеспечить, чтобы на Востоке жили только люди действительно немецкой, германской крови…»