Часть досье ставилась на контроль, решение по ним принимал лично В. Н. Меркулов. Они на «Комиссию» не передавались. Остальные фамилии включались в списки подлежавших расстрелу, которые передавались на утверждение «Комиссии», то есть «тройки» в составе В. Н. Меркулова, Б. З. Кобулова и Л. Ф. Баштакова. После утверждения списка фигурировавшие в нём военнопленные или заключённые считались осужденными к высшей мере наказания — расстрелу. Решения «Комиссии» оформлялись специальными протоколами (см. № 227). После этого списки-предписания на отправку, подписанные начальником УПВ или его заместителем, направлялись в Козельский, Старобельский и Осташковский лагеря; предписания о расстреле, подписанные Меркуловым, — начальникам УНКВД Смоленской, Харьковской и Калининской областей, а также наркомам внутренних дел УССР и БССР.
Первые три списка-предписания на отправку из Осташковского лагеря были подписаны П. К. Сопруненко ещё 1 апреля и включали 343 человека (см. № 19). Именно столько людей были отправлены поездом Осташков-Калинин (см. № 24) и приняты от конвоя помощником начальника УНКВД по Калининской области Т. Ф. Качиным (см. № 25). А 5 апреля Д. С. Токарев доложил В. Н. Меркулову: «Первому наряду исполнено № 343» (см. № 26). Это означало, что отправленные из Осташковского лагеря 343 военнопленных 5 апреля были расстреляны.
1-2 апреля были подписаны и семь списков на отправку 692 офицеров в распоряжение начальника УНКВД по Смоленской области. Эти списки поступили в Козельский лагерь 3 апреля. Первые 74 человека были отправлены в распоряжение Смоленского УНКВД в тот же день, следующие 323 — 4 апреля, 285 — 5 апреля (см. № 79). Из Старобельского лагеря по шести спискам от 3 апреля были отправлены в Харьков 195 человек — 5 апреля, 200 — 6 апреля и 195 — 7 апреля (см. № 81).
20-22 апреля были подписаны первые списки на расстрел 1070 заключённых украинских тюрем, 23–26 апреля — списки № 047, 048 и 049 на расстрел заключённых, сосредоточенных в минской тюрьме. Белорусские списки расстрелянных узников тюрем до сих пор не найдены. Крайне скудны и другие материалы, касающиеся проведения расстрельной операции на Украине и в Белоруссии.
9 апреля было подписано 13 списков на 1297 военнопленных. Мог ли орган внесудебной расправы рассмотреть за один день по существу почти 1300 дел? Ответ очевиден — это физически невозможно. Да этого и не требовалось: в задачу «тройки» входило лишь утвердить списки, как это делало и Особое совещание НКВД СССР.
18 апреля А. Я. Герцовский сообщил в УПВ, что дела 273 военнопленных не будут рассматриваться, а сами военнопленные подлежат переводу в Юхновский лагерь. Не рассматривались Комиссией и те дела, которые после поступления новых запросов со стороны ИНО, НКИД и др. дополнительно ставились на контроль (см. № 30, 31). В этом случае дела изымались из общей пачки подготовленных для отправки в 1-й спецотдел дел. Когда же дело ушло в 1-й спецотдел — вынималось из пачки, подготовленной для включения в расстрельные списки. Если же военнопленный был передан «на распоряжение УНКВД», сделать было уже ничего нельзя. Зачастую запросы германского посольства или литовской миссии поступали тогда, когда человека уже расстреляли.
Были и уникальные случаи, когда людей возвращали с этапа. Наиболее известный из них произошёл с профессором Виленского университета, специалистом по экономике Германии и СССР Станиславом Свяневичем. Его включили в этап, отправляемый из Козельского лагеря 29 апреля, доставили вместе с другими на станцию Гнездово, что в 1,5 км от Катынского леса. После остановки поезда профессора увели в пустой вагон, где он мог через щель наблюдать за выгрузкой военнопленных и отправкой их в сторону леса в автобусах с закрашенными окнами. По завершении разгрузки вагонов С. Свяневича доставили во внутреннюю тюрьму Смоленского УНКВД и сразу после майских праздников отправили в Москву на Лубянку. Распоряжения о его задержании и последующем переводе в Москву в ведение 2-го отдела ГУГБ были отданы 27 апреля Меркуловым, 28 апреля — Берией (см. №№ 64, 65).
Были и другие случаи, когда лица, осужденные «тройкой» и включённые в предписания на отправку в распоряжение начальника УНКВД, задерживались и отправлялись в Юхновский лагерь (см. №№ 47, 79, 80, 81). Таким образом, военнопленным сохранялась жизнь не по решению Комиссии, а по указанию Меркулова, как правило, согласованному с Берией. Одновременно по мере изучения оперативных материалов часть из стоявших на контроле дел снималась с него и передавалась на рассмотрение Комиссии (см. №№ 44, 59).
УПВ потребовало от начальников лагерей докладывать о количестве отправленных в УНКВД и находившихся в Козельске, Старобельске и Осташкове военнопленных (см. № 35, 45). 15 апреля И. И. Хохлов отдал распоряжение В. Н. Королёву и А. Г. Бережкову незамедлительно выслать в Управление оставшиеся у них дела со справками; 22 апреля — срочно доставить дела и справки на находившихся в больницах и госпиталях военнопленных.
К этому времени операция уже вступила в завершающую стадию: большая часть «контингента» была направлена на расстрел. Подводя первые её итоги, УПВ информировало руководство НКВД СССР о прохождении дел. Сообщалось, что на 3 мая лагерям были направлены предписания на 13 682 человека. В 1-м спецотделе находилось 154 дела, готовившихся на Комиссию, на контроле стояло 609 дел, на исправление в лагеря отправлено 29 дел, в Юхновский лагерь перевели 200 человек, в работе находилось 49 дел, подготовлены для доклада Меркулову — 185. Всего прошло дел на 14 908 человек (см. № 68). Чтобы уточнить, не упустили ли они кого-то из виду, 5 мая Сопруненко распорядился сообщить, сколько военнопленных и кто именно ещё находится в лагере (см. №№ 70, 71).
Администрация Козельского, Старобельского и Осташковского лагерей старалась выполнить каждое требование Москвы и в свою очередь обращалась туда за разъяснениями возникавших в ходе операции вопросов. Так, П. Ф. Борисовец доложил в УПВ, что в Осташковском лагере содержится полицейский Ф. Мастоляж вместе с 8-летним сыном, который временно помещён в Осташковский детдом. Он спрашивал, что делать с мальчиком в случае получения наряда на отправку его отца (см. № 46). Однако в центре судьба ребёнка никого не взволновала. Там давно привыкли обрекать на сиротство сотни тысяч детей «врагов народа». В списке-предписании на отправку в распоряжение начальника Смоленского УНКВД № 058/3 в пункте 55 значился Мастоляж Феликс Янович, 1890 года рождения…
Много вопросов возникало у лагерного начальства по оформлению этапов, хранению списков-предписаний и другой документации на военнопленных. УРО Осташковского лагеря, в частности, не знало, что делать с учётными делами на тех, кто «массовым порядком по нарядам» убывал из лагеря. Заводить ли картотеку убытия? Копировать ли для высылки в УПВ карточки формы № 2 на убывших? Где хранить списки, по которым сдают военнопленных? Как оформлять этапы? Ответы на эти вопросы УПВ постаралось дать в своём распоряжении от 11 апреля. В картотеке лагеря предписывалось отмечать «убыл по списку №… такого-то числа и месяца». Указывалось, что карточки ф. № 2 высылать в УПВ не следовало.
В случае какой-либо путаницы в списках-предписаниях начальники лагерей обращали на них внимание УПВ. 3 мая, например, В. Н. Королёв сообщил И. И. Хохлову, что с 3 по 28 апреля согласно спискам отправлены в Смоленск 4235 человек, в Юхнов — 107 человек. Не были отправлены из лагеря по распоряжению В. М. Зарубина фигурировавшие в списках-предписаниях генерал Е. Волковицкий и капитан С. Синицкии, по распоряжению УПВ — X. Чиж, М. Липский и А. Манн. Некоторые наряды были выданы на людей, которых не было в лагере, на четверых они выписывались дважды. В лагере оставались 265 человек, не считая 5 военнопленных, доставленных в Козельск из Ровенского лагеря. Начальники трёх лагерей регулярно информировали и руководство УНКВД относительно выполнения нарядов на отправку (см. №№ 75, 79, 80, 81).